Думаю, что это был весьма полезный разговор и я даже рискну подарить вам приглашение. Поэтому на случай, если вы захотите написать свою статью по биоинформатике, то сможете это сделать, миновав уровень вхождения через песочницу. Я надеюсь, что вы напишите интересно и научно достоверно, чтобы вопросов от наших читателей по поводу вас не было.
Кажется, Вы вовремя этого не заметили. И нет, это была не апелляция к себе, в которой Вы меня заподозрили, а ответ на Ваш прием.
Это все же очень похоже аппеляцию к себе, как авторитету и обощение. Ибо, вы выделили (мы же биоинформатами себя не считаем):
Мы же (биоинформаты) считаем, что область знания каждой науки определяет в первую очередь научное сообщество, ограничивая ее конкретным признаком. Биоинформатика как синтез любого биологического направления и информационных технологий, - это определение, которое приводите именно Вы, но оно не является общепринятым в среде биоинформатов по крайней мере.
И доказываете, что наше утверждение не является общепринятым, хотя вопрос дискуссионный. Да вы поправились и это в принципе уже и невилирует этот спор. Потому что каждый по своему прав.
Модерация немецкой Вики по-видимому лучше, потому что ее чаще любят использовать в немецкоговорящем мире как удобный источник, и к ее модерации традиционно относятся более основательно. Можете почитать про систему ее модерации, систему наград и пометок.
Мне кажется это субъективным мнением, ибо в русскоговорящем мире зачастую любят использовать русскую википедию и видимо она лучше? Нет— это я не думаю, что это так работает. Язык науки– английский, а не немецкий. Также я не живу в немецком мире и в принципе выбрал тот источник, который для меня является авторитетным по очевидным причинам, а вы выбери свой. В итоге каждый прав.
Если смотреть на мой первый комментарий, то Вы, скорее, будете правы, поэтому я решил поправиться и добавить
Согласен, ваша поправка меняет взгляд на ситуацию.
Именно этим мы и занимаемся в ходе обсуждения, в котором приходится апеллировать уже не к работе, а к сторонним источникам, так как в явном виде в работе эти моменты отсутствуют и тем ценнее дальнейшее обсуждение.
Мы изначально хотели сделать так, но входе работы над статьей к сожалению многое пришлось вырезать, а часть упростить "и написать более интересным языком", а то был сухой научный текст строго по плану.
Вы прямо не говорите о ни том, чем всестаки является биоинформатика (а это цель Вашей работы), ни о том, что ответ на этот вопрос действительно является неоднозначным (а отрицательный результат - тоже результат).
Статья не должна перенагружать и должна быть интересна и вызывать дискуссию. Помимо этого люди не должны уснуть по пути к концу, поэтому выбран был путь среднего, чтоб достичь три цели:
1)написать качественно и интересно и не делать из этого сухой научный обзор,
2) открыть путь к широкой дискуссии, чтобы не писать банально "выскажите свое мнение в комментариях"– а то с этим мы уже перегибаем.
3) Не перегибать палку с "вечным спором"— ибо дискус это хорошо, но он не должен быть затянутым в философское общение на километры.
Могу сказать, что 3 пункт оказался провальным.
Касаемо:
Все-таки биоинформатика зародилась как наука, построенная на новой области знаний, порожденной появлением в первую очередь обширных баз сиквенсов, "омиксных" данных плюс метагеномики, нерасшифрованных данных о структуре макромолекул и возрастанием вычислительных мощностей, позволяющих все это анализировать. Дальнейшее распространение компьютерной грамотности и совершенствование сферы ИТ позволило интегрировать вычислительные методы в большую часть биологиических направлений. По признаку применения ИТ это все-таки можно отнести к биоинформатике в широком понимании, которая може уже чаще выступать в качестве только метода. И такое определение имеется в ряде источников. По структуре же классических образовательных программ, по пулу работ, тегнутых как биоинформатические, по тому, какие тенденции имеются в биоинформатическом сообществе, которое уже является отдельным научным сообществом, и чем оно занимается в целом, о биоинформатике можно судить исключено как о науке. Ведь для нее существует уникальная и цельная область знаний, однозначно определяемая как биоинформатическая, а не какая-то еще. И это определение также подтверждантся рядом исисточников.
