Комментарии 20
Ну так-то это всё можно написать, взяв школьный учебник химии и любой ЯП. С тем же успехом можно было решить какую-нибудь задачку с Rosalind и написать статью о применении Python в вычислительной биологии.
Как насчёт каких-то интересных задач, специфичных библиотек? По запросу "computational chemistry python" находятся такие библиотеки, как chemtools, cclib. Вот, например, куча всякого. Ну или вот обсуждение на тему, с чего начать в данной области: https://scicomp.stackexchange.com/questions/33594/getting-started-with-computational-chemistry. Можно было бы набросать обзор литературы для начинающих.
Это было бы интересно почитать.
Ну так-то это всё можно написать, взяв школьный учебник химии и любой ЯП. С тем же успехом можно было решить какую-нибудь задачку с Rosalind и написать статью о применении Python в вычислительной биологии.
Как насчёт каких-то интересных задач, специфичных библиотек? По запросу "computational chemistry python" находятся такие библиотеки, как chemtools, cclib. Вот, например, куча всякого. Ну или вот обсуждение на тему, с чего начать в данной области: https://scicomp.stackexchange.com/questions/33594/getting-started-with-computational-chemistry. Можно было бы набросать обзор литературы для начинающих.
Это было бы интересно почитать.
Химия, электроны,протоны...
"Все смешалось, кони, люди..."
Электроны и протоны разве не физика?
Нет, это также и связано с химией. Эрнест Резенфорд открыл модель планетарного строения атома. А атомы, как известно, связаны также и с химией. Например протоны - они имеют заряд, который равен заряду электронов, но противоположный по знаку, и массу, равную массе атома водорода (принята в химии как единица). Число протонов и электронов одинаково
Так что электроны и протоны также связаны не только с физикой, но и с химией.
Но все равно спасибо за комментарий!
Всегда считал, что химия - это молекулы и атомы,
а электроны и протоны - это элементарные частицы.
Да протоны имеют заряд как и электроны, но открыты они в физике элементарных частиц.
Да в химии эти понятия, но не как самостоятельные , а всегда как элемент молекул.
А у Вас молекулы исчезли и вместо них протоны и электроны появились очевидно.
----------------
Есть физика элементарных частиц, но нет химии этих частиц.
Химия и методы исследования химических процессов довольно разнообразны. В ходе реакций часто образуются радикалы. Электронное строение сильно влияет на реакционную способность. Для моделирования и исследования распределение электронной плотности имеет большое значение. Сами химические реакции часто исследуют меченными атомами или при помощи изотопов разной массой. В конце-концов есть радиохимия. Есть физ-хими и хим-физика. Есть квантовая химия. Половина физики используется в современной химии, если вообще не вся.
Это не отменяет несколько наивный подход в статье, в которой Python используется вместо калькулятора. Недавно на русском языке вышла книга "Квантовая химия и квантовые вычисления с примерами на Python". Можно посмотреть уровень проблем и что при помощи python исследуется в химии. Причем в книге описаны далеко не самые актуальные на сегодняшний день проблемы. Да и вообще использовать Python для таких вычислений мягко говоря неэффективно. Хотя возможно, с точки зрения обучения, чтобы разобраться в предмете, самое то. На худой конец можно прототип разработать, перед тем, как будут задействованы видео-карты (задачи в основном матричные - вот бы что описывать на хабре, с удовольствием почитал бы).
Всегда считал, что
Очень неприятно читать Ваши надменные комментарии, ещё попытки выпендриться цитатой из литературы. Выглядит одновременно токсично и глупо. Почему глупо?
Да хотя бы:
но не как самостоятельные , а всегда как элемент молекул.
