Не замечали даже если специально выключали wallclock? Вы и в винде такого не заметите, пока специально не отключите синхронизацию с хостом, что требуется достаточно редко.
Сталкивался с подобной проблемой при использовании kvm (proxmox), но только с Windows в качестве гостя. Лечилось апдейтом kvm, потом снова ломалось, после очередного обновления снова починилось. C linux-гостем проблем не было.
На виртуалках не только потраченное время (wall-clock time) сложно мерять, но и затраченное процессорное время тоже — соседние виртуальные машины вносят очень сильные помехи (в случае совместно используемого процессора, не выделенного).
Просто это известная фича виртуальных машин: т.к. виртуалка изолирована от реального железа, то у нее нет источника времени. Для реального железа это могут быть осцилляторы CMOS RTC, ACPI Timer, HPET и т.д., а виртуалка до них просто не достает.
На самом деле в виртуалку можно прокинуть доступ к реальному железу. Телефонщики voIP этим часто пользуются, т.к. udp, а следовательно и голосовые протоколы, в таких условиях нормально работать не могут — голос при прослушивании растягивается или сжимается.
А еще те, кто работает с виртуалками, часто наблюдают отрицательные задержки при пинг-ах.
А так, синхронизация времени, конечно, оно решение для обычных виртуалок например с серверами приложений или бд, но время так же убегает и на обычном железе и его так же синхронизируют.
Ошибки квантования времени в виртуальных машинах