В статье есть некоторые ошибки.

Функция utf8::is_utf8() к сожалению показывает не наличие флага у строки, а внутреннее это представление или нет.

Строка «аа» во внутреннем представлении перла без флага выглядит так: \x{d0}\x{b0}\x{d0}\x{b0}
а с флагом вот так: \x{430}\x{430}

И функция utf8::is_utf8() на оба варианта вернёт истину.

В каком виде строка лучше всего смотреть через Data::Dumper.
Берём простой пример

use Data::Dumper;
use Modern::Perl;

my $a = «аа»;
my $z = «яя»;

print Dumper( $a );

utf8::upgrade( $a ); # перевели во внутреннее представление только чтобы показать что оно отличается от флаговой стоки

print Dumper( $a );

utf8::decode( $a );

print Dumper( $a );

my $qq = "$z. $a";

print Dumper( $qq );

Его результат будет таким:
$VAR1 = 'аа';
$VAR1 = "\x{d0}\x{b0}\x{d0}\x{b0}";
$VAR1 = "\x{430}\x{430}";
$VAR1 = "\x{d1}\x{8f}\x{d1}\x{8f}. \x{430}\x{430}"

А то что \x{d1}\x{8f}\x{d1}\x{8f} — это не флаговая строка лучше всего Вам покажет regexp,
в нефлаговых строках \s пересекается с кириллицей по 1 букве в маленьких и заглавных буквах:

my $a = «абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщъыьэюя»;
utf8::upgrade( $a );
print «1\n» if $a =~ /\s/;

напечатает единицу, а код

my $a = «абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщъыьэюя»;
utf8::decode( $a );
print «1\n» if $a =~ /\s/;

ничего не напечатает — потому что мы повесили флаг на $a и буква «х» стала единым целым,
а не двумя половинками, одна из которых совпадает с пробельным символом.

PS чтобы использовать Encode::encode, Encode::decode не обязательно подключать модуль Encode,
проще использовать utf8::decode() и utf8::encode() чтобы не засорять namespace модуля/скрипта