Это просто откровеннный бред казус. Есть одно из самых простых и базовых и важнейших "чисто химических понятие" - pH:
Водоро́дный показа́тель[1] (pH [пэ-аш] ← лат. pondus Hydrogenii[2] «вес водорода») — мера кислотности водных растворов. Является способом выражения активности катионов водорода в растворах. Противоположна по знаку и равна по модулю десятичному логарифму активности (а) катионов водорода (Н+)
Вы видимо не заметили до сих пор, начиная с 8го класса, что катион водорода это и есть протон. (видимо этого не пишут явно в книжечке со словом "химия" на обложечке, дя? поэтому то мы и щщетаем что пратон - физека, а котеон вадородика - химея? несмотря на то, что чисто отдельный протон не просто выступает как "какой-то" химически активный агент, а вообще является одним из центральных химических понятий как в теории, так и на практике). И лакмусовая бумажка своим цветом показует именно что концентрацию чисто отдельных протонов в растворе. А ещё в биохимии есть такие классные штуки, как протонный насос (ловит и транспортирует отдельные протоны (не как "часть атомов или молекул"), электрон-транспортная цепь транспортирует отдельные электроны (не как "часть атомов или молекул"). Но ведь это жы не биология! Это же химия! Ой нет! Это физика! Врёти!
Похоже, что Вы воспринимаете науки физику и химию и их понятия, будто это наборы словечек, которые встречаются в том или ином учебничке с тем или иным названьицем. А не как научные дисциплины, систематично описывающие единую природу. Как у Вас при этом хватает наглости кого-то ещё и подкалывать?
Я понимаю, что правду Вы врядли сдюжите и будете сейчас проявлять мастерство словоблудия в стиле "Ха-ха, ВРЁТИ, сами же подтвердили мой умок!" и т.п.
Всегда считал, что хамство в отношении личности собеседника - это недопустимый способ вести беседу.
Всегда считал, что есть два источника высказываний - свое мнение и информация из других источников, т е чужое мнение или чужие знания. Если информация из других источников, то стараюсь давать ссылки на них.
------------------------------
Теперь по существу ваших рассуждений.
Ион водорода образуется, когда атом водорода теряет электрон. Положительно заряженный ион водорода (или протон) может легко соединяться с другими частицами и поэтому виден изолированным только тогда, когда он находится в газообразном состоянии или в пространстве, почти свободном от частиц.[1] Из-за чрезвычайно высокой плотности заряда, которая примерно в 2 × 10в 10 раз больше, чем у иона натрия, простой ион водорода не может свободно существовать в растворе, поскольку он легко гидратируется, то есть быстро связывается.[2] Ион водорода рекомендуется IUPAC в качестве общего термина для всех ионов водорода и его изотопов.[3].
https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_ion
и еще мне понравился этот ответ:
https://otvet.mail.ru/question/222430516
Миллисекунды - это довольно длительное время, если мы говорим о скоростях химических процессов. Так что "в чистом виде протон существует тысячные доли секунды" = "протон в свободном виде существует довольно длительное время".
Для сравнения, при нормальных условиях в растворе столкновения между ионами\молекулами происходят где-то 10^20 раз в секунду, плюс минус пара порядков. То есть за одну миллиардную долю секунды свободный протон успевает столкнуться с другими участниками раствора более миллиарда раз.
Это напрямую противоречит утверждению о том, что "простой ион водорода не может свободно существовать в растворе".
Я понимаю, что Вы начнёте отрицать правду и подумаете "ну ... это слишком мало, ну это не считается", "на мейлру написали" и т.п.
Чисто биохимические штуки "протонный насос" и "ЭТЦ" вы проигнорировали естественно. Ту правду, что понятие "катион водорода" это фактически синоним понятия "протон", потому что это де-факто одна вещь, и абсолютно любой профессиональный химик это отчётливо понимает, Вы проигнорировали естественно.
"эти понятия, но не как самостоятельные , а всегда как элемент молекул " - этот тезис абсолютно ложный.
Про хамство - dontchu like the taste of your own medicine, huh? Ваше самоуверенное надменное подначивание автора стишками за то, что он всё дескать беспорядочным образом смешал - это конечно не прямое хамство, но выглядит вполне токсично.
