По возможности, конечно лучше пробрасывать и запускать нативный линукс. В WSL2 один специальный GPU linux драйвер ходит в другой windows драйвер и теряет в перфомансе и стабильности. Это видо в референсе vLLM. А под капотом WSL2 будет тот же Hyper-V.
Kubernetes с GPU в WSL за вечер: рабочий кластер на Windows