iphysic Mar 4 2019 at 14:02

Знакомство с Neural ODE

20 min

38K

Open Data Science corporate blogPython*Algorithms*Mathematics*Machine learning*

Neural Ordinary Differential Equations

Значительная доля процессов описывается дифференциальными уравнениями, это могут быть эволюция физической системы во времени, медицинское состояние пациента, фундаментальные характеристики фондового рынка и т.д. Данные о таких процессах последовательны и непрерывны по своей природе, в том смысле, что наблюдения — это просто проявления какого-то непрерывно изменяющегося состояния.

Есть также и другой тип последовательных данных, это дискретные данные, например, данные NLP задач. Состояния в таких данных меняется дискретно: от одного символа или слова к другому.

Сейчас оба типа таких последовательных данных обычно обрабатываются рекуррентными сетями, несмотря на то, что они отличны по своей природе, и похоже, требуют различных подходов.

На последней NIPS-конференции была представлена одна очень интересная статья, которая может помочь решить эту проблему. Авторы предлагают подход, который они назвали Нейронные Обыкновенные Дифференциальные Уравнения (Neural ODE).

Здесь я постарался воспроизвести и кратко изложить результаты этой статьи, чтобы сделать знакомство с ее идеей чуть более простым. Мне кажется, что эта новая архитектура вполне может найти место в стандартном инструментарии дата-сайентиста наряду со сверточными и рекуррентными сетями.

Картинка 1: Непрерывный backpropagation градиента требует решения аугментированного дифференциального уравнения назад во времени.

Стрелки представляют корректировку распространенных назад градиентов градиентами от наблюдений.

Иллюстрация из оригинальной статьи

Постановка проблемы

Пусть есть процесс, который подчиняется некоторому неизвестному ОДУ и пусть есть несколько (зашумленных) наблюдений вдоль траектории процесса

$\frac{dz}{dt} = f(z(t), t) \; (1)$

$\{(z_0, t_0),(z_1, t_1),...,(z_M, t_M)\} - \text{наблюдения}$

Как найти аппроксимацию $\widehat{f}(z, t, \theta)$ функции динамики f(z, t)

?

Сначала рассмотрим более простую задачу: есть только 2 наблюдения, в начале и в конце траектории, (z_0, t_0), (z_1, t_1)

.

Эволюция системы запускается из состояния z_0, t_0

на время

с какой-то параметризованной функцией динамики, используя любой метод эволюции систем ОДУ. После того, как система оказывается в новом состоянии $\hat{z_1}, t_1$ , оно сравнивается с состоянием z_1

и разница между ними минимизируется варьированием параметров $\theta$ функции динамики.

Или, более формально, рассмотрим минимизацию функции потерь $L(\hat{z_1})$ :

$L(z(t_1)) = L \Big( \int_{t_0}^{t_1} f(z(t), t, \theta)dt \Big) = L \big( \text{ODESolve}(z(t_0), f, t_0, t_1, \theta) \big) \; (2)$

Чтобы минимизировать

, нужно рассчитать градиенты по всем его параметрами: $z(t_0), t_0, t_1, \theta$ . Чтобы сделать это, сначала нужно определить, как

зависит от состояния в каждый момент времени (z(t))

$a(t) = -\frac{\partial L}{\partial z(t)} \; (3)$

зовется сопряженным (adjoint) состоянием, его динамика задается другим дифференциальными уравнением, которое можно считать непрерывным аналогом дифференцирования сложной функции (chain rule):

$\frac{d a(t)}{d t} = -a(t) \frac{\partial f(z(t), t, \theta)}{\partial z} \; (4)$

Вывод этой формулы можно посмотреть в аппендиксе оригинальной статьи.

Векторы в этой статье следует считать строчными векторами, хотя оригинальная статья использует и строчное и столбцовое представление.

Решая диффур (4) назад во времени, получаем зависимость от начального состояния z(t_0)

$\frac{\partial L}{\partial z(t_0)} = \int_{t_1}^{t_0} a(t) \frac{\partial f(z(t), t, \theta)}{\partial z} dt \; (5)$

Чтобы рассчитать градиент по отношению к

and $\theta$ , можно просто считать их частью состояния. Такое состояние зовется аугментированным. Динамика такого состояния тривиально получается из оригинальной динамики:

$\frac{d}{dt} \begin{bmatrix} z \\ \theta \\ t \end{bmatrix} (t) = f_{\text{aug}}([z, \theta, t]) := \begin{bmatrix} f([z, \theta, t ]) \\ 0 \\ 1 \end{bmatrix} \; (6)$

Тогда сопряженное состояние к этому аугментированному состоянию:

$a_{\text{aug}} := \begin{bmatrix} a \\ a_{\theta} \\ a_t \end{bmatrix}, a_{\theta}(t) := \frac{\partial L}{\partial \theta(t)}, a_t(t) := \frac{\partial L}{\partial t(t)} \; (7)$

Градиент аугментированной динамики:

$\frac{\partial f_{\text{aug}}}{\partial [z, \theta, t]} = \begin{bmatrix} \frac{\partial f}{\partial z} &; \frac{\partial f}{\partial \theta} &; \frac{\partial f}{\partial t} \\ 0 &; 0 &; 0 \\ 0 &; 0 &; 0 \end{bmatrix} \; (8)$

Дифференциальное уравнение сопряженного аугментированного состояния из формулы (4) тогда:

$\frac{d a_{\text{aug}}}{dt} = - \begin{bmatrix} a\frac{\partial f}{\partial z} &; a\frac{\partial f}{\partial \theta} &; a\frac{\partial f}{\partial t}\end{bmatrix} \; (9)$

Решение этого ОДУ назад во времени дает:

$\frac{\partial L}{\partial z(t_0)} = \int_{t_1}^{t_0} a(t) \frac{\partial f(z(t), t, \theta)}{\partial z} dt \; (10)$

$\frac{\partial L}{\partial \theta} = \int_{t_1}^{t_0} a(t) \frac{\partial f(z(t), t, \theta)}{\partial \theta} dt \; (11)$

$\frac{\partial L}{\partial t_0} = \int_{t_1}^{t_0} a(t) \frac{\partial f(z(t), t, \theta)}{\partial t} dt \; (12)$

Что вместе с

$\frac{\partial L}{\partial t_1} = - a(t) \frac{\partial f(z(t), t, \theta)}{\partial t} \; (13)$

дает градиенты по всем входным параметрам в решатель ОДУ ODESolve.

