Главное преимущество protobuf что вы пишите один код для всех языков программирования. Если вам легче написать json parser на пяти языках для пяти различных бэкенд то пожалуйста. Для меня мое время важнее. Также не стоит рассматривать protobuf messages как бины — это прежде всего обертка для передаваемых данных между серверами. Ну и конечно большим плюсом protobuf — недавний релиз grpc.
немного старая статистика, но еще полгода назад вижу рост продаж