BkmzSpb 14 июн 2021 в 19:44

extendr: вызываем rust из R (и наоборот)

11 мин

1.5K

Зачем нужен Rust в R?

Первый вопрос, который должен возникнуть у читателя -- а зачем вообще использовать Rust вместе с R? Ответ довольно прост: Rust -- новый системный язык программирования, спроектированный специально для написания безопасного и легко распараллеливаемого кода. Rust довольно сложен в освоении (в сравнении с другими языками), но при этом предоставляет отличные инструменты для разработки. Rust имеет довольно неплохую ООП систему и очень много заимствует из функциональных языков программирования. Несмотря на дополнительную сложность из-за функциональных/ООП компонентов, Rust позиционируется как zero-cost abstraction язык, так же как и C++.

Из-за своей популярности Rust привлекает разработчиков, которые портируют старые библиотеки и разрабатывают новые крейты. Большинство из этих крейтов можно напрямую использовать в пакетах для R, упрощая жизнь разработчикам на R.

Таким образом, можно привести два основных аргумента в пользу использования Rust: более безопасный и удобочитаемый код и доступ к целому репозиторию Rust-крейтов.

Что нужно, чтобы R код мог вызвать Rust-библиотеку?

На самом деле -- не так уж много. R-пакеты могут содержать директорию src/, в которой находится исходный код на одном из компилируемых языков. С помощью src/Makevars или src/Makevars.win файлов (вариация make) можно контролировать процесс сборки, например, вызвав на одном из шагов cargo (см. пример здесь):

cargo build --release --manifest-path=rustlib/Cargo.toml

При этом Rust -библиотека должна собираться как crate-type = ["staticlib"]. Кроме непосредственной компиляции Rust-кода, нужно предоставить C-обертки к экспортируемым функциям, а так же добавить несколько магических вызовов специальных R-функций, которые объясняют R, какие именно функции и какого типа экспортируются из данной библиотеки (например, вот так).

Основная проблема -- C-обертки и преобразование типов из R SEXP (фактически, специальный указатель) во что-то, совместимое с Rust, учитывая при этом специфику управления памятью в R (все эти ваши PROTECT, UNPORTECT, и т. д.). Как результат -- легко создать примитивный прототип без функционала, практически невозможно написать достаточно большой проект.

Интегрируем R и Rust: три п̶р̶о̶с̶т̶ы̶х̶ шага

Шаг первый: баиндинги для заголовочных файлов R

Взаимодействие с R происходит через специализированный API, доступный обычно ввиде C/ C++ заголовочных файлов (см. $R_HOME\include\). Разумеется, вызывать эти методы можно практически из любого языка, но это неудобно -- загловочные файлы невозможно подключить напрямую к Rust. К счастью, у этой проблемы уже давно есть решение: rust-bindgen (rust-lang/rust-bindgen). bindgen позволяет автоматически генерировать Rust-обертки из заголовочных файлов, и делает это довольно эффективно.

Так появился крейт libR-sys, который предоставляет баиндинги ко всем необходимым внутренним R функциям. Генерация баиндингов -- вещь нетривиальная, bindgen зависит от clangи сложен в конфигурировании, поэтому мы предоставляем pre-computed (заранее сгененрированные) баиндинги для большинства платформ, поддерживающих R. Список включает в себя linux-x64 (созданный с помощью Ubuntu-20.04), win-x86/x64 (с помощью msys2, x86 может иметь проблемы в каких-то пограничных случаях), macOS включая 11 версию (по возможности), x64 и экспериментально arm64 (честно я не знаю, есть ли arm64 сборка R под macOS). Для каждой из упомянутых платформ/архитектур мы стараемся предоставить три версии баиндингов: oldrel, release, и devel, что соответствует "прошлой", "текущей" (сейчас это 4.1.0) и "находящейся в разработке" версиям R.

В качестве альтернативы баиндинги можно сгенерировать непосредственно в системе где компилируется R пакет, при условии что все необходимые зависимости присутствуют (особенная головная боль на Windows). Гипотетически, можно собрать R для неподдерживаемой платформы и прямо на месте сгененрирвоать баиндинги (если Rust поддерживает такую платформу).

Исхоный код проекта досутпен здесь. Крейт находится в стадии поддержки, т. к. основная разработка завершена. Сейчас решается вопрос об автоматизации деплоймента новых баиндингов когда происходит релиз новой версии R.

