Во время проектирования внедрения Zimbra на предприятии, ИТ-менеджеру приходится выбирать и операционную систему, на которой будут работать узлы инфраструктуры Zimbra. На сегодняшний день с Zimbra совместимы практически все дистрибутивы Linux, вплоть до отечественных РЭД ОС и РОСА. Обычно для установки Zimbra в предприятиях выбор падает либо на Ubuntu или RHEL, так как разработкой этих дистрибутивов занимаются коммерческие компании. Однако нередко выбор ИТ-менеджеров падает на Cent OS, которая является предназначенным для работы на производстве и поддерживаемым сообществом форком коммерческого дистрибутива RHEL от компании Red Hat.