Хабр Курсы для всех
РЕКЛАМА
Практикум, Хекслет, SkyPro, авторские курсы — собрали всех и попросили скидки. Осталось выбрать!
Хабр доступен 24/7 благодаря поддержке друзей
Комментарии 10
Прорыв!
То есть Rosetta от BOINC уже не нужна?
Интересно, способен ли этот алгоритм учитывать третичные водородные связи дальше нескольких оснований? Вроде как основной затык как раз в них.
Очень интересно, а способен ли он предсказывать белки с лигандами? С ионами металлов?
Как он может предсказать белки, которые сворачиваются только в присутствии шаперонов? Или тех, что сворачиваются только в определённых условиях — pH, температура, электролиты?
Как он может предсказать белки, которые сворачиваются только в присутствии шаперонов? Или тех, что сворачиваются только в определённых условиях — pH, температура, электролиты?
Забавно, сколько внимания уделяется скорости, да пусть хоть полгода считает, если это результат будет соответствовать действительности.
Вот тут я против нейросетей.
В первом приближении достаточно хорошо должны работать алгоритмы. Легко задать такие параметры, как Ван-дер-Ваальсов радиус, заряд, водородные взаимодействия, гидрофильность, электроотрицательность. Дальше уже рассматривается принцип энергетической выгодности (минимальной энергии полученной в результате фолдинга молекулы), и вот тут очень выручает человек, задающий основные направления и способы укладки, которые затем проще оптимизировать — привет вышеупомянутым распределенным вычислениям BOINC, Folding и т.д. (да я и сам гнул белки на своем ноуте в Folding в далеком 2009-м).
А нейросеть, насколько я понял, обучается по конфигурациям, и где-то это может работать, а в сильно экзотическом случае может серьезно споткнуться об отсутствие учета какого-нибудь аддитивного эффекта разного типа взаимодействий, например редкий ион, лиганд и т.д. Или просто провалиться в локальный оптимум чисто математически, не дойдя до истинно выгодной структуры, появляющейся в результате ферментного катализа.
В первом приближении достаточно хорошо должны работать алгоритмы. Легко задать такие параметры, как Ван-дер-Ваальсов радиус, заряд, водородные взаимодействия, гидрофильность, электроотрицательность. Дальше уже рассматривается принцип энергетической выгодности (минимальной энергии полученной в результате фолдинга молекулы), и вот тут очень выручает человек, задающий основные направления и способы укладки, которые затем проще оптимизировать — привет вышеупомянутым распределенным вычислениям BOINC, Folding и т.д. (да я и сам гнул белки на своем ноуте в Folding в далеком 2009-м).
А нейросеть, насколько я понял, обучается по конфигурациям, и где-то это может работать, а в сильно экзотическом случае может серьезно споткнуться об отсутствие учета какого-нибудь аддитивного эффекта разного типа взаимодействий, например редкий ион, лиганд и т.д. Или просто провалиться в локальный оптимум чисто математически, не дойдя до истинно выгодной структуры, появляющейся в результате ферментного катализа.
Да, ещё, у AlfaFold, попадание в структуру ~ 50/50. А про этот алгоритм можно словечко на эту тему?
И — «Чтобы применять их, необходим кристаллизованный белок, замороженный белок, химически обработанный белок или радиоактивно меченный белок.» Кто то здесь видит нативный белок? А ведь алгоритмы берут именно эти исходники за начальное приближение. Это собственно, основная проблема «считалок» и вообще 3Д структуры. Куча белков большую часть времени вообще не свернута, а при связывании разных лигандов сворачиваются по разному. Боле-менее жесткая структура у специфичных ферментов. А вся регуляция… мембраны (разная, не водная, среда) десятки возможных лигандов, постмодификации… Для какого варианта считать?
И — «Чтобы применять их, необходим кристаллизованный белок, замороженный белок, химически обработанный белок или радиоактивно меченный белок.» Кто то здесь видит нативный белок? А ведь алгоритмы берут именно эти исходники за начальное приближение. Это собственно, основная проблема «считалок» и вообще 3Д структуры. Куча белков большую часть времени вообще не свернута, а при связывании разных лигандов сворачиваются по разному. Боле-менее жесткая структура у специфичных ферментов. А вся регуляция… мембраны (разная, не водная, среда) десятки возможных лигандов, постмодификации… Для какого варианта считать?
Зарегистрируйтесь на Хабре, чтобы оставить комментарий
Нейросеть научили моментально предсказывать третичную структуру белка