Все градиенты (10), (11), (12), (13) могут быть рассчитаны вместе за один вызов ODESolve с динамикой сопряженного аугментированного состояния (9).

Иллюстрация из оригинальной статьи

Алгоритм выше описывает обратное распространения градиента решения ОДУ для последовательных наблюдений.

В случае нескольких наблюдений на одну траекторию все рассчитывается так же, но в моменты наблюдений обратно распространенный градиент надо корректировать градиентами от текущего наблюдения, как показано в иллюстрации 1.

Реализация

Код ниже — это моя реализация Нейронных ОДУ. Я делал это сугубо для лучшего понимания того, что происходит. Впрочем, она очень близка к тому, что реализовано в репозитории у авторов статьи. Здесь содержится весь нужный для понимания код в одном месте, он также слегка более закомментированный. Для реального применения и экспериментов все же лучше использовать реализацию авторов оригинальной статьи.

import math
import numpy as np
from IPython.display import clear_output
from tqdm import tqdm_notebook as tqdm

import matplotlib as mpl
import matplotlib.pyplot as plt
%matplotlib inline
import seaborn as sns
sns.color_palette("bright")
import matplotlib as mpl
import matplotlib.cm as cm

import torch
from torch import Tensor
from torch import nn
from torch.nn  import functional as F 
from torch.autograd import Variable

use_cuda = torch.cuda.is_available()

Для начала надо реализовать любой метод эволюции систем ОДУ. В целях простоты здесь реализован метод Эйлера, хотя подойдет любой явный или неявный метод.

def ode_solve(z0, t0, t1, f):
    """
    Простейший метод эволюции ОДУ - метод Эйлера
    """
    h_max = 0.05
    n_steps = math.ceil((abs(t1 - t0)/h_max).max().item())

    h = (t1 - t0)/n_steps
    t = t0
    z = z0

    for i_step in range(n_steps):
        z = z + h * f(z, t)
        t = t + h
    return z

Здесь также описан суперкласс параметризованной функции динамики с парочкой полезных методов.

Во-первых: нужно возвращать все параметры от которых зависит функция в виде вектора.

Во-вторых: надо рассчитывать аугментированную динамику. Эта динамика зависит от градиента параметризованной функции по параметрам и входным данным. Чтобы не приходилось каждый раз для каждой новой архитектуры прописывать градиент руками, воспользуемся методом torch.autograd.grad.

class ODEF(nn.Module):
    def forward_with_grad(self, z, t, grad_outputs):
        """Compute f and a df/dz, a df/dp, a df/dt"""
        batch_size = z.shape[0]

        out = self.forward(z, t)

        a = grad_outputs
        adfdz, adfdt, *adfdp = torch.autograd.grad(
            (out,), (z, t) + tuple(self.parameters()), grad_outputs=(a),
            allow_unused=True, retain_graph=True
        )
        # метод grad автоматически суммирует градиенты для всех элементов батча,
        # надо expand их обратно 
        if adfdp is not None:
            adfdp = torch.cat([p_grad.flatten() for p_grad in adfdp]).unsqueeze(0)
            adfdp = adfdp.expand(batch_size, -1) / batch_size
        if adfdt is not None:
            adfdt = adfdt.expand(batch_size, 1) / batch_size
        return out, adfdz, adfdt, adfdp

    def flatten_parameters(self):
        p_shapes = []
        flat_parameters = []
        for p in self.parameters():
            p_shapes.append(p.size())
            flat_parameters.append(p.flatten())
        return torch.cat(flat_parameters)

Код ниже описывает прямое и обратное распространение для Нейронных ОДУ. Приходится отделить этот код от основного torch.nn.Module в виде функции torch.autograd.Function потому, что в последнем можно реализовать произвольный метод обратного распространения, в отличие от модуля. Так что это просто костыль.

Эта функция лежит в основе всего подхода Нейронных ОДУ.

class ODEAdjoint(torch.autograd.Function):
    @staticmethod
    def forward(ctx, z0, t, flat_parameters, func):
        assert isinstance(func, ODEF)
        bs, *z_shape = z0.size()
        time_len = t.size(0)

        with torch.no_grad():
            z = torch.zeros(time_len, bs, *z_shape).to(z0)
            z[0] = z0
            for i_t in range(time_len - 1):
                z0 = ode_solve(z0, t[i_t], t[i_t+1], func)
                z[i_t+1] = z0

        ctx.func = func
        ctx.save_for_backward(t, z.clone(), flat_parameters)
        return z

    @staticmethod
    def backward(ctx, dLdz):
        """
        dLdz shape: time_len, batch_size, *z_shape
        """
        func = ctx.func
        t, z, flat_parameters = ctx.saved_tensors
        time_len, bs, *z_shape = z.size()
        n_dim = np.prod(z_shape)
        n_params = flat_parameters.size(0)

