Мультидоменный сервер nginx -> apache

Меня всегда спасает такая вот конструкция:

$inc_path = 'путь'; // если не нравится $_SERVER[«DOCUMENT_ROOT»] его можно вырезать например из __FILE__
set_include_path(get_include_path().PATH_SEPARATOR.$inc_path);

После этого скрипт ищет файлы именно там, где нужно.