JavaFX: класс Controller и fx:id в FXML

Если в комментариях знающие люди приоткроют завесу тайны, буду весьма благодарен.

Вот это:

Parent root = FXMLLoader.load(getClass().getResource("YourFXML.fxml"));

создаёт новый экземпляр класса, указанного в fx:controller и инициализирует всё в нём. Поэтому fxButton и остаётся неинициализированным в том экземпляре, откуда вызывается FXMLLoader.load().