Проект «Мамонт»: возвращаем древних гигантов к жизни

[a5b]

Перевод видео: geektimes.ru/company/vertdider/blog/249456 вчера в 21:34
Бет Шапиро — Древние ДНК: что это такое и чем могло бы быть?
Научно-популярное*, YouTube*, Блог компании Vert Dider. Genestr



Научная публикация о данной расшифровке:
Eleftheria Palkopoulou, Swapan Mallick, Pontus Skoglund, Jacob Enk, Nadin Rohland, Heng Li, Ayça Omrak, Sergey Vartanyan, Hendrik Poinar, Anders Götherström, David Reich, Love Dalén
Complete Genomes Reveal Signatures of Demographic and Genetic Declines in the Woolly Mammoth // Current Biology, DOI: dx.doi.org/10.1016/j.cub.2015.04.007

[Kalobok]

Что-то смущают меня некоторые моменты. Например, утверждение, что до сих пор не расшифрован геном ни одного позвоночного. Не вяжется с этим и этим.

[dmzkrsk]

Возможно, речь идёт о полной, а не частичной расшифровке

[Kalobok]

Что подразумевается под полной расшифровкой? По ссылке на википедию:

This list of sequenced animal genomes contains animal species for which complete genome sequences have been assembled, annotated and published.

Собственно, пересмотрел этот кусок еще раз — речь идет о нерасшифрованном 1% гетерохроматина, который, судя по всему, не несет никакой смысловой нагрузки.

[a5b]

Есть некоторая разница между «прочитан код ДНК» (Секвенирование — считаны все буквы и результат сведен в более-менее последовательный вариант — при этом обычно неточно считываются некоторые типы повторов; не считывается метилирование) и расшифровкой генома.

en.wikipedia.org/wiki/Genome_project

Genome annotation is the process of attaching biological information to sequences.[6] It consists of three main steps:
*identifying portions of the genome that do not code for proteins
*identifying elements on the genome, a process called gene prediction, and
*attaching biological information to these elements.

When sequencing a genome, there are usually regions that are difficult to sequence (often regions with highly repetitive DNA). Thus, 'completed' genome sequences are rarely ever complete, and terms such as 'working draft' or 'essentially complete' have been used to more accurately describe the status of such genome projects. Even when every base pair of a genome sequence has been determined, there are still likely to be errors present because DNA sequencing is not a completely accurate process. It could also be argued that a complete genome project should include the sequences of mitochondria and (for plants) chloroplasts as these organelles have their own genomes.

Бет говорит на 5:30 о «completely sequenced», уточняет, что генетическая последовательность человека прочитана на 99%, на 5:50 упоминает о heterochromatin, повторы в котором сложны для секвенирования

[Kalobok]

Да, я уже нашел этот момент.

[yallie]

Странно, что в этом видеоролике Бет Шапиро говорит о том, что геном мамонта расшифрован только на 50%.

[yallie]

Пардон, это речь шла о прошлой работе 2008 года.

[zvic]

Пенсильванский Государственный Университет

Это не опечатка, это просто незнание реалий. Практически каждая статья с упоминанием учебного учереждения в США содержит в себе ошибки перевода названия данного учереждения. И в вышеупомянутой статье с видео от Бет Шапиро неправильно переведено название University of California in Santa Cruz. И в данной статье Pennsylvania State University переводится не как Пенсильванский Государственный Университет, а Университет штата Пенсильвания.
А ведь для правильного перевода названия часто достаточно просто заглянуть в Википедию, найти там англоязычное название и посмотреть соответствующее название на русском.

[Nomad1]

Мне нравится научная часть этого проекта — амбициозно, реально интересно и будет действительно здорово увидеть мохнатых вживую. Но что с биологическим аспектом — им в природе есть где жить, что есть? Или по большому счету все хоботные на этой планете обречены и отдельные экземпляры останутся лишь только в зоопарках?

[eugenius_nsk]

Но что с биологическим аспектом — им в природе есть где жить, что есть?

ru.wikipedia.org/wiki/Плейстоценовый_парк, www.pleistocenepark.ru/ru

[Halt]

Интересно, зачем было буквально рыться в костях в поисках фрагментов ДНК, если в вечной мерзлоте находили практически неповрежденные туши мамонтов? Если даже мягкие ткани сохранились, то уж ДНК и подавно должно быть в сохранности.

[a5b]

То что туша выглядит «совсем как живая» (или не совсем) еще не значит, что хрупкие биологические молекулы полностью сохранились. Ancient DNA (enwiki):

..due to degradation of the DNA molecules, a process which correlates loosely with factors such as time, temperature, and presence of free water, upper limits exist beyond which no DNA is deemed likely to survive.… The DNA degrades in an exponential decay process. According to their model, mitochondrial DNA is degraded to 1 base pair after 6,830,000 years at −5 °C.… Nuclear DNA degrades at least twice as fast as mtDNA.

Секвенирование древней ДНК

ДНК со временем повреждается в результате случайного гидролиза или окисления. К гидролитическим повреждениям относятся разрушение фосфатного остова цепи, депуринизация и дезаминирование… Кроме того, возникают поперечные сшивки между цепями спирали ДНК из-за алкилирования или сшивки ДНК с различными молекулами в результате реакции Майяра.… Средняя длина амплифицируемых фрагментов древней ДНК часто не превосходит 100 п.н., причем для находок из одного места раскопок средняя длина фрагментов убывает с увеличением возраста находки…
Под контаминацией понимается попадание в образец чужеродной ДНК во время захоронения, при извлечении, хранении или исследовании. Часто вследствие контаминации лишь малая доля ДНК в образце имеет эндогенное происхождение. Лучшие в этом отношении образцы содержат до 90 % эндогенной ДНК.

Не читал полной статьи http://www.cell.com/current-biology/abstract/S0960-9822(15)00420-0, по которой писали эту новость, однако ранее образцы из вечной мерзлоты уже использовались для получения ДНК, например в 2008 г: «Whereas many ancient-DNA studies have used bone samples, in 2007 we showed that DNA with fewer damage-induced substitutions can be extracted from hair shafts collected from permafrost remains»

PS: «сейчас ученым из Гарварда удалось извлечь неповрежденную ДНК» в тексте данного поста звучит как художественное преувеличение…

[Halt]

Спасибо за столь развернутый ответ!

Безусловно вы правы, я и не рассчитывал что ДНК можно будет прочитать в первозданном виде. В то же время, кажется естественным, что чем менее поврежден организм, тем целее будет его генетический материал. Почему и задался вопросом, зачем потрошить кости, если можно набрать много образцов из тканей.

[lasc]

Даже как то с Моа прогресса особо нет, а они совсем недавно вымерли.
www.3news.co.nz/politics/mallard-bring-the-moa-back-to-life-within-50-years-2014070117#axzz3YYToqkhp