![image](https://u.kanobu.ru/editor/images/22/d94931c2-fe28-4a24-a630-5c5055412325.jpg)
Disclaimer: Я высказываю свое субъективное мнение на базе доступных данных. Мнение профессиональных вирусологов и эпидемиологов может отличаться от моего. В любой непонятной ситуации обращайтесь к материалам ВОЗ.
Привет, коллеги. Чем больше роюсь в данных по вспышке коронавируса 2019-nCoV, тем меньше мне нравится происходящее, с учетом предыдущих вспышек аналогичных вирусов. Предлагаю пробежаться по истории прошлых эпидемий и попробовать спрогнозировать дальнейшее течение.
Минутка заботы от НЛО
В мире официально объявлена пандемия COVID-19 — потенциально тяжёлой острой респираторной инфекции, вызываемой коронавирусом SARS-CoV-2 (2019-nCoV). На Хабре много информации по этой теме — всегда помните о том, что она может быть как достоверной/полезной, так и наоборот.
Мы призываем вас критично относиться к любой публикуемой информации
Официальные источники
- Cайт Министерства здравоохранения РФ
- Cайт Роспотребнадзора
- Сайт ВОЗ (англ)
- Сайт ВОЗ
- Сайты и официальные группы оперативных штабов в регионах
Если вы проживаете не в России, обратитесь к аналогичным сайтам вашей страны.
Мойте руки, берегите близких, по возможности оставайтесь дома и работайте удалённо.
Читать публикации про: коронавирус | удалённую работу
Коронавирусы
![image](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/eb/3D_medical_animation_corona_virus.jpg)
Это семейство РНК-вирусов, как правило, вызывает легкие респираторные заболевания. Могут инфицировать различные виды животных, включая человека. Спектр видов очень широк и включает, помимо человека, летучих мышей, собак, свиней, кошек, верблюдов и многих других. Имеют специфическое строение внешней оболочки, напоминающее солнечную корону, из-за которой и получили свое название.
Они были бы особо ничем не примечательны, если бы не тяжелые разновидности MERS-CoV и SARS-CoV.
SARS
Тяжелый острый респираторный синдром (ТОРС) был впервые зарегистрирован в Китае в 2002 году. Возбудителем являлся коронавирус SARS-CoV. Надо сказать, что вирусы могут иметь большие различия в контексте судьбы клетки-хозяина. Часть вирусов при размножении минимально травмирует клетку-хозяина и оставляет ее в живых. Часть — выходит в среду только после разрушения цитоплазмы эукариотической клетки. SARS-CoV относился как раз к разновидности, уничтожающей носитель в процессе размножения, что приводило к разрушению клеток легочных альвеол в течение острого периода болезни.
После инкубации в течение 2-10 суток, заболевание начиналось как легкий насморк и типичная ОРВИ. Дальше развитие шло по следующему сценарию:
- стадия первичной гриппоподобной инфекции (длится 2-3 дня), состояние больного средней тяжести
- стадия иммунодефицита (резкое снижение иммунитета, критическое падение числа лимфоцитов, ухудшение состояния больных, длится 3-4 дня)
- стадия атипичной пневмонии, развивающейся на фоне снижения иммунитета и сопровождающейся дистресс-синдромом. Дыхательная недостаточность, отек легких
- терминальная стадия, сопровождающаяся токсическим шоком с выраженной недостаточностью функции органов
Летальность и эпидемиология
Течение в целом благоприятное. 90% пациентов выздоравливало без особых последствий на 6-7 сутки. Это приблизительный срок, необходимый для выработки антител к любому незнакомому антигену.
У оставшейся группы вирус вызывал тяжелый острый респираторный синдром, летальность которого составила 6-15%, при этом распределение было неравномерным. У пациентов старше 50 лет смертность доходила до 50%. Пациенты нуждались в искусственной вентиляции легких, подаче дополнительного кислорода для компенсации острой легочной недостаточности.
Всего было зарегистрировано 8437 случаев заболевания, из которых 813 закончились летальным исходом.
MERS
![image](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/36/Mers-virus-3D-image.jpg?uselang=ru)
Еще более неприятный вирус MERS-CoV, вызывавший ближневосточный респираторный синдром является зоонозом, то есть резервуаром заболевания являются животные. Первичными носителями, судя по всему, являются летучие мыши и, возможно, верблюды. От человека к человеку он передавался с большим трудом, только при тесном контакте. Клиника очень похожа на SARS, но отличается более агрессивным течением и большей летальностью.
