Если задать гуглу вопрос «какая система счисления у ДНК», он честно скажет — четверичная. Четыре буквы (A, C, G, T) кодируют всё, что есть в живом. Каждые три подряд — кодон, итого 64 комбинации, чего хватает с запасом на любой опкод компактной стек-машины.

Я подумал: это же буквально готовый язык программирования. Природа уже нарисовала байткод, осталось написать виртуальную рибосому и проверить — можно ли в этом байткоде сделать квайн — программу, которая печатает сама себя. Самовоспроизводящуюся последовательность.

Спойлер: можно. И влезает в 75 нуклеотидов. Это меньше, чем длина среднего твита.

В этой статье я расскажу, как устроена эта штука: соберём четверичный байткод из ДНК, напишем стек-машину, которая по нему ходит, а в конце — соберём 75-нуклеотидный геном, который копирует сам себя нуклеотид за нуклеотидом. Дальше из этого вырастет 3D-симуляция тканей, эволюция и драматичная история про вымирание колонии — но это будут следующие статьи серии.

Представьте сцену. Вы пишете в терминал: «разберись, почему на main падает вот этот тест, и попробуй починить». Жмёте Enter. Спиннер крутится, подписи меняются — сначала “Pondering…”, потом зачем-то “Julienning…”, потом “Recombobulating…”. Через минуту агент прочитал логи CI, нашёл зафейлившийся тест, заглянул в связанный модуль, заметил, что кто-то криво подкрутил регекс, предложил правку, дождался вашего «да» — и коммитит. Пока вы наливаете чай, PR уже уехал на ревью.

Выглядит как магия. На деле внутри — удивительно стройная инженерная конструкция: главный цикл на пару сотен строк, обросший целой экосистемой обслуживающих подсистем. Я несколько вечеров подряд ковырялся в исходниках одного такого CLI-агента для разработки: де-обфусцированный дистрибутив примерно на 300 модулей, файл-вход почти на 800 тысяч строк после разсборки бандла. И за «магией» обнаружились вещи, про которые отдельно хочется написать: собственный React-реконсилятор для терминала, двухуровневая загрузка описаний инструментов, классификатор опасных bash-команд, трёхрежимное сжатие контекста, fork-join для саб-агентов, защита от невидимых Unicode-инъекций в промпте.

Эта статья — мои заметки по итогам погружения. Не реклама конкретного продукта (реальных имён функций и классов я намеренно избегаю), а разговор про архитектурные решения, которые стоят за современным CLI-агентом. Главный цикл и его устройство, инструменты, контекст и его сжатие, разрешения и хуки, MCP, память между сессиями.

Если вы слышите слова «промт», «токены» и «MCP‑сервер» и чувствуете лёгкую панику — расслабьтесь, вы не одиноки. Полгода назад мой коллега спросил меня: «А ChatGPT и искусственный интеллект — это одно и то же?». Я начал объяснять, он слушал минуту, потом сказал: «Ладно, просто покажи куда нажимать». Эта статья — для него и для всех, кто чувствует, что мир вокруг уже вовсю использует AI, а ты как‑то пропустил момент, когда это стало нормой.

Я не буду грузить вас теорией нейронных сетей и формулами обратного распространения ошибки. Вместо этого расскажу простым языком: что вообще такое эти AI‑ассистенты, чем они отличаются друг от друга, зачем платить деньги если есть бесплатная версия, и почему ваш промт «ну сделай красиво» не работает так, как вы ожидали. Но обо всём по порядку.