Как стать автором
Обновить
39
0
Андрей Пржибельский @andrewprzh

Пользователь

Отправить сообщение
Не всегда, иногда нет цели собрать геном целиком. Интерес могу представлять отдельные гены или группы генов.
Нет, нельзя. В MDA покртыие генома обычно от 50% до 98%, при обычном секвенировании в среднем выше, до 100%, но гарантии что весь геном покрыт нету.

Сборка интересна как правило именно для полногеномного секвенирования. Другие методы используются для других целей.
Ага
https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format
https://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format
Нужно еще разобраться с реверс-комплиментарностью, с парными ридами итд. В общем, биологические аспекты есть. Тут, может быть лучше найти какой-нибудь он-лайн курс или методичку.
Можете посмотреть слайды к моему курсу тут http://bioinformaticsinstitute.ru/courses/ngs/09-2015-12-2015

1. Длина фиксированная, позиция при полногеномном секвенировании случайная всегда.
2. Да, действительно. Нет, младших и старших адресов нету :) Можете почитать про процесс секвернирования подробней
https://en.wikipedia.org/wiki/Shotgun_sequencing
https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_sequencing#Next-generation_methods
Публичных данных и собранных геномов очень много.
Исходные данные https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/
Геномы https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/

Можно скачать примеры с сайта нашей лаборатории
Например, вот
http://spades.bioinf.spbau.ru/data/
http://spades.bioinf.spbau.ru/spades_test_datasets/

Тестовые (урезанные) данные
http://spades.bioinf.spbau.ru/~helsinki_course/data/

Сразу предупрежу что времени может занять много. Возможно, есть смысл почитать какие-то статьи на эту тему.
Перечитывал комментарии, заметил ваш. Тогда не увидел, так как он не отвечает на мой. Лучше поздно, чем никогда :)

Я просто закончил бакалавриат, поступил в СПбАУ и забрал документы из деканата. Научным руководителем был Трифонов П.В. и диплом я писал на тему помехоустойчивых кодов.
Полимеразы и то, что с ними связано, относятся скорее к молекулярной биологии и биотехнологиям. Я занимаюсь биоинформатикой (даже больше информатикой), поэтому, к сожалению, не смогу написать про них подробную статью, во всяком случае сейчас.
Да, именно так. Люди, которые проводили эти исследования, сейчас являются нашими непосредственными партнерами.

Спасибо за ссылку.
Вот пример использования другой технологии секвенирования единичной клетки (MALBAC) для диагностики циркулирующих в крови раковых клеток: bernstein.harvard.edu/research/MALBAC.html
Описанный метод (MDA) как раз не относится к полимеразным цепным реакциям (ПЦР). При ПЦР копируется один конкретный участок ДНК. Какой именно — определяется экспериментатором, проводящим ПЦР. При MDA происходит хаотичное копирование случайных участков ДНК.
Наконец-то руки дошли
habrahabr.ru/post/186492/
Честно говоря, AI я никогда не занимался, и есть ли исследования в этой области, сказать не готов. Но что точно могу сказать, это что лабораторная мышь очень непростое существо. Мышь не только млекопитающее, но и плацентарное, а значит одно из самых высокоразвитых существ. Подозреваю, что мозг мыши устроен невероятно сложно.

К слову, геном мыши отличается от генома человека всего лишь 139 перестановками (если не путаю).
Конец бакалавриата, как мне кажется, самое лучшее время для смены обстановки. Еще есть время поучиться, но при этом Вы уже лучше понимаете чем бы Вы хотели заняться и можете попробовать перейти в другой ВУЗ. Сделать сознательный выбор или, например, переехать в другой город после бакалавриата несколько проще, чем сразу после окончания школы.

Варианты тут такие. Во-первых, Вы можете подать на стажировку на сайте лаборатории (http://bioinf.spbau.ru/int). Также, Вы можете попробовать поступить в вышеупомянутую магистратуру СПбАУ (http://mit.spbau.ru/admission2012#bioinf). В обоих случаях надо просто подать электронную заявку.
Формально заканчивается, но это только формально :) Заявление в принципе можно подать и позже.
Да, засиделся на месте :)

Я думаю, это самое «био» частично заключается в сотрудничестве с биологическими лабораториями, которые поставляют данные и являются конечными пользователями. Ну и, конечно, для решения каждой отдельной задачи уровень знания биологии нужен разный — где-то больше, где-то меньше. Сборка генома это лишь один конкретный пример.

Спасибо. Надеюсь, напишу о других примерах позже.
Я разрабатывал и реализовывал алгоритмы для одного из этапов сборки генома. Если быть точным — алгоритмы для разрешения повторов (возможно, об этом я расскажу позже). Созданный модуль теперь входит в наш ассемблер, а я с недавнего времени вернулся к исследованиям в этой области.

Что касается перспектив. Ну самое банальное — есть возможность остаться в лаборатории полноценным сотрудником. Если же взять стажировку отдельно, то это очень хороший способ познакомиться с биоинформатикой лично, пообщаться с опытными в этой области людьми, посетить интересные семинары, ну и, конечно, попробовать себя в чем-то новом. Даже если в Ваших дальнейших планах биоинформатики нету, то, как мне кажется, поработать над различного рода алгоритмическими задачами и что-нибудь исследовать может быть полезным для любого программиста.

Информация

В рейтинге
Не участвует
Откуда
Санкт-Петербург, Санкт-Петербург и область, Россия
Дата рождения
Зарегистрирован
Активность