Абсолютно согласен. Возражений не имею. Надеюсь спор решен. Спасибо за интересный дискус.
Иным примером использования биоинформатики в традиционных исследованиях может послужить орнитологическая работа исследователей из СПбГУ (Bojarinova J. & Babushkina O., 2015). Ещё в 2006 году были начаты эксперименты по влиянию фотопериоду на двигательную активность воробьиных птиц ( сначала длиннохвостых синиц, а после, и иных видов). Отловленные на Ладожской Орнитологической станции птицы помещались в цилиндрические клетки
Мне бы хотелось, чтобы вы привели аргумент источником, опровергающий наше мнение, что данный пример в нашей статье не имеет никакого отношения к биоинформатике, хотя информатика биоразнообразия, или биоинформатика биоразнообразия, является валидным разделом биоинформатики. Я не нашел ни одну статью, в которой бы говорилось, что подобные примеры не являются биоинформатическими и ведь утверждение об обратном было бы скорее всего абсурдным, поскольку этот пример является отличным примером использования информационных технологий в общей биологии.
Если хорошим доказательством для Вас будет ссылка на авторитетный источник, отражающий мнение научного сообщества, то приведу ее на статью из Британской энциклопедии.
И этот источник не разу не опровергает выше сказанные нами тезисы про то, что научное сообщество уже давно считает общеприянятым определение биоиформатики в том смысле, в котором обозначили его мы. Это же определение общедоступно опять же и на английской википедии, которая более авторитетна чем немецкая, так как общепринятый язык науки английский, а не немецкий. В источнике рассказано о классической биоинформатике и там нигде не отрицается, то что биоинформатами не является общепринятым опять же повторюсь наше определение. Советую опятьже ознакомиться с биоинформатикой разнообразия
1. "Модерация англовики плоха" - это Ваш тезис, а не мой
Не согласен, ибо 1) я выбрал англавики потому что мне она нравится больше 2) ваш тезис исключительно хорошей предполагает, что англовики— имеет модерацию более худшую модерацию, что звучит достаточно голословно, ибо обе википедии одинаково хороши.
Вы же апеллируете к абзацу Википедии с пометкой "clarification needed". Если Вам нравится Википедия, то лучше бы Вы обратились к немецкой версии, которая известна исключительно хорошей модерацией.
Касаемо этого:
Мой тезис заключался в том, что для определения направления, возникшего благодаря новым методам, в качестве науки необходимо порождение этими методами принципиально новой области знаний. Как я говорил выше, именно те примеры из Вашей работы, которыми Вы расширяете понятие биоинформатики, демонстрируют это меньше всего, отчего и привлекли
это ваше мнение и оно не является общепринятым.
Здесь речь идет не только об апелляции к себе, ведь Вы ответили только на первый абзац моего комментария.
Первый абзац является аппеляцией и обобщением и это типичный демагогический прием. Второй абзац ваша позиция касаемо вопроса классической биоинформатики и она вытикает из вашего первого абзаца, где вы использовали демагогический прием.
Также Вас не должны в таком случае удивлять иные мнения на этот счет.
Нет, нас не удивляют мнения на другой счет. Ваше мнение вполне обосновано, но звучит слишком категорично, когда вы, высказывая свое мнение вы обобщаете под одну гребенку всех, что как нам кажется, абсолютно не правильным, ибо есть аргументы против вашего мнения
Вы же апеллируете к абзацу Википедии с пометкой "clarification needed". Если Вам нравится Википедия, то лучше бы Вы обратились к немецкой версии, которая известна исключительно хорошей модерацией.
1) Можно пруфы, что модерация англовики плоха
2) Можно пруфы, что биоформатические методы в экологии не являтся отраслью биоформатики?
