Комментарии 17
Очень наглядно! Вот бы их еще внутри своей страны сортировать по возрастанию или убыванию, или как еще.
Внутри страны образцы отсортированы по городу, там где такие данные есть (Россия). Чтобы сравнивать розы между собой, радиусы должны однозначно соответствовать образцам. Поэтому идея с сортировкой не сработает: сортировка будет постоянно перемешивать радиусы внутри стран для разных образцов и бактерий.
[offtopic]
— Доктор, посмотрите, у меня что-то в попе колет…
— Да у вас там роза?!
— Доктор, это — вам.
[/offtopic]
Извините, не удержался.
— Доктор, посмотрите, у меня что-то в попе колет…
— Да у вас там роза?!
— Доктор, это — вам.
[/offtopic]
Извините, не удержался.
Здорово, а почему возможность увеличения не добавили? Тут всё так компактно, что сразу возникает непреодолимое желание приблизить. По этой же причине, как мне видится, сетка не выполняет своей функции.
Ещё вопрос, что вы кодируете прозрачностью?
И небольшой совет: цвет, выбранный для образцов из нашей страны существенно отличается по яркости (которая luminance) от остальных, что при прочих равных (прозрачности) выделяет эти образцы на фоне других.
Ещё вопрос, что вы кодируете прозрачностью?
И небольшой совет: цвет, выбранный для образцов из нашей страны существенно отличается по яркости (которая luminance) от остальных, что при прочих равных (прозрачности) выделяет эти образцы на фоне других.
Возможно, стоит добавить небольшой отступ от самого центра круга, чтобы отметки не накладывались.
Что то мне подсказывает, это можно использовать в ранней диагностике рака желудка и кишечника. Кстати, крайне плохо диагностируемый вид рака. Патологический процесс сопровождается предвестниками и появлению мутаций и онкомаркеров. Вся эта микрофлора может быть очень чувствительна к этому и проявить некую групповую самоорганизацию, хорошо визуально видную. Прошу простить за возможный дилетанский отзыв не специалиста и не минусовать сильно.
Хотел спросить, почему полярные координаты, а не декартовы? Только потому, что wow-эффект больше?
Но потом подумал: угол проще воспринимается, чем расстояние от начала отсчёта — имеет смысл (надо запомнить). Но на развёртку в декартовых координатах все равно бы посмотрел.
И ещё одна мысль: что если откладывать расстояние по радиусам в логарифмическом масштабе? Имеет ли это смысл для филогенетического расстояния? Судя по heatmap — скорее нет. Отступ от центра круга лучше подойдёт для близких значений.
Но потом подумал: угол проще воспринимается, чем расстояние от начала отсчёта — имеет смысл (надо запомнить). Но на развёртку в декартовых координатах все равно бы посмотрел.
И ещё одна мысль: что если откладывать расстояние по радиусам в логарифмическом масштабе? Имеет ли это смысл для филогенетического расстояния? Судя по heatmap — скорее нет. Отступ от центра круга лучше подойдёт для близких значений.
Про розу кишечных ветров уже пошутили? :)
А почему остановились именно на D3 для реализации?
Во-первых, в D3 есть встроенные функции для работы с данными (в нашем случае, .csv файлами) и возможность отобразить эти данные без лишних хлопот.
Во-вторых, никаких ограничений на формат отображения, можно запрограммировать любую, самую экзотическую визуализацию — чем мы и воспользовались.
В-третьих, достаточно просто добавить интерактивность и оживить статичные диаграммы.
В-четвёртых, результат можно просматривать локально или выложить в интернет, для удобного доступа всех участников процесса и заинтересованных лиц.
Во-вторых, никаких ограничений на формат отображения, можно запрограммировать любую, самую экзотическую визуализацию — чем мы и воспользовались.
В-третьих, достаточно просто добавить интерактивность и оживить статичные диаграммы.
В-четвёртых, результат можно просматривать локально или выложить в интернет, для удобного доступа всех участников процесса и заинтересованных лиц.
Я не до конца понял принцип построения рисунка. Расстояние от центра — это, вроде, понятно (хотя интересно, каким образом вычисляется это самое филогенетическое расстояние. Корнем квадратным из суммы квадратов?). Цвет — принадлежность к группе. А как определяется угол/направление?
Если не сложно, распишите, пожалуйста, подробнее эти принципы. А то я таки прямо заинтересовался идеей реализовать что-то похожее самостоятельно)
Если не сложно, распишите, пожалуйста, подробнее эти принципы. А то я таки прямо заинтересовался идеей реализовать что-то похожее самостоятельно)
Насколько я понимаю, филогенетическое расстояние — это мера близости геномов, вычисленная на основе совокупности генов. Чем больше отдельных генов в геноме совпадают, тем ближе образцы, тем меньше расстояние. Конкретную формулу лучше уточнить у коллег-учёных, мы использовали готовое предрассчитанное значение.
В эксперименте собранны данные от 383 человек — столько же у нас радиусов. Распределение для каждого образца строится на своём радиусе. Фактически, угол определяется номером образца.
В эксперименте собранны данные от 383 человек — столько же у нас радиусов. Распределение для каждого образца строится на своём радиусе. Фактически, угол определяется номером образца.
Зарегистрируйтесь на Хабре, чтобы оставить комментарий
Роза кишечных бактерий