Разбирался с одной темой для Drupal, основанной на Bootstrap. Выходят костыли, честно говоря.
Нужно либо взять Bootstrap (или другой CSS framework), «форкнуть» и переделать под HTML-разметку и CSS классы CMS, либо переделывать вывод CMS, что очень хлопотно в случае с Drupal — много переопределять.
Мне кажется, что для Drupal первый вариант логичнее, хоть и теряется «автоматическая» совместимость с будущими версиями CSS-фреймворка. Но авторы тем чаще идут по второму пути, а где не выходит — по среднему, переопределяя и то, и другое.
Базовые темы популярных CMS на Twitter Bootstrap