Отправляем уведомления в определенный топик в чате Telegram

Я бы рекомендовал использовать message_thread_id (документация)

Вторая часть ссылки - это id первого сообщения в топике: 1234

1234 - это и есть message_thread_id данного топика

Оно работает в текущем виде, но я не нашел в документации упоминания, что в reply_to_message_id можно передавать id топика. Не стоит использовать недокументированный функционал, т.к. он может поменяться в любой момент

Как хранить данные бота прямо в Телеграме

python-telegram-bot иммет отдельные объекты для данных бота, чата и юзера и может сохранять их в pickle-файл