Ну, непосредственно тема фолдинга не сказать, что раскрыта. Плюс AlphaFold Server явно не на ноуте запускался - он слишком тяжёлый. И результаты фолдинга зависят от нескольких параметров и того, делалась ли (и как) релаксация после фолдинга (в альфафолде можно настроить его самого это делать, а можно как и с esmfold или omegafold, делать после фолдинга с помощью openmm). Так что, возможно, хотелось бы больше подробностей: не о визуализации, а о параметрах фолдинга.
Не удивлён ни разу. Пришлось много поработать с энтерпрайзным софтом на Java - каким он бывает, в каких условиях и почему я видел. Эта статья, правда, освещает поглубже природу того, что я видел и вот за это автору респект!
Белок при неправильном или очень долго хранении ячейки денатурирует - так что нет, не смущает. Инженерии там как раз дофига - и генной, и обычной. Иначе точность была бы как у монетки, а скорость как у диффузии. И конечно разные фрагменты секвенируются - у тебя нет способа отобрать только нужные и определённой длины без ПЦР. А с ПЦР ты максимум длины имеешь 20-40 килобаз (и то если постараешься и без гарантий стабильности, стабильность заканчивается в районе 6-10 килобаз) и теряешь инфу по эпигенетике и прочим модификациям (окисление, рад сшивки, выпадение оснований, дезаминирование...).
Это ИонТоррент, вообще другая технология. Там по сути чип - матрица пэашметров, считывающиих изменения кислотности в процессе синтеза ДНК. Читает короче, сложнее и иначе
Нанопора сама по себе белковая. И это искусственно мутированный белок, соответствующий нескольким критериям, некоторые из которых: гибкость нанопоры при достаточной узости, чтоб проходили только одноцепочечные НК (да, можно и РНК), короткий канал поры, чтобы не было слишком много вариантов того, что может быть внутри, термостабильность (и при этом конформационная гибкость, не забываем), ну и способность связываться с моторным белком, чтобы транспорт НК через пору был быстрее диффузии и предсказуемее. Збс требования, да? Удачи в инжиниринге.
Выглядит как "учёный изнасиловал журналиста". На поверхности микробов не может быть рубцов. В принципе. Никаких. И то, что эта фигня может дожить до Марса и выжить там некоторое время (не очень большое) - не значит, что оно может на Марсе размножаться. Особенно с учётом того, что грибам для жизнедеятельности обязателен кислород, которого на Марсе около ничего.
Это редко. У нас даже многие т.н. псевдогенв активны и важны. Чтоб последовательность стала реально бесполезной - это надо, чтоб её очень хорошо так покорёжило. Например, мусором можно назвать псевдоген GULOP - интеграция ретровируса у дальнего предка приматов прошла так, что там всего несколько экзонов осталось и то частично покорёженные. А вот SMN2 вполне функционален - мы хоть и не бактерии, но ограниченно умеем читать через стоп кодоны, в противном случае дети с СМА не доживали бы до генной терапии вообще никак. А так - очень небольшой уровень фактора выживания моторных нейронов поддерживается у них этим геном. И его же редактирование той же Золгенсмой лечит СМА. Я ещё долго могу рассказывать, да.)
Как генетик могу сказать, что то, что считается мусорным кодом - по большей части не мусор, а регуляторные последовательности типа промоторов, терминаторов и т.д. Но термин в конце прошлого века закрепился и теперь, собака, его фиг вытравишь.(
Это ещё очень напоминает ваху 40к:СШК из эры ТЭТ вроде частично сохранились, но вот их понимание... И получаем касту магосов Механикус - частично техники, частично жрецы, не до конца понимающие свои же приборы.
Канешна! Хочешь быстрай работы - крась в красный с шашечками! Хочешь стабильности - синий твой выбор! Для хорошей ЗП крась фсё в жёлтый. Но не приведи ГоркаМорка пакрасить в фивалетавый - работу ни заметят.((((
За пятого и шестого: Горку и Морку!) ВАААААААААГХ!!!!
Ну серьёзно: иногда такие конструкции лепил на прошлой работе в условиях ограниченного бюджета, что оставалось надеяться только на этих двух и ВАААГХ всемогущий.
Ну что тут сказать: спасибо, Кэп Очевидность!
Ну, непосредственно тема фолдинга не сказать, что раскрыта. Плюс AlphaFold Server явно не на ноуте запускался - он слишком тяжёлый. И результаты фолдинга зависят от нескольких параметров и того, делалась ли (и как) релаксация после фолдинга (в альфафолде можно настроить его самого это делать, а можно как и с esmfold или omegafold, делать после фолдинга с помощью openmm). Так что, возможно, хотелось бы больше подробностей: не о визуализации, а о параметрах фолдинга.
