Если внести файл в .gitignore, то он не будет отслеживаться гитом лишь в том случае, если этого файла нет в удаленном репозитории.

Но если в репозитории уже есть (к примеру конфиги сайта), а мы не хотим, чтобы наши локальные конфиги отслеживались, то можно выполнить команду:
git update-index --assume-unchanged application/config/database.php

либо всю папку
git update-index --assume-unchanged application/config/*