Свежее обновление Windows делает невозможным подключение через VPN (L2TP)

Тут скорее совпало, насчёт обновления, однако:

0) остановить мерцание (временно) поможет закрытие Explorer.exe через диспетчер задач

1) если используете StartIsBack – удалите (из безопасного, например)

2) отключите компьютер от сети (проводной и беспроводной) – перестало мерцать?

3) если (2) сработало – откатывайте последние обновы

Скрипт отключения компонентов Windows

DISM++, упомянутый выше, работает норм на Windows Server 2016. В любом из вариантов ОБЯЗАТЕЛЬНО делай бэкап, например Acronis'ом