А кто-то говорил, что это задача реально легкая?Команда deepmind поэтому реально крута, так как у них все работает на небольших белках с довольно высокой точностью. И это было очень сложно
Также советуем ознакомиться с такой областью биоинформатики, как биоинформатика биразнообразия, которая в свою очередь порой уходит очень далеко в экологию. Вот пример статьи с использованием биоинформатики не только в геномике
Мы же (биоинформаты) считаем, что область знания каждой науки определяет в первую очередь научное сообщество, ограничивая ее конкретным признаком. Биоинформатика как синтез любого биологического направления и информационных технологий, - это определение, которое приводите именно Вы, но оно не является общепринятым в среде биоинформатов по крайней мере. Биоинформатика в большинстве случаев понимается как синтез гораздо меньшего числа биологических направлений с ИТ, чем приводите Вы.
аппеляция к себе и обобщение себя ко всем, это конечно интересно,но работы, на которые мы ссылались говорят об обратном, т.е. определение, которое мы дали вполне общепринятое. У нас нет желания спорить, потому что, скорее всего мы уйдем в область философских изречений, но так или иначе научное сообщество уже давно считает общеприянятым определение биоиформатики в том смысле, в котором обозначили его мы. Это же определение общедоступно и на английской википедии, которая весьма точно передает мысль научного сообщества.
Мы считаем, что в экологии есть биоинформатика, поскольку любые обсчеты со спутника, количества хлорофилла по цвету воды, например, определенно относится к экологии и информационным технологиям. И поскольку, биоинформатика является междисциплинарной областью, имеющей прямое отношение, как к общей биологии (а общая биология включает и раздел экологии), так и к молекулярной биологии и плюсом к компьютерным наукам и математике, то с каких пор это не биоинформатика?
Если только потому, что большинство в этой области занимаются обсчетом молекулярных данных, то это не совсем аргументированно. Водитель мотоцикла - тоже водитель, хотя автомобилей в мире больше. И если какой-то автомобилист не считает мотоциклиста водителем, то тот не перестаем им быть... Полагаю, такой пример уместен и немного раскрывает суть проблемы.
курсы на степик - самое бесполезное занятие которым я когда либо занимался. курсы построены так, что существует огромный пласт интернета с решениями этих заданий. Темы и задания вообще никоим образом не коррелируют.
Ну во-первых, стоит прочитать текст внимательнее, ибо мы выбрали три, которые нам нравятся
Многие курсы по биоинформатике доступны на разных онлайн-площадках подобных площадке Stepic. Мы предложим лишь несколько курсов, которые нам самим нравятся:
Во-вторых, мы от части согласны с вами по поводу степика, именно поэтому в спискепонравившихся у нас нет. Однако, несмотря на то, что там есть безусловно тупые так сказать курсы, там есть и хорошие, по сертификатам которых открываются многие двери. Так что мы считаем, что не стоит быть столь категоричным, тем более, если подумать, даже к более продвинутым курсам можно найти ответы, ну задача курса не в том, чтобы все гуглили ответы, а в том чтоб человек разобрался сам. И если ты сам разобрался и решил задачу, то уж наверное какие-то знания после этого должны появиться и закрепиться.
я не совсем понял как старая добрая модель Лотке Вольтерра попала в эту статью? тем более что нормальные биофизики от нее уже давно не в восторге
Модель Лоттки-Вольтера к биофизике вообще по сути не имеет отношения. Но, возможно тут, вы случайно опечатались, по нашему предположению. Кроме того, в статье сказано, что модель просто одна из первых, опять же, в статье об этом сказано не для красного словца.. Конечно, она более чем не актуальна для каких-то точных расчетов на нынешний момент. На время своей публикации - это была вполне рабочая вещь показывающая неочевидную взаимосвязь двух популяций с вполне ясной и наглядной аргументацией.
Если биомедицинские изображения обрабатываются с помощью информационных технологий, то биоинформатик, конечно. Статья как раз про то, что любое действие на стыке этих дисциплин и будет биоинформатикой
Разница между наукой и инструментом тонка, конечно. Но если кратко попробовать обрисовать, то наука как инструмент к познанию мира намного шире, любого частного инструмента. Так как представляет постоянно пополняющуюся систему знаний. В то время как инструмент частный, типо той же световой микроскопии, например, имеет свои пределы. Будучи расширенным до какого-то предела - натыкается на ограничение ( например длину волны видимого спектра) и дальше лишь находит различные применения, но не расширяется по своей сути как система знаний.