        # Динамика аугментированной системы,
        # которую надо эволюционировать обратно во времени
        def augmented_dynamics(aug_z_i, t_i):
            """
            Тензоры здесь - это срезы по времени
            t_i - тензор с размерами: bs, 1
            aug_z_i - тензор с размерами: bs, n_dim*2 + n_params + 1
            """
            # игнорируем параметры и время
            z_i, a = aug_z_i[:, :n_dim], aug_z_i[:, n_dim:2*n_dim]  
            # Unflatten z and a
            z_i = z_i.view(bs, *z_shape)
            a = a.view(bs, *z_shape)
            with torch.set_grad_enabled(True):
                t_i = t_i.detach().requires_grad_(True)
                z_i = z_i.detach().requires_grad_(True)

                faug = func.forward_with_grad(z_i, t_i, grad_outputs=a)
                func_eval, adfdz, adfdt, adfdp = faug

                adfdz = adfdz if adfdz is not None else torch.zeros(bs, *z_shape)
                adfdp = adfdp if adfdp is not None else torch.zeros(bs, n_params)
                adfdt = adfdt if adfdt is not None else torch.zeros(bs, 1)
                adfdz = adfdz.to(z_i)
                adfdp = adfdp.to(z_i)
                adfdt = adfdt.to(z_i)

            # Flatten f and adfdz
            func_eval = func_eval.view(bs, n_dim)
            adfdz = adfdz.view(bs, n_dim) 
            return torch.cat((func_eval, -adfdz, -adfdp, -adfdt), dim=1)

        dLdz = dLdz.view(time_len, bs, n_dim)  # flatten dLdz для удобства
        with torch.no_grad():
            ## Создадим плейсхолдеры для возвращаемых градиентов
            # Распространенные назад сопряженные состояния, 
            # которые надо поправить градиентами от наблюдений
            adj_z = torch.zeros(bs, n_dim).to(dLdz)
            adj_p = torch.zeros(bs, n_params).to(dLdz)
            # В отличие от z и p, нужно вернуть градиенты для всех моментов времени
            adj_t = torch.zeros(time_len, bs, 1).to(dLdz)

            for i_t in range(time_len-1, 0, -1):
                z_i = z[i_t]
                t_i = t[i_t]
                f_i = func(z_i, t_i).view(bs, n_dim)

                # Рассчитаем прямые градиенты от наблюдений
                dLdz_i = dLdz[i_t]
                dLdt_i = torch.bmm(torch.transpose(dLdz_i.unsqueeze(-1), 1, 2), 
                                   f_i.unsqueeze(-1))[:, 0]

                # Подправим ими сопряженные состояния
                adj_z += dLdz_i
                adj_t[i_t] = adj_t[i_t] - dLdt_i

                # Упакуем аугментированные переменные в вектор
                aug_z = torch.cat((
                    z_i.view(bs, n_dim),
                    adj_z, torch.zeros(bs, n_params).to(z)
                    adj_t[i_t]),
                    dim=-1
                )

                # Решим (эволюционируем) аугментированную систему назад во времени
                aug_ans = ode_solve(aug_z, t_i, t[i_t-1], augmented_dynamics)

                # Распакуем переменные обратно из решенной системы
                adj_z[:] = aug_ans[:, n_dim:2*n_dim]
                adj_p[:] += aug_ans[:, 2*n_dim:2*n_dim + n_params]
                adj_t[i_t-1] = aug_ans[:, 2*n_dim + n_params:]

                del aug_z, aug_ans

            ## Подправим сопряженное состояние в нулевой момент прямыми градиентами
            # Вычислим прямые градиенты
            dLdz_0 = dLdz[0]
            dLdt_0 = torch.bmm(torch.transpose(dLdz_0.unsqueeze(-1), 1, 2),
                                f_i.unsqueeze(-1))[:, 0]

            # Подправим
            adj_z += dLdz_0
            adj_t[0] = adj_t[0] - dLdt_0
        return adj_z.view(bs, *z_shape), adj_t, adj_p, None

Теперь для удобства обернем эту функцию в nn.Module.

class NeuralODE(nn.Module):
    def __init__(self, func):
        super(NeuralODE, self).__init__()
        assert isinstance(func, ODEF)
        self.func = func

    def forward(self, z0, t=Tensor([0., 1.]), return_whole_sequence=False):
        t = t.to(z0)
        z = ODEAdjoint.apply(z0, t, self.func.flatten_parameters(), self.func)
        if return_whole_sequence:
            return z
        else:
            return z[-1]

Применение

Восстановление реальной функции динамики (проверка подхода)

В качестве базового теста проверим теперь, правда ли Neural ODE могут восстанавливать истинную функцию динамики, используя данные наблюдений.

Для этого мы сначала определим функцию динамики ОДУ, эволюционируем на ее основе траектории, а потом попробуем восстановить ее из случайно параметризованной функции динамики.

Для начала проверим простейший случай линейного ОДУ. Функция динамики это просто действие матрицы.

$\frac{dz}{dt} = \begin{bmatrix}-0.1 &; -1.0\\1.0 &; -0.1\end{bmatrix} z$

Обучаемая функция параметризована случайной матрицей.

Далее чуть более изощренная динамика (без гифки, потому что процесс обучения не такой красивый :))
Обучаемая функция здесь — это полносвязная сеть с одним скрытым слоем.

Код

class LinearODEF(ODEF):
    def __init__(self, W):
        super(LinearODEF, self).__init__()
        self.lin = nn.Linear(2, 2, bias=False)
        self.lin.weight = nn.Parameter(W)

    def forward(self, x, t):
        return self.lin(x)

Функция динамики это просто матрица

class SpiralFunctionExample(LinearODEF):
    def __init__(self):
        matrix = Tensor([[-0.1, -1.], [1., -0.1]])
        super(SpiralFunctionExample, self).__init__(matrix)

Случайно параметризованная матрица

class RandomLinearODEF(LinearODEF):
    def __init__(self):
        super(RandomLinearODEF, self).__init__(torch.randn(2, 2)/2.)

