Безопасный обмен данными между приложениями на Android: intents, URI schemes, shared preferences

[WiMank]

EncryptedSharedPreferences в статусе deprecated, но в целом никто не мешает сделать из обычных SharedPreferences защищенную модификацию вместе с тем же keystore.

[nikialeksey]

Есть еще прекрасный инструмент межпроцессной коммуникации, про который обычно все забывают или даже не знают - AIDL. Хотя это обычный Bound Service, но все же имеет довольно удобный способ описания протокола взаимодействия. Защищаться можно так же - кастомными пермишенами.