Приветствуем. Ну вообще вы по факту все сказали. Нечего добавить. У нас примерно о том же. Кто-то, только как инструмент воспринимает, кто-то, включая пишущих алгоритмы, считает за науку=)
Это не щепетильность даже, это занудство и детская наивность какая-то. Человек носит розовые очки и как этакая карикатура с коммуниста думает, что ему все должны бесплатно дать, разрешить и т.д. Дескать все должно быть общее, а вот сфигали?
Нет. В этом нет ничего удивительного. Мы делаем точно также. Авторы нашего проекта, которые нарисовали рисунки в коммерцию получили за это деньги. Поэтому, если кто-то захочет коммерчески пользоваться нашими рисунками, то пусть пишут на почту. "Изображения, которые взяты из открытых источников"— это значит, что на них распространена открытая и бесплатная лицензия и у многих таких порой даже точно известного автора нет. На наши некоторые изображения, или изделия, или 3D графику не распространяется бесплатная лицензия, или распространяется в ограниченном виде, например, некоторые наши рисунки/изделия можно распрстранять бесплатно, отдавая в журналы, радио, каналы и т.д., но их нельзя продавать на радио, каналы журналы, буклеты и тд. Хочешь продать, будь добр купи. Вот я не хочу, чтобы вот именно вы использовали наши произведения для продажи. Кто вы такой, чтобы запрещать нам запрещать вам, или обвинять нас в чем то? Это наше право. И здесь нет ничего удивительного. Это капитализм.
А хабр не делится деньгами? Любой частный автор с хорошей кармой, а хорошая карма это от 50, а не -15 может добиться ачивки автор и пойти писать в ППА, или в корп.блог. Да, редакция хабра платит немного— 3к за статью в 30 голосов, но в корп блогах, которые смотрят в первую очередь на вашу карму и статьи, стоимость за одну вашу статью примерно с 30 голосами, может доходить до 20к, но это зависит от качества вашей статьи, Достижений (ачивка не пустой звук) и компании, кторая взяла вас в блог. Конечно для вас карма детсад, вы в минусе, а вот для тех авторов, которые давно здесь— карма— уважение и хлеб. Компании являются здесь также частью хабра. И потому хабр делится доходами, но не с вами, по объективным причинам.
На хабре могут предъявить за то, кого вы захабрили. Я уже с этим сталкивался.
Думаю, что это был весьма полезный разговор и я даже рискну подарить вам приглашение. Поэтому на случай, если вы захотите написать свою статью по биоинформатике, то сможете это сделать, миновав уровень вхождения через песочницу. Я надеюсь, что вы напишите интересно и научно достоверно, чтобы вопросов от наших читателей по поводу вас не было.
Это все же очень похоже аппеляцию к себе, как авторитету и обощение. Ибо, вы выделили (мы же биоинформатами себя не считаем):
И доказываете, что наше утверждение не является общепринятым, хотя вопрос дискуссионный. Да вы поправились и это в принципе уже и невилирует этот спор. Потому что каждый по своему прав.
Мне кажется это субъективным мнением, ибо в русскоговорящем мире зачастую любят использовать русскую википедию и видимо она лучше? Нет— это я не думаю, что это так работает. Язык науки– английский, а не немецкий. Также я не живу в немецком мире и в принципе выбрал тот источник, который для меня является авторитетным по очевидным причинам, а вы выбери свой. В итоге каждый прав.
Согласен, ваша поправка меняет взгляд на ситуацию.
Мы изначально хотели сделать так, но входе работы над статьей к сожалению многое пришлось вырезать, а часть упростить "и написать более интересным языком", а то был сухой научный текст строго по плану.
Статья не должна перенагружать и должна быть интересна и вызывать дискуссию. Помимо этого люди не должны уснуть по пути к концу, поэтому выбран был путь среднего, чтоб достичь три цели:
1)написать качественно и интересно и не делать из этого сухой научный обзор,
2) открыть путь к широкой дискуссии, чтобы не писать банально "выскажите свое мнение в комментариях"– а то с этим мы уже перегибаем.
3) Не перегибать палку с "вечным спором"— ибо дискус это хорошо, но он не должен быть затянутым в философское общение на километры.