Шаг второй: автоматизируем преобразование типов и экспорт функций

Следующий логический шаг -- избавление от боилерплейта. Экспорт функций, преобразование типов, управление памятью, обработка ошибок -- все это происходит по-разному в Rust и в R, поэтому каждая функция, вызываемая из R, должна корректно обрабатывать входные и выходные данные. Разумеется, это огромнейшее пространство для ошибок и багов. Эта проблема, тем не менее, достаточно легко решается на стороне Rust.

Прежде чем продолжить, я хочу сделать небольшое отступление. Вся идея проекта extendr и, в особенности, имплементация большей части Rust-крейтов, принадлежит Энди Томасону (@andy-thomason). Без его вклада, на мой субъективный взгляд, extendr в том виде, в котором он существует сейчас, был бы невозможен.

Вернемся обратно к коду. Как избавиться от боилерплейта? Легко, надо всего лишь распарсить исходный код Rust. Например, используя syn и подобные крейты. Моей экспертизы недостаточно, чтобы детально описать процесс парсинга и кодогенерации, но для конечного пользователя экспорт Rust функции становится невероятно простым. Во-первых, нужно пометить функции с помощью аттрибута #[extendr]:

#[extendr]
fn add_i32(x : i32, y : i32) -> i32 { x + y }

#[extendr]
fn add_vec(x : &[i32], y : &[i32]) -> Vec<i32> { 
    x.iter().zip(y.iter()).map(|v| v.0 + v.1).collect()
}

Во-вторых, нужно явно объявить экспортируемые функции:

extendr_module! {
  mod extendrtest;
  fn add_i32;
  fn add_vec;
}

Мы попытались предусмотреть все возможные случаи экспорта функций, включая экспорт нескольких модулей. Возможно, это не будет работать идеально во всех случаях, но в базовых сценариях проблемы отсутствуют. Несмотря на огромное количество готовых фич, к extendr стоит относится как к WIP.

К сожалению, остается одно небольшое ограничение при интеграции Rust-кода в проект. Дело в том, что если в папке src/ отсутствуют файлы-исходники, то стандартная процедура компиляции R попросут игнорирует все остальное и библиотека не компилируется. Чтобы обойти это, в src/ добавляется единственный файл entrypoint.c, примерно следующего содержания:

void R_init_extendrtest_extendr(void *dll);

void R_init_extendrtest(void *dll) {
  R_init_extendrtest_extendr(dll);
}

Здесь R_init_extendrtest_extendr генерируется автоматически с помощью Rust-крейта, а R_init_extendrtest -- непосредственно вызывается из R. Мы пока что не нашли способа избавиться от этого ограничения.

Некоторых изменений требуют и Makevars-файлы. Вот пример из одного из тестовых проектов:

LIBDIR = ./rust/target/release
STATLIB = $(LIBDIR)/libextendrtest.a
PKG_LIBS = -L$(LIBDIR) -lextendrtest

all: C_clean

$(SHLIB): $(STATLIB)

$(STATLIB):
	cargo build --lib --release --manifest-path=./rust/Cargo.toml
	
C_clean:
	rm -Rf $(SHLIB) $(STATLIB) $(OBJECTS)

clean:
	rm -Rf $(SHLIB) $(STATLIB) $(OBJECTS) rust/target

Фактически, мы отдельно компилируем Rust-крейт, а потом создаем совместимую с R библиотеку используя Rust-библиотеку и результат компиляции entrypoint.c.

Аналогично выглядит и версия для Windows, с той лишь разницей что на Windows мы поддерживаем иx86, и x64, из-за чего приходится динамически выбирать правильный путь к STATLIB.

extendr выполняет не только кодогенерацию на стороне Rust, он еще генерирует обертки на стороне R. Если предположить, что приведенный выше Rust код является частью пакета {extendrtest}, то становятся досутпны следующие функции:

extendrtest::add_i32(4L, 11L)

# [1] 15

extendrtest::add_vec(1:10, 10:1)

#  [1] 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11

Да, настолько просто.

