Главное достоинство CGI — это его простота. Оно же — единственное. Использовать же CGI на практике абсолютно нереально, разве что вы не пользуетесь сервисом единолично, и вас не смущают тормоза. Каждый новый запрос создает новый процесс, что требует немало времени, не говоря уже о потреблении памяти. А тем более, запускается не скомпилированная программа, а тяжеленный интерпретатор.
Lighttpd умеет и FastCGI, у которого, по идее, указанных вами недостатков нет. У меня таким образом в нем php крутится. Хотя идея запуска всего на Windows немного странная. Я понимаю, на localhost'е, для отладки еще куда ни шло. Но вряд ли человек на свою машину домашнюю Windows Server 2008 R2 поставил.
Использовал Lighttpd+Python под Windows для централизованного репозитория Mercurial. Столкнулся с одной проблемой:
Поскольку в Windows имена файлов «case insensative», lighttpd приводит все имена скриптов, файлов и пути к lowercase. Из-за этого, Mercurial (написанный на Python и использующий виртуальные пути, типа http://localhost/hg/MyRepo), не смог видеть репозитории, содержащие заглавные буквы в названии. Никакие игры с настройками не помогли и пришлось качать исходники, править и компилировать.
Это было год назад, возможно сейчас этой проблемы нет, но все равно, при работе в Windows+Python будьте осторожны!
Windows + Lighttpd + Python краткая инструкция по запуску