Как взломать Генотек. Я навайбкодила свой ДНК-анализатор, и он работает

[maxnoosphere]

вайбовая статья. а нуклеотидный состав как вытаскивали? свой парсер писали?

[ishtna]

спасибо за комплимент! щас попытаюсь объяснить: нуклеотиды вытаскивать отдельно не пришлось, тк VCF уже всё содержит прямо в тексте. это по сути обычный TSV: колонки 4 и 5 - это REF и ALT аллели (C, T, ATCG... и т.д.). просто line.split('\t'), и ну руках вся нуклеотидная информация

[n0isy]

Как будто бы не хватает вашей рефералки на лабораторию, готовую предоставить анализ по плевку в письмо по всему миру. (Вместо ТГ канала кстати!)

И это даже не сарказм.

[ishtna]

я хочу! :(((((( обожаю копаться в таком! но у меня из производственных мощностей только ноутбук с мощностью электробритвы и энтузиазм...

[Andrey_Solomatin]

Когда-то работал в этой области и часть терминов помню, но в общем читать сложно.

[ishtna]

привет, спасибо за комментарий! мне в прошлых статьях говорили, что у меня слишком разбитной тон, решила в общем для хабра более учёно писать!

[Andrey_Solomatin]

При первом упоминании термина можно добавить разъяснение. Например раскрыть VCF и референтный геном.

[ishtna]

супер идея, в следующем материале так сделаю, спасибо! 🖤

[Andrey_Solomatin]

Во Франции такие тесты запрещены. Один из аргументов это возможный развал семьи.

[ishtna]

я кстати прямо сейчас чатюсь с французом с gedmatch, с внуком которого у меня неплохие совпадения. так что не знаю про всех остальных, но у этой конкретной семьи все оки!

[Andrey_Solomatin]

Для этого нужно иметь доступ к ДНК информации деда, отца и внука.

[v_sky]

Очень интересно было ознакомится с статьей,вдохвляет на идеи

[ishtna]

Благодарю за комплимент! Если кто-то вдохновился, значит не зря писала 🧚