Ещё прикол - существуют такие дисциплины, как химическая физика и физическая химия. Не переживайте, я абсолютно уверен, что Вы и дальше будете считать, что "протоны и электроны это физика, атомы и молекулы это химия". В этом можно не сомневаться и мои аргументы абсолютно бесполезны. Ваше железобетонное мнение видно что непоколебимо.
как без электронов валентности понимать?
А 3, 5 - разве не математика?
Физика это основа современной химии, но электроны, атомные и молекулярные орбитали, изотопные распределения, и, даже, спектры поглощения это уже давно химия. Для физики это очевидные и простые вещи, не требующие внимания, а для химии, физхимии, структурной и квантовой химии это основные понятия.
Изотопы, изотоны, степени окисления, овр, хиральный углерод, механизмы реакций - пошли мы на***
"Почему именно Python? ... Но он, довольно легко изучается, по сравнению с многими другими языками."
Можете перечислить те многие языки, по сравнению с которыми питон проще изучать?
Интересно узнать, что именно в этих языках для Вас сложно, а в питоне - просто.
Приветствую! Это моя первая статья, попытался мысли выразить более нормально. Смотрите, здесь я имел ввиду, что благодаря популярности питона, очень много существует документаций. Также он легче некоторых других языков (лично по мне, питон - это easy to learn, hard to master) - C++ с его указателями, Haskell с его монадами и другими вещами, которые сложно сразу понять, Java я не сильно знаю, и решил не рисковать.
В любом случае, спасибо за ваше мнение!
Полагаю, что на самом деле все гораздо проще и совсем не так как Вы себе представляете.
Широкое распространение Питона связано с тем, что его создавал Гугл.
После этого они, мягко говоря, перенесли из луа Torch 7 в питон под именем TensorFlow и занялись ИИ. В итоге по аналогии с майкрософт в области создания ОС, Гугл стал монополистом в области внедрения ИИ, что создало массовый хайп Питону.
Создавался язык за 8 лет до основания самого Гугл. О чем вы пишите лишь разработка софта под свои нужны, собственно что делала каждая крупная компания, и не только на python. А у Гугла полно своих любимцев: Дарт, Котлин, Го. Следуя вашему посылу можно подумать что кроме ИИ Python нигде не использовался, но это не так. Во времена Симбиан будем считать что язык создавался Нокиа?
Все верно, но... В декабре 2005 года ван Россум был принят на работу в Google, где он разработал на Python веб-приложение для рецензирования кода Mondrian. Также принимал активное участие в разработке компанией Google сервиса хостинга сайтов и web-приложений Google App Engine. 12 июля 2018 года ван Россум объявил о своём намерении покинуть пост «великодушного пожизненного диктатора» проекта по разработке языка программирования Python.
----------------------
Про Питон..
С какого года Вы его узнали ?
Если Вы его хорошо изучали, то интерпретатор в нем на порядок медленнее, чем в Луа даже сегодня. Первые версии питона вообще были тормоз.
Что бы поместить в микроконтроллеры специально сделали кастрированный Питон(микропитон).
Популярность питона связана с его продвижением именно Гуглом и переносом в него Факела для создание сетей. До этого времени это был один из заурядных скриптовых языков.
Цитата из Вики: 2008 год - Python 3.0 (называемый также «Python 3000» или «Py3K») разрабатывался с целью устранения фундаментальных изъянов в языке.
------------------
Про применение языков программирования в химии...
Есть хорошо себя зарекомендовавший язык R и он применяется для решения подобных задач.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23110531/
Я его изучаю уже года три. Да, я замечал, что питон довольно медленный. Но для этой статьи я взял именно его по нескольким причинам: во-первых, потому-что питон я точно знаю, а для первой статьи мне нужна была стабильность.
Про R слышал, но еще не использовал, почитаю на днях.
Спасибо за ваш комментарий
Доброго времени суток, если возможно, можно порекомендовать какие аспекты математики и программирования могут помочь в определении продуктов от данных химических реактивов.
Змеиная наука: Химия в Python, часть 1