В чём состоит задача фолдинга белков? Краткое пояснение

[NeoCode]

Хочется поздравить всех причастных, ведь в конечном итоге без информационных технологий в широком смысле слова современные и будущие биотехнологии были бы невозможны!

[pda0]

Суперкомпьютер Антон компании D. E. Shaw Research

Антон, где макет структуры? :)

[ru1z]

Про AlphaFold2 и ее проблемы, имхо, здесь неплохо расписано — yakovlev.me/para-slov-za-alphafold2

[mrw0rId]

Очень интересно, спасибо!
Было бы еще интересно узнать перспективы вычисления фолдинга на квантовых компьютерах в ближайшем будущем.

[DaneSoul]

Хотелось бы внести уточнения:

Белки синтезируются в виде линейных цепочек, но впоследствии сворачиваются в сложные шарообразные структуры (см. картинку в начале статьи).

Белки делятся на 3 типа: глобулярные, фибриллярные и мембранные (встроенные в клеточную мембрану). Шарообразные структуры свойственны для глобулярных, совершенно не свойственны для фибриллярных и могут быть или не быть свойственны для мембранных.

Если белок, по сути, представляет собой самособирающуюся наномашину

Не всегда самособирающуюся, некоторым требуется участие специальных белков шаперонов.

В целом, в рассчете возможных структур важнейшее влияние имеют возможные двугранные углы поворота вокруг ковалентных связей между аминокислотами отображаемые на картах Рамачандрена.
Исходя из этих углов, определенные последовательности аминокислот формируют вполне предсказуемые 3Д патерны, но вот предсказать как эти вторичные структуры сложатся в итоге в третичную глобулу (для глобулярных) — вот это уже совсем не тривиальная задача, особенно если учесть, что есть пострансляционные модификации, которые не отражены в первичной структуре!