Возможно я чего-то не знаю, расскажите пожалуйста, а для чего нужно делать flv-версию? Flash player без проблем поддерживает h264-видео в mp4-контейнере, который так же поддерживается во многих реализациях html5 (для firefox'а понятно нужна ogv-версия), а вот область применения flv не понятна.
AVCONV — конвертация видеофайлов для тега video HTML5 и наложение ватермарка