Комментарии 13
Позволил себе немного причесать по крайней мере первый фрагмент
from datetime import date
import json
import mendeleev as m
with open("element_properties.stolen", "w") as outf:
Z_MAX = 118
els = (m.element(i) for i in range(1, Z_MAX+1))
els_data = { el.symbol.lower(): {"atZ": el.atomic_number, "atSymbol": el.symbol, "color": el.jmol_color, "atWeight": el.mass} for el in els }
outf.write(f"# Data stolen from mendeleev module on {date.today()}\n\n\n")
outf.write("ElementData=")
json.dump(els_data, outf, indent=4)
Гексамер воды - это именно воды или льда?
Лёд это твердая фаза воды, бывает аморфная при резком охлаждении, обычно кристалл гексагональной симметрии. Если у вас шесть атомов/молекул то говорить, что они у вас нечто в твердой фазе - невозможно. Молекулярный кластер будет обладать свойствами отличными от твердого тела из бОльшего числа тех же атомов. Например, отсутствие кристаллов с симметрией пятого порядка следует именно из того, что пятикратным вращением и сдвигом нельзя покрыть плоскость. А вот существование пятиатомного кластера ничему не противоречит.
В кристалле льда водородные связи не рвутся и не образуются постоянно.
А спектр комбинационного рассеяния по формуле какие из бесплатных программ могут построить ? И визуализировать ?
Для комбинационного рассеяния чуть более сложный расчёт нужен (см. например в Phys. Chem. Chem. Phys., 2013,15, 6608-6622). Во-первых, в каждой точке траектории нужно считать тензор поляризации (это чуть дороже, и не все софты не со всеми методами это умеют). Во-вторых, сам спектр считается через ФДТ. Делать это нужно в двух программах: одна гонит динамику (это может быть, например, GAMESS US), а вторая считает спектр по ФДТ (например, это может делать упоминавшийся в тексте TRAVIS). А визуализировать можно в чём угодно: Gnuplot, Origin, Excel, и т.д. и т.п.
Насколько хорошо данные расчета будут соответствовать измерению ? К примеру для какого-нибудь спирта 99.9%
Для не очень сложных молекул -- можно. Но чем более сложным становится вещество (или смесь), тем колебательная спектроскопия (ИК/Раман) становится менее информативным, поэтому там оказывается возможным определить, например, какие функциональные группы есть, но не более. Более информативным методом оказывается, например, ЯМР-спектроскопия, или масс-спектрометрия. А лучше всё вместе и разом :)
Вообще, есть ещё вращательная спектроскопия, чей потенциал в аналитической химии пока недооценён. Но там проблема в том, что анализ неизвестных веществ может быть весьма длительным и нетривиальным.
Облака атомных колебаний