Не, сама библиотека для формирования подписи/шифрования использует криптопро (или випнет). Но, на мой взгляд, она удобнее чем .NET от криптопро и не нужно отдельно платить за библиотеку .NET для криптопро. Я как понял по условиям лицензии я эту библиотеку от криптопро должен на каждый свой инстанс покупать.
github.com/AlexMAS/GostCryptography
поддерживает в том числе и VipNet. Вы её смотрели?