Шаг третий: user-friendliness

В своей работе мы вдохновлялись такими проектами как {cpp11} - header-only пакет для интеграции C++11 кода. Так появился на свет {rextendr}, R - пакет без Rust-зависимости, который решает три основные задачи:

Создание шаблона пакета, использующего extendr, наподобие {usethis};

Компиляция и исполнение Rust - кода на лету, прямо в R-сессии. Именно это демонстрирует Анимация Для Привлечения Внимания;

Предоставление специальных knitr-модулей (engines), а именно {extendr} и {extendrsrc}, которые позволяют включать фрагменты Rust-кода (и результаты его выполнения) в ваш Rmarkdown прямо рядом с R-кодом, обеспечивая их взаимодействие.

Сейчас {rextendr} отправился на проверку в CRAN, и мы ждем результатов. Я думаю, самое время продемонстрировать несколько примеров именно с использованием {rextendr}. Сразу оговорюсь, для упрощения и воспроизводимости, я буду использовать{reprex}.

Самый простой пример это, конечно же,

rextendr::rust_function("fn hello_r() -> &'static str { \"Hello R!\" }")
#> i build directory: 'C:\Users\...\AppData\Local\Temp\Rtmp259cVM\file10186cb44264'
#> v Writing 'C:/Users/.../AppData/Local/Temp/Rtmp259cVM/file10186cb44264/target/extendr_wrappers.R'.
hello_r()
#> [1] "Hello R!"

Пример со сложением я уже показывал, но что будет, если явно передать NA?

rextendr::rust_function("fn add_i32(x : i32, y : i32) -> i32 { x + y }")
#> i build directory: 'C:\Users\...\AppData\Local\Temp\Rtmp2P2cnQ\file2f7c65e8269a'
#> v Writing 'C:/Users/.../AppData/Local/Temp/Rtmp2P2cnQ/file2f7c65e8269a/target/extendr_wrappers.R'.
add_i32(42L, NA)
#> Error in add_i32(42L, NA): unable to convert R object to primitive

Сообщения об ошибках еще не очень информативны, мы работаем над этим, но тем не менее мы получаем базовую валидацию просто за счет системы типов -- NA не совместим с i32. Однако, можно написать вот так

rextendr::rust_function("
fn add_i32_opt(x : Option<i32>, y : Option<i32>) -> Option<i32> {
    match (x, y) {
        (Some(a), Some(b)) => Some(a + b),
        _ => None
    }
}
")
#> i build directory: 'C:\Users\...\AppData\Local\Temp\Rtmpyg3uPw\file6587a897d2a'
#> v Writing 'C:/Users/.../AppData/Local/Temp/Rtmpyg3uPw/file6587a897d2a/target/extendr_wrappers.R'.

add_i32_opt(NA, 42L)
#> [1] NA
add_i32_opt(42L, 100L)
#> [1] 142

Хотите еще больше магии? Макрос R! выполняет внутри R-код, возвращая результат если операция была успешной. Как насчет

x <- 42L 
y <- 100L

rextendr::rust_eval("R!(x)? * 2 + R!(y)? * 3")
#> i build directory: 'C:\Users\...\AppData\Local\Temp\RtmpKeC23J\file32ec53677fc9'
#> v Writing 'C:/Users/.../AppData/Local/Temp/RtmpKeC23J/file32ec53677fc9/target/extendr_wrappers.R'.
#> [1] 384

Можно попробовать смешать переменные из R и Rust.

library(tibble)
x <- 10:1 # Эта переменная на стороне R
rextendr::rust_eval("call!(\"tibble\", x = R!(x), y = 1..=10)")
#> i build directory: 'C:\Users\...\AppData\Local\Temp\RtmpcDWhlk\file45802f52dc5'
#> v Writing 'C:/Users/.../AppData/Local/Temp/RtmpcDWhlk/file45802f52dc5/target/extendr_wrappers.R'.
#> # A tibble: 10 x 2
#>        x     y
#>    <int> <int>
#>  1    10     1
#>  2     9     2
#>  3     8     3
#>  4     7     4
#>  5     6     5
#>  6     5     6
#>  7     4     7
#>  8     3     8
#>  9     2     9
#> 10     1    10

Эти макросы полезны, но до сих пор нестабильны. Они лишь демонстрируют потенциальные возможности для взаимодействия R и Rust.