Динамика для более изощренных траекторий

class TestODEF(ODEF):
    def __init__(self, A, B, x0):
        super(TestODEF, self).__init__()
        self.A = nn.Linear(2, 2, bias=False)
        self.A.weight = nn.Parameter(A)
        self.B = nn.Linear(2, 2, bias=False)
        self.B.weight = nn.Parameter(B)
        self.x0 = nn.Parameter(x0)

    def forward(self, x, t):
        xTx0 = torch.sum(x*self.x0, dim=1)
        dxdt = torch.sigmoid(xTx0) * self.A(x - self.x0) + 
               torch.sigmoid(-xTx0) * self.B(x + self.x0)
        return dxdt

Обучаемая динамика в виде полносвязной сети

class NNODEF(ODEF):
    def __init__(self, in_dim, hid_dim, time_invariant=False):
        super(NNODEF, self).__init__()
        self.time_invariant = time_invariant

        if time_invariant:
            self.lin1 = nn.Linear(in_dim, hid_dim)
        else:
            self.lin1 = nn.Linear(in_dim+1, hid_dim)
        self.lin2 = nn.Linear(hid_dim, hid_dim)
        self.lin3 = nn.Linear(hid_dim, in_dim)
        self.elu = nn.ELU(inplace=True)

    def forward(self, x, t):
        if not self.time_invariant:
            x = torch.cat((x, t), dim=-1)

        h = self.elu(self.lin1(x))
        h = self.elu(self.lin2(h))
        out = self.lin3(h)
        return out

def to_np(x):
    return x.detach().cpu().numpy()

def plot_trajectories(obs=None, times=None, trajs=None, save=None, figsize=(16, 8)):
    plt.figure(figsize=figsize)
    if obs is not None:
        if times is None:
            times = [None] * len(obs)
        for o, t in zip(obs, times):
            o, t = to_np(o), to_np(t)
            for b_i in range(o.shape[1]):
                plt.scatter(o[:, b_i, 0], o[:, b_i, 1], c=t[:, b_i, 0],
                            cmap=cm.plasma)

    if trajs is not None: 
        for z in trajs:
            z = to_np(z)
            plt.plot(z[:, 0, 0], z[:, 0, 1], lw=1.5)
        if save is not None:
            plt.savefig(save)
    plt.show()

def conduct_experiment(ode_true, ode_trained, n_steps, name, plot_freq=10):
    # Create data
    z0 = Variable(torch.Tensor([[0.6, 0.3]]))

    t_max = 6.29*5
    n_points = 200

    index_np = np.arange(0, n_points, 1, dtype=np.int)
    index_np = np.hstack([index_np[:, None]])
    times_np = np.linspace(0, t_max, num=n_points)
    times_np = np.hstack([times_np[:, None]])

    times = torch.from_numpy(times_np[:, :, None]).to(z0)
    obs = ode_true(z0, times, return_whole_sequence=True).detach()
    obs = obs + torch.randn_like(obs) * 0.01

    # Get trajectory of random timespan 
    min_delta_time = 1.0
    max_delta_time = 5.0
    max_points_num = 32
    def create_batch():
        t0 = np.random.uniform(0, t_max - max_delta_time)
        t1 = t0 + np.random.uniform(min_delta_time, max_delta_time)

        idx = sorted(np.random.permutation(
                  index_np[(times_np > t0) & (times_np < t1)]
              )[:max_points_num])

        obs_ = obs[idx]
        ts_ = times[idx]
        return obs_, ts_

    # Train Neural ODE
    optimizer = torch.optim.Adam(ode_trained.parameters(), lr=0.01)
    for i in range(n_steps):
        obs_, ts_ = create_batch()

        z_ = ode_trained(obs_[0], ts_, return_whole_sequence=True)
        loss = F.mse_loss(z_, obs_.detach())

        optimizer.zero_grad()
        loss.backward(retain_graph=True)
        optimizer.step()

        if i % plot_freq == 0:
            z_p = ode_trained(z0, times, return_whole_sequence=True)

            plot_trajectories(obs=[obs], times=[times], trajs=[z_p], 
                              save=f"assets/imgs/{name}/{i}.png")
            clear_output(wait=True)

ode_true = NeuralODE(SpiralFunctionExample())
ode_trained = NeuralODE(RandomLinearODEF())

conduct_experiment(ode_true, ode_trained, 500, "linear")

func = TestODEF(Tensor([[-0.1, -0.5], [0.5, -0.1]]),
                Tensor([[0.2, 1.], [-1, 0.2]]), Tensor([[-1., 0.]]))
ode_true = NeuralODE(func)

func = NNODEF(2, 16, time_invariant=True)
ode_trained = NeuralODE(func)

conduct_experiment(ode_true, ode_trained, 3000, "comp", plot_freq=30)

Как можно видеть, Neural ODE довольно хорошо справляются с восстановлением динамики. То есть концепция в целом работает.
Теперь проверим на чуть более сложной задаче (MNIST, ха-ха).

Neural ODE вдохновленные ResNets

В ResNet’ax скрытое состояние меняется по формуле

$h_{t+1} = h_{t} + f(h_{t}, \theta_{t})$

где $t \in \{0...T\}$ — это номер блока и

это функция, выучиваемая слоями внутри блока.

В пределе, если брать бесконечное число блоков со все меньшими шагами, мы получаем непрерывную динамику скрытого слоя в виде ОДУ, прямо как то, что было выше.

$\frac{dh(t)}{dt} = f(h(t), t, \theta)$

Начиная со входного слоя h(0)

, мы можем определить выходной слой h(T)

как решение этого ОДУ в момент времени T.

Теперь мы можем считать $\theta$ как распределенные (shared) параметры между всеми бесконечно малыми блоками.

Проверка Neural ODE архитектуры на MNIST

В этой части мы проверим возможность Neural ODE быть использованными в виде компонентов в более привычных архитектурах.

В частности, мы заменим остаточные (residual) блоки на Neural ODE в классификаторе MNIST.