Не удивлён ни разу. Пришлось много поработать с энтерпрайзным софтом на Java - каким он бывает, в каких условиях и почему я видел. Эта статья, правда, освещает поглубже природу того, что я видел и вот за это автору респект!
Белок при неправильном или очень долго хранении ячейки денатурирует - так что нет, не смущает. Инженерии там как раз дофига - и генной, и обычной. Иначе точность была бы как у монетки, а скорость как у диффузии. И конечно разные фрагменты секвенируются - у тебя нет способа отобрать только нужные и определённой длины без ПЦР. А с ПЦР ты максимум длины имеешь 20-40 килобаз (и то если постараешься и без гарантий стабильности, стабильность заканчивается в районе 6-10 килобаз) и теряешь инфу по эпигенетике и прочим модификациям (окисление, рад сшивки, выпадение оснований, дезаминирование...).
Это ИонТоррент, вообще другая технология. Там по сути чип - матрица пэашметров, считывающиих изменения кислотности в процессе синтеза ДНК. Читает короче, сложнее и иначе
5120 - это Mk1D, там система термостабилизации ячейки, защита от света (да, это важно, как оказалось) и богаче стартовый набор.
Нанопора сама по себе белковая. И это искусственно мутированный белок, соответствующий нескольким критериям, некоторые из которых: гибкость нанопоры при достаточной узости, чтоб проходили только одноцепочечные НК (да, можно и РНК), короткий канал поры, чтобы не было слишком много вариантов того, что может быть внутри, термостабильность (и при этом конформационная гибкость, не забываем), ну и способность связываться с моторным белком, чтобы транспорт НК через пору был быстрее диффузии и предсказуемее. Збс требования, да? Удачи в инжиниринге.
Не найдём или истребили потенциальных аборигенов.
Хм, интересно, я встречал только "марсианскую почву". Спасибо!
Еретик! Ты собрался кормить демонюг благородными магосами ксенобиологис! На сервиторизацию!
ВААААААААГХ???)
Выглядит как "учёный изнасиловал журналиста". На поверхности микробов не может быть рубцов. В принципе. Никаких. И то, что эта фигня может дожить до Марса и выжить там некоторое время (не очень большое) - не значит, что оно может на Марсе размножаться. Особенно с учётом того, что грибам для жизнедеятельности обязателен кислород, которого на Марсе около ничего.
И, едрить-колотить, на Марсе НЕ реголит!
О, Око Ужаса исследовать начали.) Главное не пускать туда чувака по имени Лоргар.)
А если серьёзно: круто, хотя я уживлён, что тема джетов всё ещё так мало исследована.
Ура! Да здравствует фильтрация короткого шлака!
Это редко. У нас даже многие т.н. псевдогенв активны и важны. Чтоб последовательность стала реально бесполезной - это надо, чтоб её очень хорошо так покорёжило. Например, мусором можно назвать псевдоген GULOP - интеграция ретровируса у дальнего предка приматов прошла так, что там всего несколько экзонов осталось и то частично покорёженные. А вот SMN2 вполне функционален - мы хоть и не бактерии, но ограниченно умеем читать через стоп кодоны, в противном случае дети с СМА не доживали бы до генной терапии вообще никак. А так - очень небольшой уровень фактора выживания моторных нейронов поддерживается у них этим геном. И его же редактирование той же Золгенсмой лечит СМА. Я ещё долго могу рассказывать, да.)
Как генетик могу сказать, что то, что считается мусорным кодом - по большей части не мусор, а регуляторные последовательности типа промоторов, терминаторов и т.д. Но термин в конце прошлого века закрепился и теперь, собака, его фиг вытравишь.(
Это ещё очень напоминает ваху 40к:СШК из эры ТЭТ вроде частично сохранились, но вот их понимание... И получаем касту магосов Механикус - частично техники, частично жрецы, не до конца понимающие свои же приборы.
Канешна! Хочешь быстрай работы - крась в красный с шашечками! Хочешь стабильности - синий твой выбор! Для хорошей ЗП крась фсё в жёлтый. Но не приведи ГоркаМорка пакрасить в фивалетавый - работу ни заметят.((((
Опередил.)
За пятого и шестого: Горку и Морку!) ВАААААААААГХ!!!!
Ну серьёзно: иногда такие конструкции лепил на прошлой работе в условиях ограниченного бюджета, что оставалось надеяться только на этих двух и ВАААГХ всемогущий.