Из любого описания на популярные FPGA известно, что для хранения их конфигураций используются специальные микросхемы – конфигураторы. В комментариях меня поправили, что потихоньку набирают популярность и FPGA, где это не требуется, но пока многие делают разработки именно на классике, где нужен конфигуратор, и с этим надо считаться. Например, для Altera Cyclone используются микросхемы EPCS. Ниже схема от типичной макетной платы с кристаллом семейства Cyclone IV. На ней мы видим конфигуратор EPCS16. Всё бы ничего, но традиционно эти конфигураторы достаточно дороги, поэтому хотелось бы использовать что-нибудь подешевле.
Подробности в длиннющем тексте ниже. Если же очень интересно, но лень читать так много букв, то можно упростить задачу, посмотрев подробное 20-минутное видео.