Hadoop, java MapReduce: запуск из произвольного web/EE контейнера

[eaa]

Если Вы используете свои кастомные фильтры, которые implements Filter, то таким образом их задеплоить не получится.

[JinnZest]

Я думаю, что в вашем случае вам может помочь вот эта вот статья: www.flurry.com/2012/12/06/exploring-dynamic-loading-of-custom-filters-i#.VBLcycG4SfQ