Ну, во всём этом пропущено основное: iptables пишут в dmesg, откуда оно копируется в syslog. Очевидным решением было бы не городить хитрые костыли (что само по себе полезно, но должно быть сильно мотивировано), а просто разделить логи от ядра и приложений.
Сам по себе dmesg в syslog не попадает, его туда специально копируют.
Эх, Debian Jessie так полностью на journalctl и не переключился, bootlogs замаскирован. А если бы не был замаскирован, задача бы решалась буквально одной командой без дополнительных настроек:
Не вижу особого смысла ради логирования нескольких правил использовать дополнительную сущность в виде ulogd2. Подправить rsyslog гораздо проще, как мне кажется.
Способ заставить Iptables писать в свой лог и не дублировать в системный