Эпидемиология и летальность
Относительно благоприятным эпидемиологическим фактором была низкая контагиозность этого коронавируса. Некоторые исследователи полагают, что основная часть заболевших заразилась не от других людей, а от больных животных.
Уровень смертности среди инфицированных составляет, по разным данным, от 27% до 40%. Всего было зарегистрировано 1154 подтвержденных случая и не менее, чем 431 погибший.
2019-nCoV
![image](http://web.archive.org/web/20200126164747if_/https://upload.wikimedia.org/wikipedia/en/c/c1/C-Tan-nCov_Wuhan_strain_01-20200123104509.jpg)
А теперь о неприятном. Вспышка 2019-nCoV, начавшаяся в Ухане, потенциально является одной из самых значительных опасностей, с которыми сталкивалось человечество. Исходным резервуаром предположительно являются коронавирусы летучих мышей, в частности азиатских подковоносов. В этом регионе Китая летучих мышей употребляют в пищу, что сильно увеличивает риски межвидового переноса в случае мутации.
Что очень тревожит
![image](https://marlin-prod.literatumonline.com/pb-assets/Lancet/campaigns/coronavirus/Coronavirus-MedianTimeline-Infographic.jpg)
Уже можно делать определенные первичные выводы по этому заболеванию. Инкубационный период зависит от источника вируса. При заражении от животного он составляет 6-12 дней. При заражении от человека — не более 5 дней. Есть опасения, что носитель является заразным в бессимптомный период, когда методы термоконтроля в аэропортах и на вокзалах бесполезны. Можно предположить, что после набора первичного пула нулевых пациентов фактор заражения от животных будет играть небольшую роль в распространении эпидемии.
Контагиозность, R0
Вирус может передаваться от человека к человеку и отличается высокой контагиозностью, что радикально отличает его от предыдущих SARS-CoV и MERS-CoV. Есть такой показатель как basic reproduction number — R0. Он показывает, сколько людей успевает заразить больной за период болезни. Если число меньше 1, то эпидемия гаснет сама собой. Если больше, то оно определяет скорость нарастания эпидемии и возможность пандемии. Например, у кори это число 12-18. Практически достаточно посмотреть на больного издали, чтобы заразиться. Что-то аналогичное у краснухи. Обычный грипп имеет R0 в районе 2-3.
Последние данные по 2019-nCoV говорят о диапазоне 3.3(95%CI: 2.73-3.96) — 5.47 (95%CI: 4.16-7.10). Если коротко — это дофига. Ощутимо больше, чем у гриппа. В целом, это подтверждается темпами роста заболевших.
![](https://habrastorage.org/webt/fj/fa/da/fjfada4zmwwicea_gmnipmljj2q.png)
Тяжесть течения
Клиника очень похожа на SARS/MERS. Вначале гриппоподобное состояние, кашель, температура. Затем резкое ухудшение состояния и появление проблем с дыханием на 8-9 сутки с развитием острого респираторного синдрома. Вирус вызывает очень тяжелую пневмонию, разрушая клетки легочных альвеол. Есть риски присоединения бактериальной инфекции.
![image](https://xkcd.ru/i/605_v1.png)
Хуже всего в данной ситуации — большой процент пациентов, которые нуждаются в интенсивной терапии. На данный момент это 976 человек из 4515 подтверждённых заражений. Такие пациенты не могут лежать дома и пить чай с малиной. Им требуется госпитализация, ИВЛ, кислород и, возможно, реанимация. Если соотношение будет сохраняться, то мы имеем потенциальные 200 000 пациентов реанимации на каждый миллион населения. Обеспечить такое количество койко-мест и аппаратуры всем нуждающимся практически невозможно.
Летальность пока очень сложно определить. При 4515 зараженных имеем 60 выздоровевших и 106 умерших. Пропорции 60/106 жуткие, но есть шанс, что через неделю начнут массово выздоравливать заболевшие первой волны, которых начнут выписывать из больницы. Тем не менее проблема ресурсов здравоохранения в мире остается самой большой проблемой для тяжелых больных.
Лечение
Пока отсутствует. Не ведитесь на фуфломицины, арбидолы и прочие *фероны. Бессмысленно стимулировать иммунитет, если пациент не успеет синтезировать антитела до отказа дыхательной системы. Препараты прямого действия на вирус пока не изучены, но, возможно, скоро будут какие-то данные. По данным Lancet, пациенты получали антибиотики широкого спектра действия, кортикостероиды как противовоспалительное и различные комбинации противовирусных.
