После того как разобрался с настройками rtorrent исользовал его через ssh. Очень удобно. Можно использовать связку rtorrent + ftp. Закачиваешь в специальную папку на фтп торрент, который нужно скачать, rtorrent автоматически его подцепляет и начинает закачку. Как только файл полностью скачан, он появляется в другой папке download.
Совсем забыли про Deluge, имеет веб-гуй в качестве плагина, не требует ни PHP, ни чего либо другого, работает самостоятельно.
В разрабатываемой версии 0.6 окончательно разделили GUI и демон и теперь при помощи гуя можно подключаться к нескольким удаленным демонам, да и сама веб-морда выше всяких похвал. В общем советую не сбрасывать со счетов.
Сравнение консольных torrent качалок с web мордой (часть 1)