Возник такой вопрос: а почему в классе Bus вы написали

private Long route_id;

а не

private Long roprivate Route route;ute_id;

? Если так писать, то теряется половина смысла использования Hibernate :(

Если немного переписать модель (только модель, основной ваш код я пока не трогаю) на базе ваших примеров, но с небольшой переделкой путем
1) использования аннотаций (наиболее актуальный вариант на данный момент),
2) изоляции логики связанной с хранением объектов от самих объектов,
3) использования Generics,
то можно получить примерно следующее:

Собственно наши классы:

@Entity
@Table(name = "busses")
public class Bus extends ManagedEntity {
  @NotNull
  @Length(max = 6)
  private String number;

  @NotNull
  @ManyToOne
  @JoinColumn(name = "fk_route")
  private Route route;

  @OneToMany(mappedBy = "driver")
  private Set<Driver> drivers;

  // ...
}

@Entity
@Table(name = "drivers")
public class Driver extends ManagedEntity {
  @NotNull
  @Length(max = 20)
  private String name;

  @NotNull
  @Length(max = 20)
  private String surname;

  private int age;

  @OneToMany(mappedBy = "bus")
  private Set<Bus> busses;

  // ...
}

@Entity
@Table(name = "routes")
public class Route {
  @NotNull
  @Length(max = 30)
  private String name;

  @NotNull
  private int number;

  @OneToMany(mappedBy = "bus")
  private Set<Bus> busses;

  // ...
}

ManagedEntity это класс-предок для наших persistant-объектов:

@MappedSuperclass
public class ManagedEntity extends VersionedEntity {
  public static final long NULL_LONG = 0L;

  @Id
  @GeneratedValue
  @Column(name = "id")
  @NotNull
  private long id = NULL_LONG;

  // ...
}

А VersionedEntity - будет обеспечивать оптимистическую блокировку:

@MappedSuperclass
public abstract class VersionedEntity implements Serializable {
  @Version
  @NotNull
  @Column(name = "obj_version")
  private long objVersion;

  // ...
}

Note: аннотацию @Column я почти всюду опустил, чтобы не засорять пример. По дефолту, если этого аттрибута нет, Hibernate будет использовать то же имя, что и имя поля объекта. А так как у нас имя столбца в таблице всюду совпадает с именем поля у объекта, то можно было @Column вообще не использовать.

Мне кажется, что такой код намного нагляднее, чем вариант с заданием маппинга в XML. Хотя некоторые минусы у этого варианта тоже есть.