Хабр Курсы для всех
РЕКЛАМА
Большая витрина: от крупнейших школ до частных авторов. Сравнивайте по цене, длительности, формату и выбирайте самый подходящий курс!
Хабр доступен 24/7 благодаря поддержке друзей
Комментарии 16
Спасибо. Жаль только на выходные — здесь в это время мало активности. Хотелось бы еще)
Еще!
Хотелось бы узнать подробнее, как это работает.
Почему вирус гибнет, если в кассете CRISP вставлен его геном.
Почему вирус гибнет, если в кассете CRISP вставлен его геном.
Кстати, CRISPR-кассеты можно патентовать. Именно это делает компания Danisco, производящая заквастки для молочной промышленности, устойчивые к фагам. Таким образом, бактерии с последовательностями, созданные методом генной инженерии, защищённые патентом (закваску), можно продать сильно больше одного раза. Подробно об этом рассказывает Константин Северинов:
Как и компьютерный антивирус, он сканирует код чужеродной ДНК в поисках «подозрительных» участков. Обнаружив таковые
Этот момент распишите подробней, пожалуйста.
Насколько большой может быть криспкассета?
Самая большая из обнаруженных CRISPR- кассет — CRISPR протеобактерии Haliangium ochraceum, она содержит 587 спейсеров.
В геноме может встречаться больше одной кассеты: в метаногенной термофильной архее Methanocaldococcus jannaschii 18 кассет занимают почти 1% генома.
В геноме может встречаться больше одной кассеты: в метаногенной термофильной архее Methanocaldococcus jannaschii 18 кассет занимают почти 1% генома.
То есть она может расти практически неограниченно и являться косвенным признаком древности? И информация в криспкассете «не забывается»?
Рост кассеты ограничивается стремлением бактерии к минимализации генома.
По содержанию кассеты можно судить о развитии определенного штамма бактерий. CRISPR/Cas — скорее индивидуальная история болезни, а не хронология эволюции.
Если бактерия заразилась вирусом только один раз, спейсер этого вируса может быть утерян в результате рекомбинации между повторами кассеты.
По содержанию кассеты можно судить о развитии определенного штамма бактерий. CRISPR/Cas — скорее индивидуальная история болезни, а не хронология эволюции.
Если бактерия заразилась вирусом только один раз, спейсер этого вируса может быть утерян в результате рекомбинации между повторами кассеты.
Не совсем понял ответ, там ведь нет приоритетов, какая разница сколько раз заразилась вирусом бактерия? Я предполагаю, что заразившись несколько раз, могут разные участки вируса попасть как отдельные спейсеры, таким образом защита против этого вируса будет более устойчивой. Или, может быть и два одинаковых спейсера?
Про рекомбинацию, честно говоря, всегда считал, что бактерии размножаются только репликацией, мой вопрос именно к этому способу и относится.
Про рекомбинацию, честно говоря, всегда считал, что бактерии размножаются только репликацией, мой вопрос именно к этому способу и относится.
Вы правы. Одному вирусу может соответствовать несколько спейсеров, и тогда бактерия окажется более защищенной перед этим вирусом.
Говоря о рекомбинации между повторами кассеты, я имела ввиду, что CRISPR-кассета оптимизируется. В результате, какие-то спейсеры могут удаляться, тогда информация «забывается».
Говоря о рекомбинации между повторами кассеты, я имела ввиду, что CRISPR-кассета оптимизируется. В результате, какие-то спейсеры могут удаляться, тогда информация «забывается».
Спасибо за развёрнутые ответы, было бы интересно узнать и про методы оптимизации и про то, как защита от вирусов устроена у людей (какие-то связывающие Т клетки, но на практике все объяснения приводят какие-то факты, но пчему это вообще работает не поняно, вот общепопулярно было бы весьма ксатти). А по поводу статьи, видео Северинова в комментариях в 10 раз интересней и понятней.
Зарегистрируйтесь на Хабре, чтобы оставить комментарий
CRISPR/Cas как сигнатурный антивирус. Часть 1