Код

def norm(dim):
    return nn.BatchNorm2d(dim)

def conv3x3(in_feats, out_feats, stride=1):
    return nn.Conv2d(in_feats, out_feats, kernel_size=3,
                     stride=stride, padding=1, bias=False)

def add_time(in_tensor, t):
    bs, c, w, h = in_tensor.shape
    return torch.cat((in_tensor, t.expand(bs, 1, w, h)), dim=1)

class ConvODEF(ODEF):
    def __init__(self, dim):
        super(ConvODEF, self).__init__()
        self.conv1 = conv3x3(dim + 1, dim)
        self.norm1 = norm(dim)
        self.conv2 = conv3x3(dim + 1, dim)
        self.norm2 = norm(dim)

    def forward(self, x, t):
        xt = add_time(x, t)
        h = self.norm1(torch.relu(self.conv1(xt)))
        ht = add_time(h, t)
        dxdt = self.norm2(torch.relu(self.conv2(ht)))
        return dxdt

class ContinuousNeuralMNISTClassifier(nn.Module):
    def __init__(self, ode):
        super(ContinuousNeuralMNISTClassifier, self).__init__()
        self.downsampling = nn.Sequential(
            nn.Conv2d(1, 64, 3, 1),
            norm(64),
            nn.ReLU(inplace=True),
            nn.Conv2d(64, 64, 4, 2, 1),
            norm(64),
            nn.ReLU(inplace=True),
            nn.Conv2d(64, 64, 4, 2, 1),
        )
        self.feature = ode
        self.norm = norm(64)
        self.avg_pool = nn.AdaptiveAvgPool2d((1, 1))
        self.fc = nn.Linear(64, 10)

    def forward(self, x):
        x = self.downsampling(x)
        x = self.feature(x)
        x = self.norm(x)
        x = self.avg_pool(x)
        shape = torch.prod(torch.tensor(x.shape[1:])).item()
        x = x.view(-1, shape)
        out = self.fc(x)
        return out

func = ConvODEF(64)
ode = NeuralODE(func)
model = ContinuousNeuralMNISTClassifier(ode)
if use_cuda:
    model = model.cuda()

import torchvision

img_std = 0.3081
img_mean = 0.1307

batch_size = 32
train_loader = torch.utils.data.DataLoader(
    torchvision.datasets.MNIST("data/mnist", train=True, download=True,
                             transform=torchvision.transforms.Compose([
                                 torchvision.transforms.ToTensor(),
                                 torchvision.transforms.Normalize((img_mean,),
                                                                  (img_std,))
                             ])
    ),
    batch_size=batch_size, shuffle=True
)

test_loader = torch.utils.data.DataLoader(
    torchvision.datasets.MNIST("data/mnist", train=False, download=True,
                             transform=torchvision.transforms.Compose([
                                 torchvision.transforms.ToTensor(),
                                 torchvision.transforms.Normalize((img_mean,),
                                                                  (img_std,))
                             ])
    ),
    batch_size=128, shuffle=True
)

optimizer = torch.optim.Adam(model.parameters())

def train(epoch):
    num_items = 0
    train_losses = []

    model.train()
    criterion = nn.CrossEntropyLoss()
    print(f"Training Epoch {epoch}...")
    for batch_idx, (data, target) in tqdm(enumerate(train_loader),
                                          total=len(train_loader)):
        if use_cuda:
            data = data.cuda()
            target = target.cuda()
        optimizer.zero_grad()
        output = model(data)
        loss = criterion(output, target) 
        loss.backward()
        optimizer.step()

        train_losses += [loss.item()]
        num_items += data.shape[0]
    print('Train loss: {:.5f}'.format(np.mean(train_losses)))
    return train_losses

def test():
    accuracy = 0.0
    num_items = 0

    model.eval()
    criterion = nn.CrossEntropyLoss()
    print(f"Testing...")
    with torch.no_grad():
        for batch_idx, (data, target) in tqdm(enumerate(test_loader),
                                              total=len(test_loader)):
            if use_cuda:
                data = data.cuda()
                target = target.cuda()
            output = model(data)
            accuracy += torch.sum(torch.argmax(output, dim=1) == target).item()
            num_items += data.shape[0]
    accuracy = accuracy * 100 / num_items
    print("Test Accuracy: {:.3f}%".format(accuracy))

n_epochs = 5
test()
train_losses = []
for epoch in range(1, n_epochs + 1):
    train_losses += train(epoch)
    test()

import pandas as pd

plt.figure(figsize=(9, 5))
history = pd.DataFrame({"loss": train_losses})
history["cum_data"] = history.index * batch_size
history["smooth_loss"] = history.loss.ewm(halflife=10).mean()
history.plot(x="cum_data", y="smooth_loss", figsize=(12, 5), title="train error")

Testing...
100% 79/79 [00:01<00:00, 45.69it/s]
Test Accuracy: 9.740%

Training Epoch 1...
100% 1875/1875 [01:15<00:00, 24.69it/s]
Train loss: 0.20137
Testing...
100% 79/79 [00:01<00:00, 46.64it/s]
Test Accuracy: 98.680%

Training Epoch 2...
100% 1875/1875 [01:17<00:00, 24.32it/s]
Train loss: 0.05059
Testing...
100% 79/79 [00:01<00:00, 46.11it/s]
Test Accuracy: 97.760%

Training Epoch 3...
100% 1875/1875 [01:16<00:00, 24.63it/s]
Train loss: 0.03808
Testing...
100% 79/79 [00:01<00:00, 45.65it/s]
Test Accuracy: 99.000%

Training Epoch 4...
100% 1875/1875 [01:17<00:00, 24.28it/s]
Train loss: 0.02894
Testing...
100% 79/79 [00:01<00:00, 45.42it/s]
Test Accuracy: 99.130%

Training Epoch 5...
100% 1875/1875 [01:16<00:00, 24.67it/s]
Train loss: 0.02424
Testing...
100% 79/79 [00:01<00:00, 45.89it/s]
Test Accuracy: 99.170%

После очень грубой тренировки в течение всего 5 эпох и 6 минут обучения, модель уже достигла тестовой ошибки в менее, чем 1%. Можно сказать, что Нейронные ОДУ хорошо интегрируются в виде компонента в более традиционные сети.

