Похоже, все это должно работать и из-под Windows. Завтра проверю на работе, потому как есть точно такая же проблема с которой не получилось справиться с пол-пинка. Спасибо за решение.
В пункте 5 следует уточнить, что CompanyCA.crt обязательно должен быть бинарным, така как сертификаты в текстовом виде андроид не понимает — тестил на 2.3
Установка собственного корневого сертификата в Android и запуск Citrix XenApp Web Interface