Есть подозрение, что может оказаться эффективным довольно токсичный рибавирин, который сам по себе обладает тератогенным воздействием (может вызывать уродства плода) и может приводить к смерти из-за подавления кроветворения. Поэтому беременным его нельзя и применение строго под присмотром врача. Он демонстрировал положительные эффекты на SARS.
Профилактика
Стандартная. Моем руки, избегаем людных мест типа метро. Не подходим ко всем, кто кашляет.
![](https://habrastorage.org/webt/9j/cy/d-/9jcyd-a-0gktslb24jnco9nvcsu.png)
Обычные маски малоэффективны. Требуются маски классом не ниже N95 с HEPA-фильтром. При этом есть риски заражения через открытые глаза и конъюнктиву.
UPD
Более подробно по вопросам профилактики можно узнать в посте steanlab Коронавирус 2019-nCoV. FAQ по защите органов дыхания и дезинфекции
Вакцина
Не в ближайшее время. В лучшем случае к 2022-2023 году. 2020 год — испытания на животных. При успешности, 2021 год — на людях, 2022 — тиражирование и производство, 2023 — начало вакцинации. Скорее всего, все будет дольше, если судить по проблемам с прошлыми коронавирусами.
Резюме
Все грустно, увы. Пока я полон пессимизма и очень надеюсь, что ошибаюсь. Пока это похоже на тяжелый MERS с высокой летальностью, но с контагиозностью выше гриппа. С учетом скрытого периода и высокой связности крупных городов, стоит ожидать вспышек во всех крупных городах в ближайшую неделю-две.
Не нужно реагировать на многочисленные фейки. Ищите оригинальные научные источники, например:
→ Официальный сайт ВОЗ
→ Также хорошая инфографика по официальным источникам
→ Открытые данные по китайским источникам
→ Хорошая статья в Lancet
→ Отличный ресурс с подробной табличной разбивкой данных
![image](https://habrastorage.org/webt/tx/un/j1/txunj1qecsrlsz189_q9k4qtzvo.jpeg)
Не болейте.
UPD Альтернативные оптимистичные точки зрения
Есть шанс, что сейчас статистика сильно перекошена легкобольными, которых никто не регистрирует. Что, на мой взгляд, не сильно поможет в контексте высокой пиковой нагрузки на больницы.
Спасибо за ссылку aluminic, korzhik, kababok: botalex.livejournal.com/155728.html
UPD2
Спасибо shurup
Издательство Wiley открыло бесплатный доступ к научным статьям, посвященным вирусу: secure.wiley.com/Coronavirus2020
UPD3 Статистика на 30.01.2020
Под подозрением 12 167
Заражено 7 823
Тяжелых пациентов 1 370 (~18%)
Выздоровело 131
Умерло 170
По прежнему тревожит большой процент тяжелых пациентов. Генеральный директор ВОЗ Тедрос Аданом Гебреисус подтверждает процент тяжелых пациентов:
UPD3
Анализ данных от muhaa:
В Википедии есть ссылки на несколько отчетов об умерших (например за 25).
По этим отчетам получается что среднее время от постановки диагноза до смерти — около 10 дней. Почти все умершие — люди преклонного возраста и с хроническими заболеваниями. Немногие умершие больные среднего возраста прожили 15 дней и больше с момента попадания в больницу.
Получается, если мы хотим судить от смертности, то умершие на сегодня 170 человек — это в основном те, кто пришел в больницу 10 дней назад или раньше. Т.е. в дни, когда было зафиксировано 200-400 заболевших.
Если верить, что это вирус не так опасен как SARS и убивает, к примеру каждого 20-го, тогда грубо, 10 дней назад вместо 270 болеющих в реальности было 170*20 = 3400 человек в активной стадии болезни (чтобы получить смертность 1:20 они должны были быть больными но не смертельно).
Если наоборот, верить что почти все заболевшие были зарегистрированы, тогда это означало бы что смертность от этого вируса в реальности может быть выше чем у SARS. Учитывая, что пока он распространяется по экспоненте, последнее очень было бы очень плохо.
Получается, статистика которую мы видим — это вершина айсберга. Количество заболевших пока растет в среднем на 50% в сутки потому, что большинство больных ходят по улицам и те меры которые приняты не работают. Тогда возможно пандемии не удастся избежать.
Другой вариант — заключается в том, реальная смертность у этого вируса действительно на уровне SARS. Тогда не зарегистрированных больных не так много и меры не останавливают эпидемиую по каким-то другим причинам.
Какой вариант хуже — сложно сказать.
