Да, насчет подписки, я думаю, в этом и есть причина. А вот с iCloud-ом непонятно — все ведь привязано к bundle ID и аккаунту разработчика, можно ведь поменять так же, как и меняются все остальные биллинговые данные для приложения. Возможно, это технически более сложно, но я надеюсь, что Apple это сделает в дальнейшем.
Нюанс с In-App Purchase довольно сильно сужает область применения данной возможности, но это в любом случае очень хороший шаг со стороны Apple который во многих ситуациях сможет облегчить жизнь разработчикам.
По поводу запрета In-App у них написано «his includes apps that previously had approved In-App Purchases subscriptions, even if they have been removed. », так что, насколько я понял, надо залить новую версию полностью без инаппов, и лишь тогда мигрировать.
Apple предоставила возможность передавать приложения от одного разработчика другому