Поиск ссылок по указанным проблемам выдал несколько результатов, один из которых меня полностью устроил. Им оказался редактор medit. Фактически, это почти полностью клонированный gedit, но в нем реализованы еще и упомянутые фичи. Скриншот можно посмотреть здесь: screenshot-medit.png.
По функциональности редактор почти не уступает популярному в среде Windows редактору TextPad. Поиск по файлам реализован тоже достаточно удобно:

Правда grep, вызываемый этим диалоговым окном, ругается, если задать параметр Skip files, но для меня это не проблема, поскольку этим параметром я все равно обычно не пользуюсь.
Что касается автоопределения кодировок, то достаточно прописать в опциях параметр Encoding to autodetect: UTF-8,WINDOWS-1251. После этого кодировка файла определяется автоматом в 99% случаев.

