Как мы научили видеокарту искать молекулы за часы вместо месяцев

[DustCn]

" Если взять оптимистичные 100 секунд на лиганд (на одном ядре CPU), то 100 тысяч превращаются в 115 суток. Даже если распараллелить на 100 ядер (а это уже целый кластер), получится около суток. "
100 ядер нынче - это один сервер.

[arhip1986]

Когда мы писали про «100 ядер», мы имели в виду классический HPC‑подход: распределение задачи виртуального скрининга по узлам кластера, где каждый лиганд считался на отдельном CPU-ядре. В современных реалиях 100 ядер — это действительно один сервер, но в контексте AutoDock Vina и подобных инструментов это не даёт линейного ускорения из-за ограничений распараллеливания. Мы сравнивали не «один GPU против одного сервера», а архитектурную разницу: CPU-кластер (даже из современных машин) против GPU-ускорителя, где стоимость вычислений на порядки ниже, а плотность расчётов — выше. По сути, мы хотели показать, что ResonDock на одиночной видеокарте RTX 3090 даёт такую же пропускную способность, как выделенный CPU-кластер стоимостью в миллионы рублей, но за цену игрового ПК.

[senoranton]

Срок вывода на рынок новой молекулы 10-15 лет не из-за долгого перебора лигандов, а из-за долгой и строгой процедуры испытаний в клинике. Желающих повторить успех талидомида мало и видеокарта здесь не помощник. А кто-то где-то проверял «заведомо плохие варианты», что они действительно на 100% плохи и их можно отметать без риска пропустить действительно уникальную и эффективную молекулу?

[arhip1986]

Абсолютно верно, клинические испытания — действительно самый долгий этап, но виртуальный скрининг ускоряет начальные стадии, позволяя быстрее выявлять перспективные кандидаты и высвобождать ресурсы для тех самых долгих и дорогих клинических исследований. Что касается риска отсеивания — мы не утверждаем, что все отсеянные молекулы на 100% бесполезны, наша цель — ранжирование и сужение поиска, а финальное решение всегда остаётся за экспериментальной проверкой.

[scientificus-emigrans]

Библиотеки вроде Enamine REAL содержат десятки миллионов соединений.

Здесь ошибка на 3 порядка, они содержат десятки миллиардов соединений. Freedom содержит сотни миллиардов. При скорости 1 лиганд/с даже с фермой, переборы займут годы.

А так тема GPU докинга, конечно, оочень интересная). Но вопросов к методологии много. Даже очень много, честно говоря. Вы планируете публиковать эту работу?

[arhip1986]

Спасибо за уточнение, с миллиардами соединений всё ещё сложнее, но мы пока работаем в масштабе миллионов — публиковаться в ближайшее время не планируем