PDB нативный формат для Houdini. Открывается, действительно, не всегда. Можно попробовать через CIF формат. Если не поможет, то дальше начинаются танцы с бубном. Как вариант - найти файл pdb, который Houdini может прочесть и в редакторе заменить его на контекст из не читаемого файла. Предположить в чём могут быть проблемы и отредактировать файл. Или. Написать свой парсер для формата.
Спасибо! Только один белок. И уже потом эти наименования(S-белок, липиды из суперкапсида (внешняя поверхность вируса), E,M белки), а также их число (исходя из последних научных данных) собираются в полноценную 3D модель вируса.
VDB, действительно, очень требовательно к ресурсам, согласен с вами. В чистом виде VDB не используется и всегда конвертируется в полигоны. В этом случае расход ресурсов сильно меньше. Это есть в статье. Про SDF ребята из SideFX пишут о несовместимости с VDB и о том, что SDF работает только со стандартными волюмами Houdini. Плюс VDB - мировой и открытый стандрат. SDF при создании образует куб 10х10х10 ячеек. Его можно уменьшить, да, при серьёзной потери в качестве модели. Поэтому я, пожалуй, при необходимости буду использовать VDB, а не рекомендуемый вами SDF. Хотя частицы мне ближе и роднее.
Мы предполагаем, что такое исследование еще не опубликовано по ряду причин:
1 криоЭМ это очень перспективный, самый лучший сейчас для расшифровки структур в «нативном» окружении. Однако, это достаточно свежий метод, и людей, умеющих работать с этим методом, тоже совсем немного.
2 По миру эта технология активно развивается и используется для расшифровки структур белков, однако есть препятствие в виде пробоподготовки. Получить адекватный препарат для микроскопии можно не для каждого образца и ученые мира активно работают в этом направлении.
Из открытых и опубликованных данных мы достали все, что могли.
Для каждого белка в формате pdb указан метод, которым он был получен. Например, для E-протеина это - Method: SOLUTION NMR. Дальше можно загуглить про сам метод. Если я не ошибаюсь, то в pdb представлены белки только "из пробирки". Ещё есть ресурсы, где можно получить белок полученный предсказанием (например, через AlphaFold) или скожий по свойствам (гомологичный).
Частично с вами согласен. Вы смотрите ретроспективно, и этот взгляд позволяет видеть свежие пути решения, так и ошибки. Я, находясь в начале пути видел очень не сложную задачу, для решения которой мне было достаточно своих скилов. У меня не было возможности увидеть эту задачу и сказать себе:
— Так, тут нужно подключать мировое сообщество иначе я буду решать эту задачу месяц.
Нет. Задача виделась не сложной. По мере роста числа не работающий моделей я видел, что задача не простая.
Про англоязычное сообщество — согласен полностью. Отчасти об этогом говорит и язык, выбранный для озвучки.
Спасибо! Мне очень приятен ваш отзыв. Ваша поддержка очеть стимулирует заниматься подобными штуками.
С Haskell не знаком. Но, кажется, я понимаю, о чём вы говорите. В Houdini есть C образный язык — VEX, еще можно на скриптах и Python. Мне близок VEX, т.к. я очень люблю С. На сегодня Houdini — да, топ из всего придуманного для 3д графики. Во многом благодаря архитектуре — ноды.
Отличный вопрос!
1. Внешняя часть настоящего вируса состоит из: шипы, мембрана, глюкоза, E,S,M белки.
В нашей модели физически корректные атомарные модели шипов, глюкозы, E-протеина и липида из которого сделана мембрана вируса.
2. M и S протеины — наша интерпретация.
3. У нас нет точной информации по количеству шипов и белков на единицу вируса. Мы сделали их исходя из средней насмотренности работ коллег. Размер вируса выбран из диапазона его реальных размеров.
4. Наша модель точнее модели корнавируса представленного в википедии.
5. Мы хотели нарисовать коронавирус точнее, чем он представлен в википедии и в среднем в интернете. У нас получилось. Можно ли нарисовать точнее? Да. И я косвенно об этом написал в статье. Раздел фрактальность. Если подключить мощь молекулярной динамики, то можно будет смоделировать мембрану, взаимодействие шипов и антител. Плюс есть огромное количество учёных, которые понимают тонкости и нюансы работы конкретно коронавируса. Их участие позволит повысить точность проекта. Но это будет совсем другой проект.
PDB нативный формат для Houdini. Открывается, действительно, не всегда. Можно попробовать через CIF формат. Если не поможет, то дальше начинаются танцы с бубном. Как вариант - найти файл pdb, который Houdini может прочесть и в редакторе заменить его на контекст из не читаемого файла. Предположить в чём могут быть проблемы и отредактировать файл. Или. Написать свой парсер для формата.
