Comments 2
Хотелось бы узнать как вы используете результаты моделирования. С какими сложностями вам приходиться сталкиваться при работе
Я сама лично не занимаюсь непосредственно молекулярным моделированием, поэтому сама ответить на ваш вопрос не могу. Но так как есть коллеги в лаборатории, который занимаются моделированием, с их слов, могу ответить следующее. Во-первых, моделирование - это достаточно громоздкие вычисления, часто приходится пренебрегать некоторыми параметрами. Эти ограничения соответсвенно дают менее точные результаты. Во-вторых, сложный выбор эвристик. Чтобы молекулы некоторой природы давали в моделировании такие же результаты, как и в жизни, необходимо для каждой молекулы подгонять силовые поля, которые представленны в виде набора констант (например, вязкость воды). Проблема возникает тогда, когда работаешь с каким-то частным случаем. Для более популярных молекул есть уже готовые решения. И в-третьих, что самое трудное - привести убедительные доказательства своих открытий из жизни. Сложно придумать эксперимент, который бы увидел что-то, что ты видишь на атомистическом уровне.
Визуализация биомолекул с помощью nglview