Как создать 3D Tilemap в unity без кода

Реализовать пещеры можно, так как все строится из префабов, настроить коллайдеры можно как угодно внутри префабов + скрипты навесить.
Для создания пещер или комнат, можно посмотреть как похожие модели сделаны в играх Fallout 3 и The Elder Scrolls: Skyrim.
Перепады высот можно попробовать отдельными тайлами.сделать. Допустим 2 тайла на лестницу. Первый тал на нижнем уровне + второй тайл на верхнем.
Самое интересное тут это инструментарий конечно.