Такие движки есть. Unreal Engine, Unity, Clarisse, Omniverse.
Спасибо! Только один белок. И уже потом эти наименования(S-белок, липиды из суперкапсида (внешняя поверхность вируса), E,M белки), а также их число (исходя из последних научных данных) собираются в полноценную 3D модель вируса.
Спасибо!
VDB, действительно, очень требовательно к ресурсам, согласен с вами. В чистом виде VDB не используется и всегда конвертируется в полигоны. В этом случае расход ресурсов сильно меньше. Это есть в статье. Про SDF ребята из SideFX пишут о несовместимости с VDB и о том, что SDF работает только со стандартными волюмами Houdini. Плюс VDB - мировой и открытый стандрат. SDF при создании образует куб 10х10х10 ячеек. Его можно уменьшить, да, при серьёзной потери в качестве модели. Поэтому я, пожалуй, при необходимости буду использовать VDB, а не рекомендуемый вами SDF. Хотя частицы мне ближе и роднее.
Yes!
Кстати, я совсем забыл. Мы будем на крупнейшей российской выставке CG. И надеемся поговорить про пасхалки и юмор тоже.
https://cgevent.ru/
https://cgevent.ru/archives/35115
Спасибо, что напомнили, сейчас добавлю в статью текст.
Вот ответ от нашего молекулярного биолога.
Мы предполагаем, что такое исследование еще не опубликовано по ряду причин:
1 криоЭМ это очень перспективный, самый лучший сейчас для расшифровки структур в «нативном» окружении. Однако, это достаточно свежий метод, и людей, умеющих работать с этим методом, тоже совсем немного.
2 По миру эта технология активно развивается и используется для расшифровки структур белков, однако есть препятствие в виде пробоподготовки. Получить адекватный препарат для микроскопии можно не для каждого образца и ученые мира активно работают в этом направлении.
Из открытых и опубликованных данных мы достали все, что могли.
Я переадресовал ваш вопрос Валерии Архиповой (молекулярный биолог). А пока вот статья про использование cryo-EM в исследовании SARS-CoV-2.
https://www.nature.com/articles/s41467-020-19619-7
Моё предположение (не компетентное), что отсканировать и изучить не получится т.к. не хватает разрешающей способности самого метода.
Спасибо!
Для каждого белка в формате pdb указан метод, которым он был получен. Например, для E-протеина это - Method: SOLUTION NMR. Дальше можно загуглить про сам метод. Если я не ошибаюсь, то в pdb представлены белки только "из пробирки". Ещё есть ресурсы, где можно получить белок полученный предсказанием (например, через AlphaFold) или скожий по свойствам (гомологичный).
Спасибо!
— Так, тут нужно подключать мировое сообщество иначе я буду решать эту задачу месяц.
Нет. Задача виделась не сложной. По мере роста числа не работающий моделей я видел, что задача не простая.
Про англоязычное сообщество — согласен полностью. Отчасти об этогом говорит и язык, выбранный для озвучки.
С Haskell не знаком. Но, кажется, я понимаю, о чём вы говорите. В Houdini есть C образный язык — VEX, еще можно на скриптах и Python. Мне близок VEX, т.к. я очень люблю С. На сегодня Houdini — да, топ из всего придуманного для 3д графики. Во многом благодаря архитектуре — ноды.
1. Внешняя часть настоящего вируса состоит из: шипы, мембрана, глюкоза, E,S,M белки.
В нашей модели физически корректные атомарные модели шипов, глюкозы, E-протеина и липида из которого сделана мембрана вируса.
2. M и S протеины — наша интерпретация.
3. У нас нет точной информации по количеству шипов и белков на единицу вируса. Мы сделали их исходя из средней насмотренности работ коллег. Размер вируса выбран из диапазона его реальных размеров.
4. Наша модель точнее модели корнавируса представленного в википедии.
5. Мы хотели нарисовать коронавирус точнее, чем он представлен в википедии и в среднем в интернете. У нас получилось. Можно ли нарисовать точнее? Да. И я косвенно об этом написал в статье. Раздел фрактальность. Если подключить мощь молекулярной динамики, то можно будет смоделировать мембрану, взаимодействие шипов и антител. Плюс есть огромное количество учёных, которые понимают тонкости и нюансы работы конкретно коронавируса. Их участие позволит повысить точность проекта. Но это будет совсем другой проект.
www.youtube.com/channel/UCmVIflStOlsw1Uz83V5Wdcg