Для безопасной печати в Rout существует отдельный макрос : rprintln!.

x <- 42L
rextendr::rust_eval("rprintln!(\"Hello from Rust! x = {}\", R!(x)?.as_integer().unwrap());")
#> i build directory: 'C:\Users\...\AppData\Local\Temp\RtmpWQh3w0\file48e024f161ce'
#> v Writing 'C:/Users/.../AppData/Local/Temp/RtmpWQh3w0/file48e024f161ce/target/extendr_wrappers.R'.
#> Hello from Rust! x = 42

Пишем свой extendr-пакет

В этом разделе я просто приведу пример генерации пакета с использование {rextendr} и других стандартных инструментов:

pkg <- file.path(tempfile(), "myextendr")
dir.create(pkg, recursive = TRUE)
usethis::create_package(pkg)
usethis::proj_activate(pkg)
rextendr::use_extendr()
rextendr::document()
rextendr::document()
hello_world()

Как это выглядит

pkg <- file.path(tempfile(), "myextendr")
dir.create(pkg, recursive = TRUE)
usethis::create_package(pkg)
#> v Setting active project to 'C:/Users/.../AppData/Local/Temp/RtmpAVW4HZ/file122c180d1953/myextendr'
#> v Creating 'R/'
#> v Writing 'DESCRIPTION'
#> Package: myextendr
#> Title: What the Package Does (One Line, Title Case)
#> Version: 0.0.0.9000
#> Authors@R (parsed):
#>     * First Last <first.last@example.com> [aut, cre] (YOUR-ORCID-ID)
#> Description: What the package does (one paragraph).
#> License: `use_mit_license()`, `use_gpl3_license()` or friends to pick a
#>     license
#> Encoding: UTF-8
#> LazyData: true
#> Roxygen: list(markdown = TRUE)
#> RoxygenNote: 7.1.1
#> v Writing 'NAMESPACE'
#> v Setting active project to '<no active project>'
usethis::proj_activate(pkg)
#> v Setting active project to 'C:/Users/.../AppData/Local/Temp/RtmpAVW4HZ/file122c180d1953/myextendr'
#> v Changing working directory to 'C:/Users/.../AppData/Local/Temp/RtmpAVW4HZ/file122c180d1953/myextendr/'
rextendr::use_extendr()
#> v Creating 'src/rust/src'.
#> v Writing 'src/entrypoint.c'
#> v Writing 'src/Makevars'
#> v Writing 'src/Makevars.win'
#> v Writing 'src/.gitignore'
#> v Writing 'src/rust/Cargo.toml'.
#> v Writing 'src/rust/src/lib.rs'
#> v Writing 'R/extendr-wrappers.R'
#> v Finished configuring extendr for package myextendr.
#> * Please update the system requirement in 'DESCRIPTION' file.
#> * Please run `rextendr::document()` for changes to take effect.
rextendr::document()
#> i Generating extendr wrapper functions for package: myextendr.
#> ! No library found at 'src/myextendr.dll', recompilation is required.
#> Re-compiling myextendr
#>   -  installing *source* package 'myextendr' ...
#>      ** using staged installation
#>      ** libs
#>      rm -Rf myextendr.dll ./rust/target/x86_64-pc-windows-gnu/release/libmyextendr.a entrypoint.o
#>      "C:/rtools40/mingw64/bin/"gcc  -I"C:/PROGRA~1/R/R-41~1.0/include" -DNDEBUG          -O2 -Wall  -std=gnu99 -mfpmath=sse -msse2 -mstackrealign  -UNDEBUG -Wall -pedantic -g -O0 -c entrypoint.c -o entrypoint.o
#>      cargo build --target=x86_64-pc-windows-gnu --lib --release --manifest-path=./rust/Cargo.toml
#>              Updating crates.io index
#>             Compiling winapi-build v0.1.1
#>       Compiling winapi v0.3.9
#>       Compiling winapi v0.2.8
#>       Compiling proc-macro2 v1.0.27
#>       Compiling unicode-xid v0.2.2
#>       Compiling syn v1.0.73
#>       Compiling extendr-engine v0.2.0
#>       Compiling lazy_static v1.4.0
#>             Compiling kernel32-sys v0.2.2
#>             Compiling quote v1.0.9
#>             Compiling extendr-macros v0.2.0
#>             Compiling libR-sys v0.2.1
#>             Compiling extendr-api v0.2.0
#>             Compiling myextendr v0.1.0 (C:\Users\...\AppData\Local\Temp\RtmpAVW4HZ\file122c180d1953\myextendr\src\rust)
#>              Finished release [optimized] target(s) in 33.09s
#>      C:/rtools40/mingw64/bin/gcc -shared -s -static-libgcc -o myextendr.dll tmp.def entrypoint.o -L./rust/target/x86_64-pc-windows-gnu/release -lmyextendr -lws2_32 -ladvapi32 -luserenv -LC:/PROGRA~1/R/R-41~1.0/bin/x64 -lR
#>      installing to C:/Users/.../AppData/Local/Temp/RtmpAVW4HZ/devtools_install_122c37bd1965/00LOCK-myextendr/00new/myextendr/libs/x64
#>   -  DONE (myextendr)
#> v Writing 'R/extendr-wrappers.R'.
#> i Updating myextendr documentation
#> i Loading myextendr
#> Writing NAMESPACE
#> Writing NAMESPACE
#> Writing hello_world.Rd
rextendr::document()
#> i Generating extendr wrapper functions for package: myextendr.
#> i 'R/extendr-wrappers.R' is up-to-date. Skip generating wrapper functions.
#> i Updating myextendr documentation
#> i Loading myextendr
#> Writing NAMESPACE
#> Writing NAMESPACE
hello_world()
#> [1] "Hello world!"

