Бит TC в регистре статуса, прерывание от него маскируется битом TCIE в USART_CR1.
Вызов pxMBFrameCBTransmitterEmpty() в UART_IRQ_Handler() при передаче последнего байта вызывает vMBPortSerialEnable( TRUE, FALSE ), что выключает DE в то время как этот байт только начал передаваться по линии.
По поводу костыля. Вы обрабатываете событие TXE передатчика, поэтому линия DE деактивируется в момент начала передачи последнего байта, а не тогда, когда этот байт уже целиком «выдвинется». Поэтому либо Ваш костыль, либо после записи последнего байта нужно ждать события TC (transmission complete).
Вызов pxMBFrameCBTransmitterEmpty() в UART_IRQ_Handler() при передаче последнего байта вызывает vMBPortSerialEnable( TRUE, FALSE ), что выключает DE в то время как этот байт только начал передаваться по линии.