UPD4 31.01.2020
Появились рекомендации от Минздрава по диагностике, лечению и работе с коронавирусом
dfgwer провел расчеты по имеющимся данным. Прогнозы пугающие и мрачные, с чем я согласен. Робко надеюсь, что проблема в кривой статистике, на которой мы базируемся.
Анализ
Сейчас примерно 20% подтвержденных больных в тяжелом состоянии. При этом подтвержденных больных каждый день становится в 1.3-1.5 раз больше. Есть временной лаг между подтверждением и тяжелым течением болезни.
Я попытался это учесть и вычислить вероятность тяжелого течения для среднего подтвержденного пациента.
Буду считать что:
Все тяжелые — подтвержденные больные
Доля тяжелых сейчас r = 0.2
Доля подтвержденных больных от всех заболевших с первыми симптомами Х = неизвестно
Время наступления тяжелого состояния от первых симптомов Тт = 9 дней Тт
Время подтверждение короновируса для всех больных от первых симптомов Тх = неизвестно
База экспоненты q = 1.3 — 1.5
Длительность тяжелого состояния Ту = неизвестно
Лаг между подтверждением диагноза и тяжелым состоянием t=Тт-Тх
Сколько человек на 1 дне тяжелого состояния, вычисляю по формуле суммы геометрической прогрессии r=b(1-qTy)/(1-q). Отсюда можно найти b — доля больных на первом дне тяжелой фазы в текущий момент.
Вероятность тяжелого течения для подтвержденных больных с учетом лага между подтверждением и тяжелым состоянием r
r = b(1+q+q2+...+qt-1)/1
где t — лаг между подтверждением и тяжелым состоянием
k=1+q+q2+...+qt-1
k — коэффициент на который нужно домножать b, чтобы найти вероятность тяжелого течения с поправкой на временной лаг.
Выходит от 30% до 100% тяжелых случаев на подтвержденного больного. Если продолжать увеличивать лаг, то выходят бессмысленные результаты больше 100%. Даже в самых оптимистичных оценках выходит 30% для подтвержденных больных.
Это теперь надо поделить на долю подтвержденных больных, чтобы получить вероятность тяжелого течения для среднего больного.
Если применить эти же соображения на количество умерших то выходит от 7% до 60% для подтвержденных больных, в зависимости от лага между подтверждением и смертью.
таблица с вычислениями
Буду рад, если вы докажете что я ошибаюсь. Если нет, то это полный пиздец с сотнями миллионов трупов. И каждый третий минимум войдет в число тяжелых.
П.С. Недвижимость подешевеет.
Я попытался это учесть и вычислить вероятность тяжелого течения для среднего подтвержденного пациента.
Буду считать что:
Все тяжелые — подтвержденные больные
Доля тяжелых сейчас r = 0.2
Доля подтвержденных больных от всех заболевших с первыми симптомами Х = неизвестно
Время наступления тяжелого состояния от первых симптомов Тт = 9 дней Тт
Время подтверждение короновируса для всех больных от первых симптомов Тх = неизвестно
База экспоненты q = 1.3 — 1.5
Длительность тяжелого состояния Ту = неизвестно
Лаг между подтверждением диагноза и тяжелым состоянием t=Тт-Тх
Сколько человек на 1 дне тяжелого состояния, вычисляю по формуле суммы геометрической прогрессии r=b(1-qTy)/(1-q). Отсюда можно найти b — доля больных на первом дне тяжелой фазы в текущий момент.
Вероятность тяжелого течения для подтвержденных больных с учетом лага между подтверждением и тяжелым состоянием r
r = b(1+q+q2+...+qt-1)/1
где t — лаг между подтверждением и тяжелым состоянием
k=1+q+q2+...+qt-1
k — коэффициент на который нужно домножать b, чтобы найти вероятность тяжелого течения с поправкой на временной лаг.
Выходит от 30% до 100% тяжелых случаев на подтвержденного больного. Если продолжать увеличивать лаг, то выходят бессмысленные результаты больше 100%. Даже в самых оптимистичных оценках выходит 30% для подтвержденных больных.
Это теперь надо поделить на долю подтвержденных больных, чтобы получить вероятность тяжелого течения для среднего больного.
Если применить эти же соображения на количество умерших то выходит от 7% до 60% для подтвержденных больных, в зависимости от лага между подтверждением и смертью.
таблица с вычислениями
Буду рад, если вы докажете что я ошибаюсь. Если нет, то это полный пиздец с сотнями миллионов трупов. И каждый третий минимум войдет в число тяжелых.