В своей статье авторы также сравнивают этот классификатор (ODE-Net) с обычной полнозвязной сетью, с ResNet’ом с похожей архитектурой, и с точно такой же архитектурой, только в которой градиент распространяется напрямую через операции в ODESolve (без метода сопряженного градиента) (RK-Net).

Иллюстрация из оригинальной статьи

Согласно им, 1-слойная полносвязная сеть с примерно таким же количеством параметров как Neural ODE имеет намного более высокую ошибку на тесте, ResNet с примерно такой же ошибкой имеет намного больше параметров, а RK-Net без метода сопряженного градиента, имеет чуть более высокую ошибку и с линейно растущим потреблением памяти (чем меньше допустимая ошибка, тем больше шагов должен сделать ODESolve, что линейно увеличивает потребляемую память с числом шагов).

Авторы в своей имплементации используют неявный метод Рунге-Кутты с адаптивным размером шага, в отличие от простейшего метода Эйлера здесь. Они также изучают некоторые свойства новой архитектуры.

Характеристика ODE-Net (NFE Forward — количество вычислений функции при прямом проходе)
Иллюстрация из оригинальной статьи

(a) Изменение допустимого уровня численной ошибки изменяет количество шагов в прямом распространении.
(b) Время потраченное на прямое распространение пропорционально количеству вычислений функции.
(с) Количество вычислений функции при обратном распространение составляет примерно половину от прямого распространения, это указывает на то, что метод сопряженного градиента может быть более вычислительно эффективным, чем распространение градиента напрямую через ODESolve.
(d) Как ODE-Net становится все более и более обученным, он требует все больше вычислений функции (все меньший шаг), возможно адаптируясь под возрастающую сложность модели.

Скрытая генеративная функция для моделирования временного ряда

Neural ODE подходит для обработки непрерывных последовательных данных и тогда, когда траектория лежит в неизвестном скрытом пространстве.

В этом разделе мы поэкспериментируем в генерации непрерывных последовательностей, используя Neural ODE, и немножко посмотрим на выученное скрытое пространство.

Авторы также сравнивают это с аналогичными последовательностями, сгенерированными Рекуррентными сетями.

Эксперимент здесь слегка отличается от соответствующего примера в репозитории авторов, здесь более разнообразное множество траекторий.

Данные

Обучающие данные состоят из случайных спиралей, половина из которых направлены по часовой, а вторая — против часовой. Далее случайные подпоследовательности сэмплируются из этих спиралей, обрабатываются кодирующей рекуррентной моделью в обратном направлении, порождая стартовое скрытое состояние, которое затем эволюционирует, создавая траекторию в скрытом пространстве. Это скрытая траектория затем отображается в пространство данных и сравнивается с сэмплированной подпоследовательностью. Таким образом, модель учится генерировать траектории, похожие на датасет.

Примеры спиралей из датасета

VAE как генеративная модель

Генеративная модель через процедуру сэмплирования:

$z_{t_0} \sim \mathcal{N}(0, I)$

$z_{t_1}, z_{t_2},...,z_{t_M} = \text{ODESolve}(z_{t_0}, f, \theta_f, t_0,...,t_M)$

$x_{t_i} \sim p(x \mid z_{t_i};\theta_x)$

Которая может быть обучена, используя подход вариационных автокодировщиков.

Пройтись рекуррентным энкодером через временную последовательность назад во времени, чтобы получить параметры $\mu_{z_{t_0}}$ , $\sigma_{z_{t_0}}$ вариационного апостериорного распределения, а потом сэмплировать из него:

$z_{t_0} \sim q \left( z_{t_0} \mid x_{t_0},...,x_{t_M}; t_0,...,t_M; \theta_q \right) = \mathcal{N} \left(z_{t_0} \mid \mu_{z_{t_0}} \sigma_{z_{t_0}} \right)$

Получить скрытую траекторию:

$z_{t_1}, z_{t_2},...,z_{t_N} = \text{ODESolve}(z_{t_0}, f, \theta_f, t_0,...,t_N), \text{ где } \frac{d z}{d t} = f(z, t; \theta_f)$

Отобразить скрытую траекторию в траекторию в данных, используя другую нейросеть: $\hat{x_{t_i}}(z_{t_i}, t_i; \theta_x)$
Максимизировать оценку нижней границы обоснованности (ELBO) для сэмплированной траектории:

$\text{ELBO} \approx N \Big( \sum_{i=0}^{M} \log p(x_{t_i} \mid z_{t_i}(z_{t_0}; \theta_f); \theta_x) + KL \left( q( z_{t_0} \mid x_{t_0},...,x_{t_M}; t_0,...,t_M; \theta_q) \parallel \mathcal{N}(0, I) \right) \Big)$

И в случае Гауссовского апостериорного распределения $p(x \mid z_{t_i};\theta_x)$ и известного уровня шума $\sigma_x$ :

$\text{ELBO} \approx -N \Big( \sum_{i=1}^{M}\frac{(x_i - \hat{x_i} )^2}{\sigma_x^2} - \log \sigma_{z_{t_0}}^2 + \mu_{z_{t_0}}^2 + \sigma_{z_{t_0}}^2 \Big) + C$

Граф вычислений скрытой ОДУ модели можно изобразить вот так

Иллюстрация из оригинальной статьи

Эту модель можно затем протестировать на то, как она интерполирует траекторию, используя только начальные наблюдения.

