С 12ого июля по 21-ого августа проходило мероприятие Большая математическая мастерская. Я был руководителем проекта целью которого стала разработка метода оценки пигментного состава зерна ячменя на основе анализа цифровых изображений с помощью алгоритмов компьютерного зрения и машинного обучения. Цвет оболочки зерен злаков – важный признак, характеризующий содержащиеся в ней пигменты и метаболиты. Наличие пигментов в оболочке влияет на различные технологические свойства зерна. Показано, что растения с темной окраской зерна являются более холодо- и засухоустойчивыми, а также обладают повышенной устойчивостью к действию патогенов. Такие свойства окрашенных растений связаны с высоким содержанием антиоксидантов, а также с дополнительной механической прочностью оболочек зерна. Темная окраска колоса ячменя может быть обусловлена синтезом и накоплением двух групп пигментов. Голубая и фиолетовая окраска зерна связана с синтезом антоцианов. Серую и черную окраску ячменя обуславливают пигменты меланины. Данные пигменты могут накапливаться в оболочках зерна самостоятельно, либо совместно, поэтому визуально определить, накопление каких именно пигментов обуславливает темный цвет зерна, затруднительно. Для точного определения наличия/отсутствия пигментов используются химические и генетические методы, которые, однако, дороги и трудозатраты. Поэтому сознание нового метода для быстрой оценки наличия пигментов в зернах является актуальной задачей, решение которой поможет при исследовании механизмов генетического контроля окраски зерен.
Пользователь
Гибридное использование RDBMS и NoSQL подходов для обработки транскриптомных данных
Эксперимент по секвенированию транскриптома (RNA-seq) стал практически рутинной процедурой для изучения как модельных организмов, так и для сельскохозяйственных культур. В результате биоинформатической обработки таких экспериментов получаются объемные разнородные данные, представленные нуклеотидными последовательностями транскриптов, аминокислотными последовательностями и их структурно-функциональной аннотацией. Полученные данные важно представить широкому кругу исследователей в виде баз данных (БД). В публикации мы рассмотрим гибридный подход к созданию молекулярно-генетических баз данных, которые содержат информацию о последовательностях транскриптов и их структурнофункциональной аннотации. Сущность подхода в одновременном хранении в БД информации как структурированного типа, так и слабо структурированных данных. Технология использована для реализации БД транскриптомов сельскохозяйственных растений. В публикации рассматриваются особенности реализации такого подхода и примеры формирования как простых, так и сложных запросов к такой базе данных на языке SQL. Данная статья является укороченным пересказом нашей работы doi: 10.17537/2020.15.455 в которой я являюсь соавтором.
Анализ колоса пшеницы методами компьютерного зрения. Определение плоидности
Для генетики пшеницы важной задачей является определение плоидности (число одинаковых наборов хромосом, находящихся в ядре клетки). Классический подход решения этой задачи основан на использовании молекулярно-генетических методов, которые дороги и трудозатратны. Определение типов растений возможно только в лабораторных условиях. Поэтому в данной работе мы проверяем гипотезу: возможно ли определить плоидность пшеницы, используя методы компьютерного зрения, только лишь на основании изображения колоса.
Видеолекции по биоинформатике
vmd — консольное приложение для скачивания музыки из vk.com
Публикация модуля на cpan
Публикация модуля состоит трех этапов:
- регистрация на pause.perl.org
- сборка дистрибутива модуля
- регистрация названия модуля и загрузка дистрибутива на сервер pause.perl.org.
VK::App — модуль для создания клиентских приложений в vk.com
- Авторизация, основанная на OAuth 2.0, по логину/паролю или cookies.
- Установка прав доступа, которые потребуются приложению.
- Выполнение любых запросов VK API и получение результата в JSON, XML или Perl Object виде.
Электронный термометр с web-интерфейсом на основе UniPing RS-485
Поле, где работают биологи, располагается в некотором удалении от здания, в которое мы могли получить доступ, возможность установить свое оборудование и использовать Internet.
Информация
- В рейтинге
- Не участвует
- Откуда
- Новосибирск, Новосибирская обл., Россия
- Зарегистрирован
- Активность