Разобрался с проблемой, которая была под спойлером.

Если взглянуть на системные конфигурационные файлы по адресу /usr/share/X11/xkb, то нетрудно заметить, что они имеют определенную структуру и конфиги разных секций лежат по соотв. каталогам, как то keymap, symbols и т.д. Тут я подумал, может так и надо класть свой конфиг и прописывать для него корневой каталог.

Если взять приведенный файл my:

xkb_symbols "my" {
    include "pc+us+ru:2+inet(evdev)"

    key <AC10> { [ colon, semicolon ] };
    key <TLDE> { [ asciitilde, grave ] };
};

То он должен быть в $HOME/.config/xkb/symbols/my
Тогда команда для загрузки такого конфига должна выглядеть так:

setxkbmap -symbols my -print | xkbcomp -I"$HOME/.config/xkb" - "${DISPLAY%%.*}"

Можете убрать | xkbcomp -I"$HOME/.config/xkb" - "${DISPLAY%%.*}" и посмотреть что она выводит. Будет видно, что там вместо всех локалей подставляется один ваш my, внутри которого вы уже и наследуете нужные вам раскладки.
В статье Вы почти дошли до этого, просто надо было создать еще один каталог symbols, куда и положить конфиг. Заметьте, что в xkbcomp прописывается "$HOME/.config/xkb", а не полный путь.

Я решил пойти еще немного дальше и сделать так, чтобы конфиг генерировался из системного, лишь немного его дополняя, чтобы не нужно было жестко вписывать include "pc+us+ru:2+inet(evdev)", ведь эта секция может поменяться в будущем.

К тому же, захотелось иметь несколько конфигураций для разных систем и чтобы эти конфигурации грузились в зависимости от системы, на которой запущен скрипт (ведь мы делаем автоматизацию). Вот как выглядит мой конфиг kodx_xkb:

xkb_symbols "default" {
    key <AC10> { [ colon, semicolon ] };
    key <TLDE> { [ asciitilde, grave ] };
};

xkb_symbols "swap_esc" {
    key <CAPS> { [ Escape ] };
    key <ESC>  { [ Caps_Lock ] };
};

xkb_symbols "beast" {
    // (keycode 166) XF86Back -> PageUp
    key <I166>   { [ Prior] };
    // (keycode 167) XF86Forward -> PageDown
    key <I167>   { [ Next ] };
};

Как видно, тут 3 секции — default, swap_esc и beast. Теперь вызов конфигурации с таким конфигом:

setxkbmap -layout "us+kodx_xkb(default),ru(winkeys)" -option "" -option "grp:caps_toggle,grp_led:scroll" -print | xkbcomp -I"$HOME/.config/xkb" - "${DISPLAY%%.*}"

Тут у меня прописано переключение раскладок по Caps Lock и индикатор на Scroll Lock (на всякий случай, у меня на клавиатуре индикаторов нет вообще)

Допустим мы хотим добавить смену местами Esc и Caps Lock, тогда просто вписываем его в строку запуска:

setxkbmap -layout "us+kodx_xkb(default)+kodx_xkb(swap_esc),ru(winkeys)" -option "" -option "grp:caps_toggle,grp_led:scroll" -print | xkbcomp -I"$HOME/.config/xkb" - "${DISPLAY%%.*}"

Можно заметить секцию beast — это особые настройки для моего ноутбука, имя у которого beast. Теперь полный скрипт, который я использую у себя. Смысл скрипта в том, что он подгружает настройки deafult и, если таковые прописаны в kodx_xkb, специальные для конкретного устройства, в зависимости от его hostname.

Привожу свой скрипт полностью:

#!/usr/bin/env bash

XKB_DIR="$HOME/.config/xkb"
XKB_SYMBOL_FILE="kodx_xkb"
# hostname binary with path
HOSTN=$(which hostname)
# grep binary with path
GREPPR=$(which grep)

HOST=""
XKB_ADDON=""
if [ -n "$HOSTN" ]; then
    HOST=$($HOSTN -f)
    if [[ -n $HOST && -n "$($GREPPR $HOST $XKB_DIR/symbols/$XKB_SYMBOL_FILE)" ]]; then
        XKB_ADDON="+$XKB_SYMBOL_FILE($HOST)"
    fi
fi

if [[ -n $(which setxkbmap) && -n $(which xkbcomp) ]]; then
    setxkbmap -layout "us+$XKB_SYMBOL_FILE(default)$XKB_ADDON,ru(winkeys)" \
    -option "" -option "grp:caps_toggle,grp_led:scroll" -print \
    | xkbcomp -I"$XKB_DIR" - "${DISPLAY%%.*}" >/dev/null 2>&1
fi

Проверил работоспособность на 2х устройствах.
Скрипт можно переписать на работу с разными файлами, а не с секциями одного. Мне текущая схема показалось удобнее.

Надеюсь поможет.