Могу сказать, что 3 пункт оказался провальным.
Касаемо:
Абсолютно согласен. Возражений не имею. Надеюсь спор решен. Спасибо за интересный дискус.
Мне бы хотелось, чтобы вы привели аргумент источником, опровергающий наше мнение, что данный пример в нашей статье не имеет никакого отношения к биоинформатике, хотя информатика биоразнообразия, или биоинформатика биоразнообразия, является валидным разделом биоинформатики. Я не нашел ни одну статью, в которой бы говорилось, что подобные примеры не являются биоинформатическими и ведь утверждение об обратном было бы скорее всего абсурдным, поскольку этот пример является отличным примером использования информационных технологий в общей биологии.
И этот источник не разу не опровергает выше сказанные нами тезисы про то, что научное сообщество уже давно считает общеприянятым определение биоиформатики в том смысле, в котором обозначили его мы. Это же определение общедоступно опять же и на английской википедии, которая более авторитетна чем немецкая, так как общепринятый язык науки английский, а не немецкий. В источнике рассказано о классической биоинформатике и там нигде не отрицается, то что биоинформатами не является общепринятым опять же повторюсь наше определение. Советую опятьже ознакомиться с биоинформатикой разнообразия
Не согласен, ибо 1) я выбрал англавики потому что мне она нравится больше 2) ваш тезис исключительно хорошей предполагает, что англовики— имеет модерацию более худшую модерацию, что звучит достаточно голословно, ибо обе википедии одинаково хороши.
Касаемо этого:
это ваше мнение и оно не является общепринятым.
Первый абзац является аппеляцией и обобщением и это типичный демагогический прием. Второй абзац ваша позиция касаемо вопроса классической биоинформатики и она вытикает из вашего первого абзаца, где вы использовали демагогический прием.
Нет, нас не удивляют мнения на другой счет. Ваше мнение вполне обосновано, но звучит слишком категорично, когда вы, высказывая свое мнение вы обобщаете под одну гребенку всех, что как нам кажется, абсолютно не правильным, ибо есть аргументы против вашего мнения
1) Можно пруфы, что модерация англовики плоха
2) Можно пруфы, что биоформатические методы в экологии не являтся отраслью биоформатики?
Может и не выскочет, но мы больше 80к рублей заработали за последний месяц. Поэтому тут спорить не о чем
А кто-то говорил, что это задача реально легкая?Команда deepmind поэтому реально крута, так как у них все работает на небольших белках с довольно высокой точностью. И это было очень сложно
Также советуем ознакомиться с такой областью биоинформатики, как биоинформатика биразнообразия, которая в свою очередь порой уходит очень далеко в экологию. Вот пример статьи с использованием биоинформатики не только в геномике
аппеляция к себе и обобщение себя ко всем, это конечно интересно,но работы, на которые мы ссылались говорят об обратном, т.е. определение, которое мы дали вполне общепринятое. У нас нет желания спорить, потому что, скорее всего мы уйдем в область философских изречений, но так или иначе научное сообщество уже давно считает общеприянятым определение биоиформатики в том смысле, в котором обозначили его мы. Это же определение общедоступно и на английской википедии, которая весьма точно передает мысль научного сообщества.
Мы считаем, что в экологии есть биоинформатика, поскольку любые обсчеты со спутника, количества хлорофилла по цвету воды, например, определенно относится к экологии и информационным технологиям. И поскольку, биоинформатика является междисциплинарной областью, имеющей прямое отношение, как к общей биологии (а общая биология включает и раздел экологии), так и к молекулярной биологии и плюсом к компьютерным наукам и математике, то с каких пор это не биоинформатика?
Если только потому, что большинство в этой области занимаются обсчетом молекулярных данных, то это не совсем аргументированно. Водитель мотоцикла - тоже водитель, хотя автомобилей в мире больше. И если какой-то автомобилист не считает мотоциклиста водителем, то тот не перестаем им быть... Полагаю, такой пример уместен и немного раскрывает суть проблемы.