Код

Define models

class RNNEncoder(nn.Module):
    def __init__(self, input_dim, hidden_dim, latent_dim):
        super(RNNEncoder, self).__init__()
        self.input_dim = input_dim
        self.hidden_dim = hidden_dim
        self.latent_dim = latent_dim

        self.rnn = nn.GRU(input_dim+1, hidden_dim)
        self.hid2lat = nn.Linear(hidden_dim, 2*latent_dim)

    def forward(self, x, t):
        # Concatenate time to input
        t = t.clone()
        t[1:] = t[:-1] - t[1:]
        t[0] = 0.
        xt = torch.cat((x, t), dim=-1)

        _, h0 = self.rnn(xt.flip((0,)))  # Reversed
        # Compute latent dimension
        z0 = self.hid2lat(h0[0])
        z0_mean = z0[:, :self.latent_dim]
        z0_log_var = z0[:, self.latent_dim:]
        return z0_mean, z0_log_var

class NeuralODEDecoder(nn.Module):
    def __init__(self, output_dim, hidden_dim, latent_dim):
        super(NeuralODEDecoder, self).__init__()
        self.output_dim = output_dim
        self.hidden_dim = hidden_dim
        self.latent_dim = latent_dim

        func = NNODEF(latent_dim, hidden_dim, time_invariant=True)
        self.ode = NeuralODE(func)
        self.l2h = nn.Linear(latent_dim, hidden_dim)
        self.h2o = nn.Linear(hidden_dim, output_dim)

    def forward(self, z0, t):
        zs = self.ode(z0, t, return_whole_sequence=True)

        hs = self.l2h(zs)
        xs = self.h2o(hs)
        return xs

class ODEVAE(nn.Module):
    def __init__(self, output_dim, hidden_dim, latent_dim):
        super(ODEVAE, self).__init__()
        self.output_dim = output_dim
        self.hidden_dim = hidden_dim
        self.latent_dim = latent_dim

        self.encoder = RNNEncoder(output_dim, hidden_dim, latent_dim)
        self.decoder = NeuralODEDecoder(output_dim, hidden_dim, latent_dim)

    def forward(self, x, t, MAP=False):
        z_mean, z_log_var = self.encoder(x, t)
        if MAP:
            z = z_mean
        else:
            z = z_mean + torch.randn_like(z_mean) * torch.exp(0.5 * z_log_var)
        x_p = self.decoder(z, t)
        return x_p, z, z_mean, z_log_var

    def generate_with_seed(self, seed_x, t):
        seed_t_len = seed_x.shape[0]
        z_mean, z_log_var = self.encoder(seed_x, t[:seed_t_len])
        x_p = self.decoder(z_mean, t)
        return x_p

Генерация датасета

t_max = 6.29*5
n_points = 200
noise_std = 0.02

num_spirals = 1000

index_np = np.arange(0, n_points, 1, dtype=np.int)
index_np = np.hstack([index_np[:, None]])
times_np = np.linspace(0, t_max, num=n_points)
times_np = np.hstack([times_np[:, None]] * num_spirals)
times = torch.from_numpy(times_np[:, :, None]).to(torch.float32)

# Generate random spirals parameters
normal01 = torch.distributions.Normal(0, 1.0)

x0 = Variable(normal01.sample((num_spirals, 2))) * 2.0  

W11 = -0.1 * normal01.sample((num_spirals,)).abs() - 0.05
W22 = -0.1 * normal01.sample((num_spirals,)).abs() - 0.05
W21 = -1.0 * normal01.sample((num_spirals,)).abs()
W12 =  1.0 * normal01.sample((num_spirals,)).abs()

xs_list = []
for i in range(num_spirals):
    if i % 2 == 1: #  Make it counter-clockwise
        W21, W12 = W12, W21

    func = LinearODEF(Tensor([[W11[i], W12[i]], [W21[i], W22[i]]]))
    ode = NeuralODE(func)

    xs = ode(x0[i:i+1], times[:, i:i+1], return_whole_sequence=True)
    xs_list.append(xs)


orig_trajs = torch.cat(xs_list, dim=1).detach()
samp_trajs = orig_trajs + torch.randn_like(orig_trajs) * noise_std
samp_ts = times

fig, axes = plt.subplots(nrows=3, ncols=3, figsize=(15, 9))
axes = axes.flatten()
for i, ax in enumerate(axes):
    ax.scatter(samp_trajs[:, i, 0], samp_trajs[:, i, 1], c=samp_ts[:, i, 0],
               cmap=cm.plasma)
plt.show()

import numpy.random as npr

def gen_batch(batch_size, n_sample=100):
    n_batches = samp_trajs.shape[1] // batch_size
    time_len = samp_trajs.shape[0]
    n_sample = min(n_sample, time_len)
    for i in range(n_batches):
        if n_sample > 0:
            probs = [1. / (time_len - n_sample)] * (time_len - n_sample)
            t0_idx = npr.multinomial(1, probs)
            t0_idx = np.argmax(t0_idx)
            tM_idx = t0_idx + n_sample
        else:
            t0_idx = 0
            tM_idx = time_len

        frm, to = batch_size*i, batch_size*(i+1)
        yield samp_trajs[t0_idx:tM_idx, frm:to], samp_ts[t0_idx:tM_idx, frm:to]

Обучение

vae = ODEVAE(2, 64, 6)
vae = vae.cuda()
if use_cuda:
    vae = vae.cuda()

optim = torch.optim.Adam(vae.parameters(), betas=(0.9, 0.999), lr=0.001)

preload = False
n_epochs = 20000
batch_size = 100

plot_traj_idx = 1
plot_traj = orig_trajs[:, plot_traj_idx:plot_traj_idx+1]
plot_obs = samp_trajs[:, plot_traj_idx:plot_traj_idx+1]
plot_ts = samp_ts[:, plot_traj_idx:plot_traj_idx+1]
if use_cuda:
    plot_traj = plot_traj.cuda()
    plot_obs = plot_obs.cuda()
    plot_ts = plot_ts.cuda()

if preload:
    vae.load_state_dict(torch.load("models/vae_spirals.sd"))

for epoch_idx in range(n_epochs):
    losses = []
    train_iter = gen_batch(batch_size)
    for x, t in train_iter:
        optim.zero_grad()
        if use_cuda:
            x, t = x.cuda(), t.cuda()

