У меня куча знакомых с Linux, подновляющее большинство не идут смотреть исходники, с ихней точки зрения отличий мало, кроме того, что под Windows можно позвонить в техподдержку Microsoft или производителя железки, а под Linux можно, после долгого гугления, найти решение на форуме анимешников, или не найти (впрочем как и под Windows, можно не найти решение).
Новый Browser.js:
Да разница есть, но она не фатальная, кроме того, новый Browser.js потихоньку увеличивается.
IEChrome.