hello_world() написана на Rust и автоматически экспортируется в R. Обратите внимание, что hello_world.Rd был создан при вызове rextendr::document() (аналог devtools::document()). Дело в том, что rextendr-парсер воспринимает /// комментарии как R комментарии. Rust функция выглядит вот так


/// Return string `"Hello world!"` to R.
/// @export
#[extendr]
fn hello_world() -> &'static str {
    "Hello world!"
}

Что автоматически генерирует R обертку

#' Return string `"Hello world!"` to R.
#' @export
hello_world <- function() .Call(wrap__hello_world)

и, как результат, обновляет документацию и NAMESPACE с помощью {roxygen2}.

Если этого мало

Здесь я хотел бы коротко описать последнюю важную фичу extendr. Крейт позволяет экспортировать не просто функции, а целые типы. Легким движением руки можно пробросить кастомный тип из Rust в R , а инстансы этого типа -- передавать в обе стороны как ссылки. Это позволяет заполучить ООП в R в традиционном (object-first) стиле, модицифируя in-place объекты, созданные и доступные из Rust:

Мутабельный объект

rextendr::rust_source(code = "
struct Counter {
    n: i32,
}

#[extendr]
impl Counter {
    fn new() -> Self {
        Self { n: 0 }
    }
    
    fn increment(&mut self) {
        self.n += 1;
    }
    
    fn get_n(&self) -> i32 {
        self.n
    }
}
")
#> i build directory: 'C:\Users\...\AppData\Local\Temp\RtmpWOu1pt\file5318783e2176'
#> v Writing 'C:/Users/.../AppData/Local/Temp/RtmpWOu1pt/file5318783e2176/target/extendr_wrappers.R'.

cntr <- Counter$new()
cntr$get_n()
#> [1] 0
cntr$increment()
cntr$increment()
cntr$get_n()
#> [1] 2

Вместо заключения

Статья получилась гораздо длиннее и сумбурней, чем я ожидал. Тем не менее, я не успел описать все возможности extendr. Этот проект амбициозный и еще далек от завершения, но я считаю, что давно пришло время добавить поддержку Rust в R, а главное сделать взаимодействие этих языков удобным. Мы осторожно надеемся, что в конечном итоге сможем добавить официальную поддержку Rust, наравне с C / C++. К сожалению, сейчас ее отсутствие накладывает на нас некоторые ограничения.

Отдельным вызовом было заставить эту систему работать на Windows. Мы столкнулись со множеством проблем, но на данный момент нам удалось справиться практически со всеми трудностями. Для запуска на Windows extendr требует стандартный Rust - тулчейн, stable-x86_64-pc-windows-msvc, с дополнительными целями (targets) x86_64-pc-windows-gnu и i686-pc-windows-gnu, а также Rtools40v2 (последняя версия на момент написания, отличается от Rtools40).

Скудную документацию можно найти здесь и в репозиториях проекта extendr.

Спасибо что дочитали до конца!

Теги:

Хабы:

R
Rust