Ну во-первых, стоит прочитать текст внимательнее, ибо мы выбрали три, которые нам нравятся
Во-вторых, мы от части согласны с вами по поводу степика, именно поэтому в спискепонравившихся у нас нет. Однако, несмотря на то, что там есть безусловно тупые так сказать курсы, там есть и хорошие, по сертификатам которых открываются многие двери. Так что мы считаем, что не стоит быть столь категоричным, тем более, если подумать, даже к более продвинутым курсам можно найти ответы, ну задача курса не в том, чтобы все гуглили ответы, а в том чтоб человек разобрался сам. И если ты сам разобрался и решил задачу, то уж наверное какие-то знания после этого должны появиться и закрепиться.
Модель Лоттки-Вольтера к биофизике вообще по сути не имеет отношения. Но, возможно тут, вы случайно опечатались, по нашему предположению. Кроме того, в статье сказано, что модель просто одна из первых, опять же, в статье об этом сказано не для красного словца.. Конечно, она более чем не актуальна для каких-то точных расчетов на нынешний момент. На время своей публикации - это была вполне рабочая вещь показывающая неочевидную взаимосвязь двух популяций с вполне ясной и наглядной аргументацией.
Если биомедицинские изображения обрабатываются с помощью информационных технологий, то биоинформатик, конечно. Статья как раз про то, что любое действие на стыке этих дисциплин и будет биоинформатикой
Разница между наукой и инструментом тонка, конечно. Но если кратко попробовать обрисовать, то наука как инструмент к познанию мира намного шире, любого частного инструмента. Так как представляет постоянно пополняющуюся систему знаний. В то время как инструмент частный, типо той же световой микроскопии, например, имеет свои пределы. Будучи расширенным до какого-то предела - натыкается на ограничение ( например длину волны видимого спектра) и дальше лишь находит различные применения, но не расширяется по своей сути как система знаний.
В принципе мы специально и добавили ссылки на курсы, надеюсь они будут кому-нибудь полезны
Приветствуем. Ну вообще вы по факту все сказали. Нечего добавить. У нас примерно о том же. Кто-то, только как инструмент воспринимает, кто-то, включая пишущих алгоритмы, считает за науку=)
Это не щепетильность даже, это занудство и детская наивность какая-то. Человек носит розовые очки и как этакая карикатура с коммуниста думает, что ему все должны бесплатно дать, разрешить и т.д. Дескать все должно быть общее, а вот сфигали?
Нет. В этом нет ничего удивительного. Мы делаем точно также. Авторы нашего проекта, которые нарисовали рисунки в коммерцию получили за это деньги. Поэтому, если кто-то захочет коммерчески пользоваться нашими рисунками, то пусть пишут на почту. "Изображения, которые взяты из открытых источников"— это значит, что на них распространена открытая и бесплатная лицензия и у многих таких порой даже точно известного автора нет. На наши некоторые изображения, или изделия, или 3D графику не распространяется бесплатная лицензия, или распространяется в ограниченном виде, например, некоторые наши рисунки/изделия можно распрстранять бесплатно, отдавая в журналы, радио, каналы и т.д., но их нельзя продавать на радио, каналы журналы, буклеты и тд. Хочешь продать, будь добр купи. Вот я не хочу, чтобы вот именно вы использовали наши произведения для продажи. Кто вы такой, чтобы запрещать нам запрещать вам, или обвинять нас в чем то? Это наше право. И здесь нет ничего удивительного. Это капитализм.
А хабр не делится деньгами? Любой частный автор с хорошей кармой, а хорошая карма это от 50, а не -15 может добиться ачивки автор и пойти писать в ППА, или в корп.блог. Да, редакция хабра платит немного— 3к за статью в 30 голосов, но в корп блогах, которые смотрят в первую очередь на вашу карму и статьи, стоимость за одну вашу статью примерно с 30 голосами, может доходить до 20к, но это зависит от качества вашей статьи, Достижений (ачивка не пустой звук) и компании, кторая взяла вас в блог. Конечно для вас карма детсад, вы в минусе, а вот для тех авторов, которые давно здесь— карма— уважение и хлеб. Компании являются здесь также частью хабра. И потому хабр делится доходами, но не с вами, по объективным причинам.
Вы правы.