Операция слияния (merge), выполняемая стандартными средствами git, хорошо работает для текстовых файлов, содержащих исходные тексты программ. Но слияние текстовых файлов, содержащих жестко структурированные данные, в частности JSON — это большая головная боль.

Для решения этой проблемы можно подключить к git'у отдельный инструмент слияния для JSON-файлов, который не работает построчно, а учитывает структуру JSON-объектов.

Предлагаю использовать для этого скрипт на javascript, который анализирует сливаемые JSON-файлы и делает слияние на основании структуры и вложенности объектов JSON.