Подробная инструкция по установке SSL-сертификата Let’s Encrypt на сервер с CMS Bitrix и Nginx

# service nginx reload исключительно.

Спасибо, исправил.

сам letsencrypt вроде как не рекомендует прописывать прямые пути в конфигах nginx

В инструкции этого не увидел, но, думаю, можно и так и эдак.