П.С. Недвижимость подешевеет.
UPD5 05.02.2020
Статистика:
Под подозрением 23 260
Заражено 24 337
Тяжелых пациентов 3 219 (~13%)
Выздоровело 892
Умерло 491
Статистика становится более оптимистичной. Уменьшается доля тяжелых пациентов, улучшается соотношение умерших к выздоровевшим пациентам. Похоже, что оптимистичные прогнозы оправдываются в плане того, что лаг у выздоровевших больше, чем у умерших.
Если жесткий карантин оправдает себя, то скорость распространения вируса может снизиться. Тем не менее, остается очень вероятной эпидемия во вторичных очагах в других странах. Этому способствует несколько факторов:
- Схожесть с обычным ОРВИ в начальной стадии. Сейчас сезон гриппа, легко перепутать
- Доказана возможность распространения в инкубационном периоде через 24 часа после заражения ()
- Нехватка диагностических мощностей и проблемное здравоохранение во многих странах
![image](https://www.nejm.org/na101/home/literatum/publisher/mms/journals/content/nejm/0/nejm.ahead-of-print/nejmc2001468/20200130/images/img_xlarge/nejmc2001468_f1.jpeg)
Хорошо видно, что пациент 1 инфицирует пациента 3 через сутки. При этом первые симптомы о обоих появятся только через 4 дня.
У некоторых исследователей есть подозрение в фальсификации данных по заболеваемости из-за слишком точного соответствия квадратичной зависимости практически без разброса.
![image](https://habrastorage.org/webt/ch/4q/ak/ch4qaky9e1qxx1p5cn2r7am7j0y.png)
Развернутые графики, спасибо glaz_almaz. В трендах видно повышение эффективности диагностики, из-за чего доля подозреваемых начала падать относительно подтвержденных.
UPD6 10.02.2020
Спасибо KonkovVladimir за ссылку на статью. www.nature.com/articles/s41422-020-0282-0
Есть первые результаты по тестированию противовирусных препаратов, но пока in vitro, а не in vivo.
Перспективные препараты
Ремдесивир — как и рибавирин является аналогом нуклеиновой кислоты и неспецифически препятствует нормальному синтезу РНК. Уже демонстрировал эффективность против SARS/MERS-CoV на моделях клеточных культур, мышах и нечеловекообразных приматах. Сейчас также тестируется против Эболы. Минусы — такой же потенциально токсичный как и Рибавирин.
Хлорохин — изначально классический препарат против малярийного плазмодия и легкий иммуносупрессор при аутоиммунных заболеваниях, например, ревматоидном артрите, системной красной волчанке. Противовирусный эффект обусловлен повышением pH в эндосомах, что препятствует сборке вирусных белков. Также его противовоспалительный эффект может дать положительный синергический эффект при использовании in vivo. Дешевый, безопасный и применяется уже 70 лет.
UPD7 11.02.2020
Хорошая подборка препаратов для лечения коронавирусов на основании Nature reviews (спасибо glaz_almaz).
www.nature.com/magazine-assets/d41573-020-00016-0/17663286
UPD8 12.02.2020
Обзор на 1099 пациентах
taujavarob, dmiceman, cпасибо за ссылку на обзор www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.06.20020974v1
«Опубликован доклад нового исследования nCoV. В данном исследовании наблюдали за 1099 пациентами из 522 госпиталей.
Особенности пациентов:
— Средний возраст госпитализированных — 47 лет;
— Категория от 0 до 14 лет — всего 0,9%, от 15 до 49 — 55%, от 50 до 64 — 29%, свыше 65 — 15%;
— 85% — никогда не курили;
— инкубационный период: минимальный — 3 дня, максимальный — 24 дня.
То есть многие заразившиеся, отсидевшие 2 недели в карантине всё равно могут продолжать заражать и дальше.»
Предварительные выводы: детям почти ничего не грозит, но они, скорее всего, станут бессимптомными разносчиками. Так что, садики и школы будут инкубатором. Также длительная инкубация в сочетании с заразностью в бессимптомный период будут мощным фактором преодоления карантинов.
Хроники Чумного корабля
Нашел интересную ссылку с рассказом русскоязычного члена команды лайнера Diamond Princess. Тут явно видна эффективность скрытого распространения вируса. 125 заразившихся на изолированном корабле из 3000. При этом все в карантине, людей с симптомами высаживают с корабля и отправляют в больницы.
UPD. Пост удалили, спасибо SnowByte. Ссылка на гуглокеш.