Ну тут вопрос не с Элтексом, а скорее просто с любой инкапсуляцией.
А вот то, что вам пришлось настраивать MTU вручную - это намек на то, что у вас не работает PMTUD. Есть смысл разобраться, что там у вас с фильтрацией, возможно где-то пережали файрвол и заблокировали icmp.
Как подружить точку доступа Eltex с VipNet?