Собственно говоря, можно то же самое сделать и ручками в фотошопе, не проблема :) Действительно это полезнее в плане практики, но занимает значительно больше времени. Использование же фильтров позволяет быстро подобрать нужные параметры, или, например, обработать сразу пачку картинок.
Прировняю это к фреймворки — зло =)
Про CakePHP говорили, что не нужно за него браться, пока php не знаешь. К фильтрам это относится аналогично.
Шаблонность фильтров — палки в колеса новичков. Зная, что нужно получить — она не помеха
Filter Forge: Превращаем фото в акварельный рисунок (урок)