        max_len = np.random.choice([30, 50, 100])
        permutation = np.random.permutation(t.shape[0])
        np.random.shuffle(permutation)
        permutation = np.sort(permutation[:max_len])

        x, t = x[permutation], t[permutation]

        x_p, z, z_mean, z_log_var = vae(x, t)

        z_var = torch.exp(z_log_var)
        kl_loss = -0.5 * torch.sum(1 + z_log_var - z_mean**2 - z_var, -1)
        loss = 0.5 * ((x-x_p)**2).sum(-1).sum(0) / noise_std**2 + kl_loss
        loss = torch.mean(loss)
        loss /= max_len
        loss.backward()
        optim.step()
        losses.append(loss.item())

    print(f"Epoch {epoch_idx}")

    frm, to, to_seed = 0, 200, 50
    seed_trajs = samp_trajs[frm:to_seed]
    ts = samp_ts[frm:to]
    if use_cuda:
        seed_trajs = seed_trajs.cuda()
        ts = ts.cuda()

    samp_trajs_p = to_np(vae.generate_with_seed(seed_trajs, ts))

    fig, axes = plt.subplots(nrows=3, ncols=3, figsize=(15, 9))
    axes = axes.flatten()
    for i, ax in enumerate(axes):
        ax.scatter(to_np(seed_trajs[:, i, 0]),
                   to_np(seed_trajs[:, i, 1]),
                   c=to_np(ts[frm:to_seed, i, 0]),
                   cmap=cm.plasma)
        ax.plot(to_np(orig_trajs[frm:to, i, 0]), to_np(orig_trajs[frm:to, i, 1]))
        ax.plot(samp_trajs_p[:, i, 0], samp_trajs_p[:, i, 1])
    plt.show()

    print(np.mean(losses), np.median(losses))
    clear_output(wait=True)

spiral_0_idx = 3
spiral_1_idx = 6

homotopy_p = Tensor(np.linspace(0., 1., 10)[:, None])
vae = vae
if use_cuda:
    homotopy_p = homotopy_p.cuda()
    vae = vae.cuda()

spiral_0 = orig_trajs[:, spiral_0_idx:spiral_0_idx+1, :]
spiral_1 = orig_trajs[:, spiral_1_idx:spiral_1_idx+1, :]
ts_0 = samp_ts[:, spiral_0_idx:spiral_0_idx+1, :]
ts_1 = samp_ts[:, spiral_1_idx:spiral_1_idx+1, :]
if use_cuda:
    spiral_0, ts_0 = spiral_0.cuda(), ts_0.cuda()
    spiral_1, ts_1 = spiral_1.cuda(), ts_1.cuda()

z_cw, _ = vae.encoder(spiral_0, ts_0)
z_cc, _ = vae.encoder(spiral_1, ts_1)

homotopy_z = z_cw * (1 - homotopy_p) + z_cc * homotopy_p

t = torch.from_numpy(np.linspace(0, 6*np.pi, 200))
t = t[:, None].expand(200, 10)[:, :, None].cuda()
t = t.cuda() if use_cuda else t
hom_gen_trajs = vae.decoder(homotopy_z, t)

fig, axes = plt.subplots(nrows=2, ncols=5, figsize=(15, 5))
axes = axes.flatten()
for i, ax in enumerate(axes):
    ax.plot(to_np(hom_gen_trajs[:, i, 0]), to_np(hom_gen_trajs[:, i, 1]))
plt.show()

torch.save(vae.state_dict(), "models/vae_spirals.sd")

Вот что получается после ночи обучения

Точки — это зашумленные наблюдения оригинальной траектории (синий),
желтая — это реконструированная и интерполированная траектория, используя точки как входы.

Цвет точки показывает время.

Реконструкции некоторых примеров не выглядят слишком хорошими. Может модель недостаточно сложная или недостаточно долго училась. В любом случае реконструкции выглядят очень разумно.

Теперь посмотрим что будет, если интерполировать скрытую переменную по-часовой траектории к противо-часовой траектории.

Авторы также сравнивают реконструкции и интерполяции траекторий между Neural ODE и простой Рекуррентной сетью.

Иллюстрация из оригинальной статьи

Непрерывные Нормализующие Потоки

Оригинальная статья также привносит многое в тему Нормализующих Потоков. Нормализующие потоки используются, когда нужно сэмплировать из некоторого сложного распределения, появившегося через замену переменных от некоторого простого распределения (Гауссовского, например), и при этом все еще знать плотность вероятности в точке каждого сэмпла.
Авторы показывают, что использование непрерывной замены переменных намного более вычислительно эффективно и интерпретируемо, чем предыдущие методы.

Нормализующие потоки очень полезны в таких моделях как Вариационные Автокодировщики, Байесовские Нейронные Сети и других из Байесовского подхода.

Эта тема, впрочем, лежит за пределами данной статьи, и тем, кто заинтересовался, следует прочесть оригинальную научную статью.

Для затравки:

Визуализация трансформации из шума (простого распределения) в данные (сложное распределение) для двух датасетов;

Ось-X показывает трансформацию плотности и сэмплов с течением «времени» (для ННП) и «глубины» (для НП).

Иллюстрация из оригинальной статьи

Спасибо bekemax за помощь в правке английской версии текста и за интересные физические комментарии.

Это завершает мое небольшое исследование Neural ODEs. Спасибо за внимание!

Полезные ссылки

Tags:

Hubs:

Знакомство с Neural ODE

Neural Ordinary Differential Equations

Постановка проблемы

Реализация

Применение

Восстановление реальной функции динамики (проверка подхода)

Neural ODE вдохновленные ResNets

Проверка Neural ODE архитектуры на MNIST

Скрытая генеративная функция для моделирования временного ряда

Данные

VAE как генеративная модель

Define models

Генерация датасета

Обучение

Непрерывные Нормализующие Потоки

Полезные ссылки

Articles

Information